Přístupnostní navigace
E-přihláška
Vyhledávání Vyhledat Zavřít
diplomová práce
Autor práce: Ing. Tomáš Plachý
Ak. rok: 2022/2023
Vedoucí: doc. Ing. Martin Čadík, Ph.D.
Oponent: Ing. David Hříbek
Tato práce řeší problematiku shlukování obrázků z elektronové mikroskopie. Tyto obrázky lze shlukovat podle vizuální podobnosti nebo podle metadat zachycujících nastavení mikroskopu v době pořízení obrázku. Cílem práce je porovnat úspěšnosti obou výše zmíněných přístupů a prozkoumat možnost využití shlukování k rozdělení sady obrázků na obrázky korektní a obrázky zachycující chybu vzniklou při automatizované práci mikroskopu. Hlavním závěrem práce je zjištění, že mezi korektním a chybným obrázkem z elektronového mikroskopu je vizuální rozdíl i rozdíl v metadatech tak malý, že je pomocí shlukování bez učitele nelze správně odlišit. Pozitivním přínosem práce je ale demonstrování použitelnosti vybraných metod na automatické rozdělení sady obrázků do tříd odpovídajících různým fázím práce mikroskopu, což usnadní pracovníkům manuální analýzu obrázků.
shlukování, porovnání shlukování na základě obrazových dat a metadat, elektronová mikroskopie, neuronové sítě, učení bez učitele
Termín obhajoby
19.06.2023
Výsledek obhajoby
obhájeno (práce byla úspěšně obhájena)
Klasifikace
C
Průběh obhajoby
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C.
Otázky k obhajobě
Jazyk práce
čeština
Fakulta
Fakulta informačních technologií
Ústav
Ústav počítačové grafiky a multimédií
Studijní program
Informační technologie a umělá inteligence (MITAI)
Specializace
Inteligentní systémy (NISY do 2020/21)
Složení komise
prof. Ing. Tomáš Vojnar, Ph.D. (předseda) doc. Ing. František Zbořil, CSc. (člen) doc. Mgr. Adam Rogalewicz, Ph.D. (člen) Dr. Ing. Petr Peringer (člen) Ing. Vladimír Veselý, Ph.D. (člen) Ing. Radek Kočí, Ph.D. (člen)
Posudek vedoucíhodoc. Ing. Martin Čadík, Ph.D.
Student se seznámil s metodami pro shlukování obrazových dat s pomocí i bez pomoci metadat. Student implementoval systém pro porovnání vybraných metod, který následně využil pro vyhodnocení užitečnosti těchto metod nad daty z elektronových mikroskopů. Celkově považuji práci za průměrně náročnou a průměrně kvalitní.
Zadání považuji za průměrně náročné. Cílem bylo experimentálně vyhodnotit vhodnost metod pro shlukování na obrazech z elektronových mikroskopů. Metody nebylo nutné přímo implementovat, v případě existujících vhodných veřejně dostupných implementací. Student splnil požadavky zadání, s výsledky práce jsem spokojen.
Student si v průběhu řešení diplomové práce aktivně vyhledával relevantní zdroje.
Student byl během řešení práce průměrně aktivní, dodržoval dohodnuté termíny, podával pravidelná hlášení o postupu projektu a na schůzky přicházel připraven.
Práce byla dokončena v mírném předstihu, obsah po kapitolu 6 (včetně) byl konzultován s vedoucím práce.
Známka navržená vedoucím: C
Posudek oponentaIng. David Hříbek
Autor v rámci diplomové práce prostudoval problematiku shlukování dat z elektronových mikroskopů pomocí metadat a pomocí obrazových dat. Vybrané algoritmy zaintegroval do svého systému, který umožňuje spuštění a vyhodnocení jednotlivých shlukovacích algoritmů. Vzhledem k tomu, že zadání není příliš obtížné a výsledné řešení je průměrné, navrhuji hodnocení stupněm C.
Stupeň hodnocení: průměrně obtížné zadání
Zadání považuji za průměrně až méně obtížné. Autor práce se musel seznámit se shlukovacími algoritmy pro obrazová data a také metadata a tyto algoritmy následně využtí pro shlukování dat z elektronových mikroskopů. Součástí práce je také vyhodnocení algoritmů na dostupných datasetech, zhodnocení dosažených výsledků a srovnání metod pro obrazové data a metadata.
Stupeň hodnocení: zadání splněno
Zadání bylo splněno ve všech bodech.
Stupeň hodnocení: je v obvyklém rozmezí
Prezentační úroveň zprávy považuji za průměrnou. Text práce je srozumitelný a logicky strukturovaný. Jednotlivé kapitoly dobře navazují a prezentují problematiku shlukovacích algoritmů a testování výsledného systému. V práci je velmi obecně popsán návh výsledného systému, ze kterého není zcela jasné jak je výsledný systém naimplementován. V kapitole testování výsledků je nejasné oddělení výsledků algoritmů pracujících s metadaty a obrazovými daty.
Po typografické a jazykové stránce práce obsahuje pouze menší chyby, mezi které patří například chybějící tečky na konci některých vět a odrážek, také převzaté rozmazané obrázky, které by bylo možné vytvořit vektorově.
Práci s literaturou považuji za dostatečnou. Autor cituje především vědecké články, online zdroje a žurnály.
Aplikace je funkční -- umožňuje aplikaci vybraných shlukovacích algoritmů na zvolené datasety. Systém umožňuje jak shlukování pomocí metadat, tak pomocí obrazových dat. Výstupem jsou metriky, grafy a roztříděné obrázky do složek, které představují jednotlivé shluky.
Téma diplomové práce bylo zadáno firmou Thermo Fisher Scientific. Výsledná práce obsahuje zjištění a doporučení, která jsou pro firmu přínosná.
Známka navržená oponentem: C
Odpovědnost: Mgr. et Mgr. Hana Odstrčilová