Studentům jsou prezentovány teoretické základy a principy funkce jednotlivých strojů a zařízení používaných v biotechnologiích. Jedná se zejména o fermentory a zařízení sloužící k vlastní fermentaci i fázi předcházející. Je probírána bilance systému, typy bioreaktorů a možnosti míchání v bioreaktorech, aerace a přenos hmoty, sterilizace bioreaktorového systému, kinetika enzymatických reakcí, charakteristiky toku fází, transportní buněčné pochody, mikrobiální kinetika a způsoby kultivace (vsádka, fed-batch a kontinuální systém). Studenti jsou rovněž seznámeni se zařízeními používanými pro separaci buněk a jejich desintegraci, dále se způsoby separace a čištění jednotlivých komponent metodami centrifugace, pomocí membránových procesů, srážení, destilace apod. Zvláštní pozornost je věnována průmyslovým chromatografickým separačním a čistícím postupům. Jsou probrány metody finálního zpracování produktu, jako je zahušťování, různé druhy sušení, lyofilizace apod. Studenti se seznámí s výhodami a nevýhodami jednotlivých zařízení a postupů ve vztahu k typu kultivovaných buněk. Vedle čistě biotechnologických postupů se studenti přehledně seznámí i se zařízením používaným pro farmaceutickou výrobu, jako jsou různá míchací zařízení, granulátory, zařízení na přípravu tablet a kapslí, zařízení na přípravu emulzí a zařízení pro finalizaci produktů do obalů (teoreticky i formou exkurze).