Detail předmětu

Laboratorní technika v genomice a proteomice

FEKT-FLABAk. rok: 2011/2012

Předmět je zaměřen na laboratorní techniku, která je využívaná v genomice a proteomice. Studium je zaměřeno na konkrétní používané metody pro získávámí informací o struktuře DNA a proteomech.

Jazyk výuky

čeština

Počet kreditů

6

Garant předmětu

doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D.

Zajišťuje ústav

Ústav biomedicínského inženýrství (UBMI)

Výsledky učení předmětu

Přehled a znalosti o používaných biofyzikálních metodách pro analýzu biologických dat. Znalost konstrukčního řešení laboratorních přístrojů pro genomiku a proteomiku.

Prerekvizity

Jsou požadovány znalosti na úrovni bakalářského studia.

Plánované vzdělávací činnosti a výukové metody

Metody vyučování závisejí na způsobu výuky a jsou popsány článkem 7 Studijního a zkušebního řádu VUT.

Způsob a kritéria hodnocení

Podmínky pro úspěšné ukončení předmětu stanoví každoročně aktualizovaná vyhláška garanta předmětu.

Osnovy výuky

Metody používané v genomice a proteomice. Definice základních pojmů. Malé laboratorní přístroje. Sekvenace DNA. Příprava vzorků DNA a proteinů. Průtoková cytometrie. Chromatografie. Spektrometrie.

Učební cíle

Získání přehledu používaných biofyzikálních technik používaných pro analýzu biologických dat. Pochopení používaných metod a kontrukčního řešení laboratorních přístrojů.

Vymezení kontrolované výuky a způsob jejího provádění a formy nahrazování zameškané výuky

Vymezení kontrolované výuky a způsob jejího provádění stanoví každoročně aktualizovaná vyhláška garanta předmětu.

Základní literatura

Skoog,D.A.-Holler,F.J.-Nieman,T.A.: Principles of Instrumental Analysis, Saunders College Publishing, 1998, 849 s.
Skoog, D.A.-West, D.M.-Holler,F.J.: Fundamentals of Analytical chemistry, 7th edition, Saunders College Publishing, 1996, 659 s. Skoog, D.A.-West, D.M.-Holler,F.J.: Fundamentals of Analytical chemistry, 7th edition, Saunders College Publishing, 1996, 659 s.

Zařazení předmětu ve studijních plánech

  • Program BTBIO-F magisterský navazující

    obor F-BTB , 2. ročník, zimní semestr, povinný

  • Program EEKR-CZV celoživotní vzdělávání (není studentem)

    obor ET-CZV , 1. ročník, zimní semestr, povinný

Typ (způsob) výuky

 

Přednáška

26 hod., nepovinná

Vyučující / Lektor

doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D.

Osnova

1. Metody používané v genomice a proteomice. Definice základních pojmů.
2. Malé laboratorní přístroje používané pro práci se vzorky.
3. Sekvenace DNA - příprava vzorků, separační metody.
4. Sekvenace DNA - příprava vzorků, PCR.
5. Sekvenace DNA.
6. Analýza proteinů - příprava vzorků, HPLC.
7. Průtoková cytometrie.
8. Chromatografie.
9. Spektrometrie - přehled spektrometrických metod.
10. Hmotnostní spektrometrie, absorpční spektrometrie, fluorescenční spektrometrie.
11. Vlastní a nevlastní fluorescence biologických molekul, fluorescenční značky.
12. Fluorescenční značení DNA a proteinů.
13. Kolorimetrie.

Laboratorní cvičení

26 hod., povinná

Vyučující / Lektor

doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D.

Osnova

1. Seznámení s provozním řádem genomické a proteomické laboratoře a náplní praktických cvičení.
2. Příprava vzorků pro různé typy analýz.
3. Separace vzorků pomocí gelové elektroforézy.
4. Kontrola kvality vzorků.
5. Amplifikace vzorků pomocí PCR.
6. Sekvenace DNA rostlinných vzorků.
7. Vyhodnocení sekvenace, identifikace vzorků.
8. Analýza DNA pomocí spektrofotometru CE2502.
9. Analýza DNA pomocí spektrofotometru CE3041.
10. Příprava vzorků proteinů.
11. Analýza proteinů pomocí spektrofotometru CE2502.
12. Analýza proteinů pomocí spektrofotometru CE3041.
13. Zápočtový test.

Ostatní aktivity

13 hod., povinná

Vyučující / Lektor

doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D.

Osnova

1. Samostudium principů používaných laboratorních přístrojů, které budou použity ve cvičeních.
2. Seznámení s DNA vzorky, se kterými se bude pracovat.
3. Vypracování samostatného projektu.