Studentka Jana Musilová ve své práci studovala interakce léčiv používaných při léčbě schizofrenie. K tomuto účelu vytvořila skript v jazyce R, který využila ke stažení potřebných informací z volně dostupné databáze DrugBank. Data následně analyzovala v programu Cytoscape za využití nastudovaných poznatků z teorie grafů. Provedla statistické vyhodnocení svých výsledků. Součástí práce je hodnotná literární rešerše, práce je podložena 35 referencemi z převážně zahraničních periodik. Pracovní aktivitu studentky lze hodnotit jako výbornou – během celého semestru projevovala k řešení problematiky, která byla nad rámec výuky, velice zodpovědný přístup, pracovala na bakalářské práci systematicky a svůj postup průběžně konzultovala. Pracovala pečlivě a spolehlivě a své výsledky prezentovala i na studentské konferenci EEICT. Studentka splnila cíle v souladu se zadáním, práci proto doporučuji k obhajobě a hodnotím ji stupněm A. Výsledný počet bodů navržený vedoucím: 92

Studentka pomocí biologických sítí vizualizovala a kvantifikovala interakce léčiv užívaných pro léčbu schizofrenie. Práce svým rozsahem zasahuje do několika vědeckých odvětví a studentka při jejím vypracování dokázala, že se dobře orientuje ve farmakologii, chemii, programování, data miningu, statistice a v teorii grafů. Jádro práce spočívá ve vytvoření a následné vizualizaci a analýze interakční sítě a sítě cílů. Vizualizace obou sítí je vhodně zvolena, což oceňuji vzhledem ke skutečnosti, že správná volba vizualizace vyžadovala prostudování softwaru Cytoscape, který se na UBMI neprobírá, a to včetně jeho pluginu Centiscape. Výhrady mám však ke zdůvodnění volby kvantifikátorů sítí i k interpretaci jejich farmakologického významu. Zdůvodnění se opírá pouze o replikaci metodiky z obdobné studie a farmakologická interpretace centralit v práci zcela chybí. Nedostatečné zdůvodnění vypracování dílčích úkolů se v práci objevuje poměrně často, čímž dochází k redukci práce na nesouvislou množinu úkonů, přestože jsou úkony korektní a jejich výčet je úplný. V teoretické části práce je také uvedeno, že kromě vlastností samotného uzlu může být k popisu vlivu farmak použita také topologie grafu, včetně výskytu motivů a modulů, v praktické části práce však nic takového řešeno není. I přes uvedené výhrady práci považuji za zdařilou. Formální úroveň práce je výborná, i když by dobrý dojem z práce umocnila redukce redundantních informací, jako je například výčet operačních prostředí programu Cytoscape a závislost výskytu jeho názvu v PubMed na čase, které zbytečně ubírají místo pro podstatné skutečnosti jako jsou např. vlastnosti a limity Cytoscape, či jeho srovnání s konkurenčními programy. Řazení kapitol je smysluplné a ilustrační obrázky jsou velmi názorné a prozrazují autorčino hluboké pochopení tématu. Citační základna je široká. Zadání je zcela splněno. Výsledný počet bodů navržený oponentem: 83