Dvouletý magisterský studijní program Podnikové finance a obchod je organizován formou prezenčního studia. Základem studia je báze předmětů z oblasti podnikového finančního řízení, účetnictví, bankovnictví a pojišťovnictví. Studenti se dále specializují v rámci volitelných předmětů, které umožňují získat hlubší znalosti ve zvolené oblasti. Cílem programu je výchova vysoce kvalifikovaných pracovníků se širokým rozhledem v oblasti financí a obchodu podnikové i bankovní sféry, s rozhledem podloženým kvalitní znalostí základních teoretických disciplín i specifickými praktickými znalostmi a dovednostmi. Studium je zakončeno státní závěrečnou zkouškou, jejíž součástí je obhajoba diplomové práce a rozprava ze širšího základu oboru. Úspěšným absolventům je udělen titul „inženýr“ (Ing.).

Studium navazuje na ekonomicky orientovaný bakalářský studijní program (obvykle tříletý) či studijní program magisterský po ukončení minimálně tří ročníků. Podmínkou pro přijetí je dosažení bakalářského titulu nebo získání alespoň 180 kreditů (případně ekvivalentu) v magisterském studijním programu. Seznam fakult pro připuštění k přijímacímu řízení do magisterského studijního programu Podnikové finance a obchod je uveden ve směrnici děkana č. 1/2003. Nezbytnou podmínkou pro přijetí je úspěšné absolvování přijímací zkoušky.