Detail předmětu

Programming in Bioinformatics

FEKT-MPA-PRGAk. rok: 2022/2023

Předmět je zaměřen na programování v oblasti bionformatiky. Zaměřuje se na seznámení s různými typy programů a konkrétními algoritmy používaných pro analýzu sekvencí DNA a proteinů.

Jazyk výuky

angličtina

Počet kreditů

5

Nabízen zahradničním studentům

Pouze domovské fakulty

Výsledky učení předmětu

Student je schopen:
- řešit algoritmy iteračně i rekurzivně
- vyhodnotit náročnost algoritmů
- realizovat algoritmy pro vyhledávání (hrubou silou, branch&bound algoritmus, greedy algoritmus)
- realizovat algoritmy zarovnání sekvencí využívající dynamické programování s rekurzí
- realizovat algoritmy pro učení skrytých markovových modelů a pro jejich použití

Prerekvizity

Jsou požadovány znalosti na úrovni bakalářského studia.

Plánované vzdělávací činnosti a výukové metody

Metody vyučování závisejí na způsobu výuky a jsou popsány článkem 7 Studijního a zkušebního řádu VUT.

Způsob a kritéria hodnocení

Studenti musí získat minimálně 50 bodů ze 100 bodů v dílčích aktivitách:
1. půlsemestrální test (max. 30 bodů),
2. semestrální test (max. 30 bodů),
3. bodované programování (min. 20 bodů, max. 40 bodů).
Dílčí aktivity mají prověřit schopnosti studenta realizovat algoritmy ve vybraném programovém prostředí.

Osnovy výuky

1. Základy algoritmizace úloh a náročnost algoritmů.
2. Typy algoritmů, rekurze a iterace.
3. Regulární výrazy.
4. Třídící algoritmy (greedy algoritmy).
5. Algoritmy pro restrikční mapování (exhaustive search).
6. Vyhledávání motivů (branch and bound algoritmy).
7. Dynamické programování s rekurzí.
8. Algoritmy pro de novo skládání genomu.
9. Markovovy modely v bioinformatice.
10. Sufixové stromy.

Učební cíle

Cílem předmětu je seznámení a osvojení základních algoritmů pro analýzu sekvencí DNA a proteinů a jejich podrobný rozbor. Studenti jsou vedeni k samostatnému programování probíraných algoritmů v programovacím prostředí R.

Vymezení kontrolované výuky a způsob jejího provádění a formy nahrazování zameškané výuky

Počítačová cvičení jsou povinná, řádně omluvené zmeškané cvičení lze po domluvě s vyučujícím nahradit individuálně.

Základní literatura

Jones N.C., Pevzner P.A: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. The MIT Press, 2004
Moorhouse M, Barry P: Bioinformatics Biocomputing and Perl: An Introduction to Bioinformatics Computing Skills and Practice. Wiley; 1 edition, 2004.
Chao K.-M., Zhang L.: Sequence Comparison. Springer-Verlag, 2009
Zaplatílek K, Doňar B: Matlab tvorba uživatelských aplikací, Technická literatura BEN, Praha 2004

eLearning

Zařazení předmětu ve studijních plánech

  • Program MPC-BTB magisterský navazující, 1. ročník, zimní semestr, povinný

Typ (způsob) výuky

 

Přednáška

13 hod., nepovinná

Vyučující / Lektor

Cvičení na počítači

39 hod., povinná

Vyučující / Lektor

eLearning