Detail aplikovaného výsledku

BLAST Sequence Analyzer

VADJÁK, Š.; SEDLÁŘ, K.; KOŠČOVÁ, P.; PROVAZNÍK, I.

Originální název

BLAST Sequence Analyzer

Anglický název

BLAST Sequence Analyzer

Druh

Software

Abstrakt

Software pro vizualizaci a úpravu sekvenovaných dat ve formátu *.scf. Program umožňuje načíst a porovnávat sekvenované nukleotidové sekvence z více běhů. Na základě těchto dat je sestavena konsensuální sekvence. Pomocí nástroje BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) jsou z databáze ncbi následně načteny sekvence, které jsou konsensu nejpodobnější. Uživatel má možnost prohlížet si interaktivně také flowgramy sekvenovaných dat. Na základě těchto informací může uživatel provádět editaci konsensuální sekvence. Výsledky editace včetně informací o nalezené BLAST sekvenci si poté může uživatel uložit ve formátu *.txt.

Abstrakt aglicky

Software for visualizing and editing sequenced data in *.scf format. The program allows to read and compare the sequenced nucleotide strings from more runs and assemble consensus sequence. Application can find similar seqeunces in ncbi database via BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) nad also show flowgrams of sequenced data. Consensus sequence can be modified by user. The result consensus sequence and informations about the found BLAST sequence are saved as *.txt.

Klíčová slova

scf, sequencing, consensus, BLAST, flowgram

Klíčová slova anglicky

scf, sequencing, consensus, BLAST, flowgram

Umístění

Ústav biomedicínksého inženýrství, FEKT VUT v Brně Technická 12 616 00 Brno

Možnosti využití

výsledek využívá pouze poskytovatel

Licenční poplatek

Využití výsledku jiným subjektem je možné bez nabytí licence (výsledek není licencován)

www

http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty