Detail publikačního výsledku

Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA

MADĚRÁNKOVÁ, D.; PROVAZNÍK, I.

Originální název

Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA

Anglický název

Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA

Druh

Stať ve sborníku v databázi WoS či Scopus

Originální abstrakt

Přesná, rychlá a levná identifikace organismů je stále nedostupná. Kvalifikovaných taxonomů je málo a jsou úzce specializovaní. Pro svoji práci potřebují pokud možno celý organismu. O identifikaci organismu jen z drobného tkáňového vzorku se snaží molekulární biologové. DNA barcoding je iniciativa zahrnující sběr, uchovávání a zpracování sekvencí mitochondriálních genů vhodných pro identifikaci organismů. Pro živočichy se jako nejvhodnější jeví část genu cytochrom c oxidázy podjednotky 1. K identifikaci standardně používané fylogenetické či statistické metody nedávají vždy uspokojivé výsledky. Námi navržená metoda založená na porovnání nukleotidových denzit zkoumané sekvence s referenčními sekvencemi byla otestována na souboru dat různých skupin organismů, jako jsou ryby, obojživelníci, ptáci i savci. V drtivé většině případů bylo dosaženo 100,0 % účinnosti klasifikace do referenčních druhů, a pokud analyzovaná sekvence nepatřila k druhům obsaženým v referenční databázi, byla s vysokou pravděpodobností zařazena k nejbližšímu příbuznému druhu.

Anglický abstrakt

Přesná, rychlá a levná identifikace organismů je stále nedostupná. Kvalifikovaných taxonomů je málo a jsou úzce specializovaní. Pro svoji práci potřebují pokud možno celý organismu. O identifikaci organismu jen z drobného tkáňového vzorku se snaží molekulární biologové. DNA barcoding je iniciativa zahrnující sběr, uchovávání a zpracování sekvencí mitochondriálních genů vhodných pro identifikaci organismů. Pro živočichy se jako nejvhodnější jeví část genu cytochrom c oxidázy podjednotky 1. K identifikaci standardně používané fylogenetické či statistické metody nedávají vždy uspokojivé výsledky. Námi navržená metoda založená na porovnání nukleotidových denzit zkoumané sekvence s referenčními sekvencemi byla otestována na souboru dat různých skupin organismů, jako jsou ryby, obojživelníci, ptáci i savci. V drtivé většině případů bylo dosaženo 100,0 % účinnosti klasifikace do referenčních druhů, a pokud analyzovaná sekvence nepatřila k druhům obsaženým v referenční databázi, byla s vysokou pravděpodobností zařazena k nejbližšímu příbuznému druhu.

Klíčová slova

Molekulární fylogenetika, identifikace organismů, nukleotidová denzita

Klíčová slova v angličtině

Molekulární fylogenetika, identifikace organismů, nukleotidová denzita

Autoři

MADĚRÁNKOVÁ, D.; PROVAZNÍK, I.

Rok RIV

2014

Vydáno

03.07.2013

ISBN

978-80-8086-208-4

Kniha

Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2013

Strany od

1

Strany do

3

Strany počet

3

BibTex

@inproceedings{BUT102049,
  author="Denisa {Maděránková} and Valentýna {Provazník}",
  title="Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA",
  booktitle="Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2013",
  year="2013",
  pages="1--3",
  isbn="978-80-8086-208-4"
}