bakalářská práce

Detekce extrasystol v signálech PPG

Text práce 33.43 MB Příloha 1.61 MB

Autor práce: Matouš Balner

Ak. rok: 2025/2026

Vedoucí: Ing. Enikö Vargová

Oponent: Ing. Andrea Němcová, Ph.D.

Abstrakt:

V této bakalářské práci je řešena problematika automatické detekce extrasystol z fotopletysmografického (PPG) signálu pomocí metod strojového učení. Teoretická část práce se věnuje popisu srdeční činnosti, charakteristice síňových a komorových extrasystol a analýze diagnosticky významných rysů PPG signálu. Pro účely práce byla využita anotovaná data z databáze MIMIC a syntetický dataset odvozený z databáze CPSC2018 prostřednictvím PPG simulátoru.
Praktická část zahrnuje návrh a implementaci detektoru systolických pulzních vrcholů, morfologického filtru nadbytečných extrasystolických vln a pipeline pro onset-to-onset segmentaci a extrakci příznaků. Z původní sady 23 příznaků bylo na základě vizuální analýzy separability a korelační kontroly vybráno 13 příznaků pro modelování. Klasifikátor byl trénován výhradně na syntetickém datasetu a hodnocen na reálných pacientských datech, přičemž rozdělení probíhalo výhradně na úrovni pacientů s cílem zamezit úniku informace.
Klasifikační úloha byla formulována jako binární detekce extrasystol (třída ES oproti normálnímu rytmu). Pro klasifikaci byly porovnány tři algoritmy strojového učení: Random Forest, XGBoost a Support Vector Machine s RBF jádrem. Výběr optimální sady příznaků byl proveden ablační studií, hyperparametry byly laděny stratifikovanou skupinovou křížovou validací. Jako finální model byl zvolen Random Forest s příznakovou sadou šesti časových a amplitudových podílů, který dosahuje na testovacím setu F1-skóre 0,798, senzitivity 0,807 a specificity 0,994. V rámci post-hoc analýzy byl výkon modelu hodnocen zvlášť pro síňové a komorové extrasystoly. Senzitivita dosáhla 83,9 % pro síňové a 58,9 % pro komorové extrasystoly, přičemž nižší detekce komorových extrasystol odpovídá nedostatečnému morfologickému pokrytí tohoto typu arytmie v syntetickém trénovacím datasetu.

Klíčová slova:

PPG, extrasystoly, síňové extrasystoly (PAC), komorové extrasystoly (PVC), detekce arytmií, klasifikace extrasystol, detekce pulzních vrcholů, zpracování biosignálů

Termín obhajoby

17.06.2026

Výsledek obhajoby

obhájeno (práce byla úspěšně obhájena)

znamkaAznamka

Klasifikace

A

Průběh obhajoby

Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Doc. Sedlář položil otázku: Co dělí v diagramu barvy? Doc. Gumulec položil otázku: Využil byste metodu v klinice pro detekci? Student obhájil bakalářskou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.

Jazyk práce

čeština

Fakulta

Ústav

Studijní program

Biomedicínská technika a bioinformatika (BPC-BTB)

Složení komise

Doc. MUDr. Jaromír Gumulec, Ph.D. (předseda)
doc. Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D. (člen)
Ing. Jiří Sekora, MBA (člen)
Ing. Andrea Němcová, Ph.D. (člen)
Ing. Roman Jakubíček, Ph.D. (člen)

Posudek vedoucího
Ing. Enikö Vargová

Student se ve své práci zabývá detekcí extrasystol v PPG signálech. Teoretická část práce o rozsahu přibližně 30 stran je velmi kvalitně zpracována a poskytuje čtenáři potřebný přehled o řešené problematice. Za zdařilou považuji zejména část věnovanou přehledu příznaků využitelných pro detekci extrasystol z PPG signálu.
Praktická část práce má rozsah přibližně 55 stran. Student nejprve navrhl a otestoval vlastní detektor systolických peaků, který představuje klíčový krok pro následnou detekci extrasystol. Jeho funkčnost byla ověřena na několika databázích s velmi dobrými výsledky. Následně byla provedena analýza reálných dat z databáze MIMIC obsahujících extrasystoly. Vzhledem k omezenému množství anotovaných dat student vhodně využil také rozsáhlý syntetický PPG dataset vytvořený na základě reálných klinických dat od více než 700 pacientů. Po segmentaci jednotlivých srdečních cyklů z PPG student provedl extrakci a výběr relevantních příznaků a následně natrénoval, otestoval a systematicky porovnal několik klasifikačních algoritmů včetně ladění jejich hyperparametrů.
Velmi pozitivně hodnotím zejména systematický přístup k řešení problému a množství doplňkových analýz, které významně zvyšují úroveň práce. Za přínosné považuji zejména ablační studii zaměřenou na výběr optimální sady příznaků, analýzu vlivu jednotlivých kroků předzpracování na výslednou výkonnost modelu, rozbor problematických pacientských záznamů a srovnání dosažených výsledků s publikovanými pracemi.
Oceňuji také kritické zhodnocení dosažených výsledků, kvalitně zpracovanou diskusi a jasně formulované limity navrženého řešení i možné směry dalšího výzkumu.
Celkově hodnotím práci jako nadstandardně zpracovanou a doporučuji ji k obhajobě. Výsledný počet bodů navržený vedoucím: 98

Známka navržená vedoucím: A

Bakalářská práce Matouš Balnera se zabývá aktuálním a vědecky i prakticky hodnotným tématem detekce extrasystol ve fotopletysmografických záznamech. Teoretická část práce je velmi pečlivě sepsána a tvoří perfektní základ pro praktickou část. Praktická část řeší dva na sebe navazující úkoly: 1) detekci peaků v PPG a 2) samotnou klasifikaci PPG beatů. Detekce peaků je řešena poměrně jednoduchou a přímou metodou. Algoritmus je testován na dvou databázích a úspěšností je srovnatelný se současnými nejlepšími detektory, v případě přítomnosti patologií je dokonce předčí. Pro klasifikaci PPG beatů student používá přístup extrakce příznaků a strojového učení. Celá metodika je pečlivě popsána a jednotlivé kroky na sebe logicky navazují. Všechny postupy jsou řádně zdůvodněny. Celkem bylo extrahováno 23 příznaků, použity 3 metody strojového učení a 2 databáze (jedna pro trénování a druhá pro validaci a testování). Mám pouze několik drobných výtek, např.: 1) u výpočtu PR není jasné, jak byl signál předzpracován, 2) v kapitole 7.2.1 by se hodila ilustrace signálů a anotací, 3) čísla v obrázku 10.2 (F1 ES) neodpovídají tabulce 10.6. Zadání práce je jednoznačně splněno a velmi kvalitně. Po obsahové stránce je práce na výborné úrovni a má vědeckou hodnotu. Formální stránka práce je rovněž nadprůměrná. Práce je psaná čtivě a srozumitelně. Vytknout snad můžu jen ne vždy správné používání zkratek a nekonzistentní seznam literatury. Od úvodu po závěr práce čítá 86 stran a obsahuje 38 literárních zdrojů. Otázky k obhajobě:
  1. Proč se detekce peaků v PPG hodnotí u MIMIC DB po segmentech a u CapnoBase DB nikoli?
  2. V obr. 8.6 jsou body (peaky PPG) detekované jedním z nejlepších PPG peak detektorů qppgfast velmi blízko sebe. Byl detektor dobře nastaven? Nebo jak si to vysvětlujete?
  3. Proč se krok morfologické filtrace nepoužije u umělého datasetu?
Výsledný počet bodů navržený oponentem: 97

Známka navržená oponentem: A

Odpovědnost: Mgr. et Mgr. Hana Odstrčilová