Cílem studia je získání pokročilých interdisciplinárních znalostí z oblastí mechaniky, elektrotechniky, elektroniky a počítačových věd, a schopnost jejich tvůrčího využití při návrhu mechatronických soustav. Jedná se o technické soustavy s prvky inteligentního chování, schopné reagovat na změny prostředí, detekovat kritické provozní stavy a optimalizovat svoji odezvu na dynamicky se měnící okolní podmínky. Kromě teoretických disciplín je kladen důraz na experimentální ověření a fixování získaných poznatků v laboratořích ústavu, vybavených nejnovějšími produkty renomovaných výrobců měřící techniky, kteří mají na půdě ústavu svá obchodní zastoupení.
Možnosti uplatnění jsou díky širokému vědnímu základu mechatroniky velmi rozmanité. Dosavadní absolventi se uplatňují jak ve strojírenských, tak i v elektrotechnických průmyslových subjektech, a poptávka po jejich mezioborové kvalifikaci neustále roste. Navíc v mechatronice akcentovaný systémový přístup k řešení problémů se stále více uplatňuje i v ekonomice, obchodě, biomedicíně a dalších oborech.
Absolvent má také možnost pokračovat v doktorském postgraduálním studiu a získat vědeckou hodnost PhD s vyhlídkou na případnou vědeckou či akademickou kariéru.