Přístupnostní navigace
E-přihláška
Vyhledávání Vyhledat Zavřít
Detail předmětu
FEKT-MPAN-CHMAk. rok: 2027/2028
Předmět seznamuje studenty se základy práce s chemickými a proteinovými databázemi, vizualizací biomolekulárních struktur a využitím webových nástrojů v oblasti molekulárního modelování. Důraz je kladen na přípravu proteinů a ligandů, molekulární dokování, virtuální screening a homologické modelování. Studenti se dále seznámí s generováním farmakoforů, QSAR modelováním, hodnocením ADMET vlastností a molekulární dynamikou. Součástí výuky je také řešení semestrálního projektu formou konzultací a závěrečné prezentace.
Jazyk výuky
Počet kreditů
Garant předmětu
Zajišťuje ústav
Způsob zakončení předmětu a pravidla hodnocení studentů
Kritéria pro získání zápočtu: - získat celkem alespoň 20 bodů ze všech bodovaných aktivit v semestru- absolvovat alespoň 7 z 8 průběžně bodovaných aktivit (tj. protokoly z počítačových cvičení) (max. 16 bodů)- vypracovat a obhájit projekt (max. 24 bodů)Cvičení jsou povinná, je povolena jedna absence. Další absence je možná pouze ze zdravotních důvodů, okamžitě omluvená (s potvrzením od lékaře). Náhrada za zmeškaná cvičení je možná v posledním týdnu semestru. K ústní závěrečné zkoušce se mohou přihlásit pouze studenti s kreditem.Pro úspěšné absolvování kurzu je nutné získat alespoň 30 bodů ze závěrečné zkoušky. Konečné hodnocení se stanoví na základě bodů získaných během semestru (max. 40 bodů) a ze závěrečné zkoušky (max. 60 bodů). Závěrečné zkoušky se budou konat formou ústní zkoušky.
Učební cíle
Cílem předmětu je seznámit studenty s moderními metodami počítačem podporovaného návrhu léčiv a práce s biomolekulárními daty. Student získá dovednosti v přípravě struktur, molekulárním dokování, virtuálním screeningu a tvorbě predikčních modelů. Naučí se využívat databáze, vizualizační nástroje a specializovaný software pro analýzu biologicky aktivních látek. Porozumí principům farmakoforového modelování, QSAR a hodnocení ADMET vlastností. Důraz je kladen na praktické řešení projektu a interpretaci dosažených výsledků.
Základní literatura
Doporučená literatura
Zařazení předmětu ve studijních plánech
Přednáška
Vyučující / Lektor
Osnova
1. Přehled chemické informatiky2. Chemická informatika: pojmy a metody3. Molekulární dokování a jeho aplikace v počítačem podporovaném navrhování léčiv4. Virtuální screening založený na struktuře a ligandech5. Navrhování léčiv pomocí homologického modelování6. Úvod do farmakoforů7. Základy QSAR modelování8. In-Silico ADMET9. Základy molekulární dynamiky10. Imunologické a biologické pozadí chemické informatiky11. Pokroky v genomice a proteomice vs. vývoj léků a vakcín
Cvičení na počítači
1. Úvod do chemických a proteinových databází. Vizualizace proteinových a biologických webových serverů.2. Příprava proteinů a ligandů pro molekulární dokování.3. Molekulární dokování.4. Virtuální screening.5. Homologické modelování.6. Generování farmakoforů a jejich použití ve virtuálním screeningu.7. QSAR a generování modelů.8. In-Selected ADMET na vybraných molekulách.9. Molekulární dynamika na dokovaných komplexech.10. Briefing a konzultace k projektu_I11. Briefing a konzultace k projektu_II12. Briefing a konzultace k projektu_III13. Závěrečná prezentace, zmeškaná cvičení a konzultace
Projekt
Práce na skupinovém projektu (skupiny o 1–3 členech).Individuální příprava na dokončeníZávěrečná příprava na ústní zkoušku z poskytnutých studijních materiálů (prezentace přednášek a cvičení),vlastních poznámek a zpráv připravených pro počítačová cvičení nebo ze základní literatury.
Individuální příprava na závěrečnou zkoušku
Studenti ukončí předmět závěrečnou zkouškou, na kterou se připravují z materiálů poskytnutých vedoucím (přednášky a úlohy ve cvičeních).
Individuální příprava na cvičení