Detail předmětu

Pokročilé metody v bioinformatice

FEKT-MPC-PMBAk. rok: 2020/2021

Předmět se zaměřuje na specifické problémy v bioinformatice jako jsou metody de novo skládání genomů, signálové metody zpracování genomů, metagenomiku, zpracování transkriptomu a epigenomu, predikci farmakologických vlastností biomolekul.

Jazyk výuky

čeština

Počet kreditů

3

Garant předmětu

Ing. Denisa Maděránková, Ph.D.

Zajišťuje ústav

Ústav biomedicínského inženýrství (UBMI)

Osnovy výuky

1. Příkazový řádek, Unix a shell skript v bioinformatice.
2. Sekvenační data, zhodnocení jejich kvality, identifikace kontaminací.
3. Zpracování transkriptomu.
4. Pipelines pro metagenomiku.
5. Vizualizace v bioinformatice.
6. Predikce farmakologických vlastností molekul.

Základní literatura

Ohlebusch E.: Bioinformatics Algorithms. Oldenbusch Verlag, 2013. (CS)
Compeau F., Pevzner P.: Bioinformatics Algorithms. Active Learning Publishers, 2015. (CS)
MacLean, D. R Bioinformatics Cookbook. Use R and Bioconductor to perform RNAseq, genomics, data visualization, and bioinformatic analysis. Packt Publishing, 2019. ISBN 978-1789950694 (EN)
Moorhouse M, Barry P: Bioinformatics Biocomputing and Perl: An Introduction to Bioinformatics Computing Skills and Practice. Wiley; 1 edition, 2004. (EN)

Zařazení předmětu ve studijních plánech

  • Program MPC-BTB magisterský navazující, 2. ročník, letní semestr, povinně volitelný

Typ (způsob) výuky

 

Cvičení na počítači

26 hod., nepovinná

Vyučující / Lektor

Ing. Denisa Maděránková, Ph.D.