Detail projektu

Metody zpracování a vizualizace dat nanopórové sekvenace pro účely metagenomiky

Období řešení: 01.03.2017 — 28.02.2018

Zdroje financování

Vysoké učení technické v Brně - Vnitřní projekty VUT

- plně financující (2017-01-01 - 2018-12-31)

O projektu

Sekvenování pomocí nanopórových technologií a jejich použití v praxi se postupně stává běžnou realitou. Jejich potenciálu plného využití na poli metagenomiky ovšem zabraňuje nedostatek dostupných bioinformatických nástrojů. Cílem je vytvoření komplexní automatizované metodiky pro taxonomickou identifikaci sekvencí získaných nanopórovým sekvenováním metagenomických vzorků. Projekt bude prvním svého druhu pro klasifikaci metagenomických dat přímo ze signálových sekvencí bez nutnosti prvotního převedení na klasický znakový řetězec DNA.

Označení

FEKT/FIT-J-17-4579

Originální jazyk

čeština

Řešitelé

Kupková Kristýna, Ing. - hlavní řešitel
Hon Jiří, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Provazník Valentine, prof. Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. - spoluřešitel

Útvary

Fakulta informačních technologií
- interní (01.01.2017 - 31.12.2017)
Ústav biomedicínského inženýrství
- interní (01.01.2017 - 31.12.2017)
Ústav informačních systémů
- interní (01.01.2017 - 31.12.2017)
Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
- příjemce (01.01.2017 - 31.12.2017)

Výsledky

KUPKOVÁ, K. Signal Based Processing of Metagenomic Data from Nanopore Sequencing. In Proceedings of the 23rd Conference STUDENT EEICT 2017. Brno: 2017. p. 324-328. ISBN: 978-80-214-5496-5.
Detail

KUPKOVÁ, K.; PROVAZNÍK, I.; SEDLÁŘ, K.; HON, J.; MARTÍNEK, T.; ZENDULKA, J. Visualization of Nanopore Sequencing Data in Metagenomics. Praha: 2017. p. 1 (1 s.).
Detail

BUCHMAN, J.; ZILE, K.; GLICKMAN, C.; KUPKOVÁ, K.; WALDMAN, J.; ELLISON, M.; CANTALUPO, P.; BUSBY, B. Automated Detection of Endogenous Viral Elements in Host Genomes. San Diego, CA: 2018. p. 1 (1 s.).
Detail

KUPKOVÁ, K.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I. Reference-free Identification of Phage DNA Using Signal Processing on Nanopore Data. In 2017 IEEE 17th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering, BIBE 2017. Washington DC: Conference Publishing Services, 2017. p. 101-105. ISBN: 978-1-5386-1324-5.
Detail

ZILE, K.; KUPKOVÁ, K.; CANTALUPO, P.; ELLISON, M.; WALDMAN, J.; GLICKMAN, C.; BUSBY, B.: ViruSpy; ViruSpy: a pipeline for viral identification from metagenomic samples. https://github.com/NCBI-Hackathons/ViruSpy. URL: https://github.com/NCBI-Hackathons/ViruSpy. (software)
Detail

Odpovědnost: Kupková Kristýna, Ing.