bakalářská práce

Uživatelský program pro zobrazení a zpracování kvantitativní fáze z digitálního holografického mikroskopu

Text práce 2.48 MB Příloha 2.35 MB

Autor práce: Ing. Lukáš Hladík

Ak. rok: 2009/2010

Vedoucí: Ing. Hana Uhlířová, Ph.D.

Oponent: Ing. Lukáš Kvasnica, Ph.D.

Abstrakt:

Tato bakalářská práce se zabývá problematikou tvorby uživatelského
počítačového programu určeného ke zpracování obrazů kvantitativního fázového kontrastu
z digitálního holografického mikroskopu. Teoretická část práce obsahuje základní poznatky
o získávání a vyhodnocování zpracovávaných obrazů včetně popisu jejich digitální reprezentace
v počítači. V experimentální části jsou rozebrány použité techniky a algoritmy na kterých je
program vystavěn. Tato část práce dále obsahuje popis grafického uživatelského rozhraní
výsledného programu a zhodnocení vlivu různých uživatelských nastavení na vlastnosti
výstupních souborů.

Klíčová slova:

zpracování obrazu, digitální holografický mikroskop, zobrazení buňky, dynamické fázové
diference, suchá hmota buňky, optická mikroskopie

Termín obhajoby

17.06.2010

Výsledek obhajoby

obhájeno (práce byla úspěšně obhájena)

znamkaAznamka

Klasifikace

A

Jazyk práce

čeština

Fakulta

Ústav

Studijní program

Aplikované vědy v inženýrství (B3A-P)

Studijní obor

Fyzikální inženýrství a nanotechnologie (B-FIN)

Složení komise

prof. RNDr. Tomáš Šikola, CSc. (předseda)
prof. RNDr. Miroslav Liška, DrSc. (místopředseda)
prof. RNDr. Bohumila Lencová, CSc. (člen)
doc. RNDr. Josef Kuběna, CSc. (člen)
prof. RNDr. Jiří Komrska, CSc. (člen)
prof. RNDr. Pavel Zemánek, Ph.D. (člen)
prof. RNDr. Petr Dub, CSc. (člen)
prof. RNDr. Radim Chmelík, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Ivan Křupka, Ph.D. (člen)
prof. RNDr. Jiří Spousta, Ph.D. (člen)
RNDr. Antonín Fejfar, CSc. (člen)

Posudek vedoucího
Ing. Hana Uhlířová, Ph.D.

Student splnil beze zbytku zadání bakalářské práce. Vytvořený program je přínosem pro zpracování obrazu z digitálního holografického mikroskopu, usnadňuje prezentaci a interpretaci výsledků a mezioborovou bio-fyzikální komunikaci.
Kritérium hodnocení Známka
Splnění požadavků a cílů zadání A
Postup a rozsah řešení, adekvátnost použitých metod A
Vlastní přínos a originalita A
Schopnost interpretovat dosažené vysledky a vyvozovat z nich závěry A
Využitelnost výsledků v praxi nebo teorii A
Logické uspořádání práce a formální náležitosti A
Grafická, stylistická úprava a pravopis A
Práce s literaturou včetně citací A
Samostatnost studenta při zpracování tématu A

Známka navržená vedoucím: A

Práce je zaměřena na vytvoření uživatelského programu pro zpracování kvantitativního fázového kontrastu z digitálního holografického mikroskopu. Stěžejní částí práce je výpočet dynamických fázových diferencí, které jsou vhodné pro zvýraznění časových změn fáze indukovaných živými biologickými vzorky.
  Při tvoření uživatelského programu prokázal student velmi dobré znalosti programovacího jazyka C# a architektury .NET, stejně tak jako znalost funkce DHM a významu kvantitativního fázového kontrastu pro biologii. Výsledkem bakalářské práce je výborně zpracovaný program, za jehož jediný nedostatek považuji nutnost převést před zpracováním černobílé snímky do prostoru RGB.

  Bakalářská práce je dobře formulovaná a tudíž srozumitelná, neshledávám žádné vážnější nedostatky a konstatuji, že cíle bakalářské práce byly splněny.

Práci hodnotím známkou výborně/A.
Kritérium hodnocení Známka
Splnění požadavků a cílů zadání A
Postup a rozsah řešení, adekvátnost použitých metod A
Vlastní přínos a originalita B
Schopnost interpretovat dosaž. vysledky a vyvozovat z nich závěry A
Využitelnost výsledků v praxi nebo teorii A
Logické uspořádání práce a formální náležitosti A
Grafická, stylistická úprava a pravopis A
Práce s literaturou včetně citací A
Otázky k obhajobě:
  1. 1) V kapitole 6.7 je uvedena možnost komprese video sekvencí, není zde uveden použitý kompresní algoritmus a automaticky se předpokládá degradace obrazu využitím komprese. Uvažoval jste některé bezeztrátové kompresní algoritmy?
  2. 3) V rekonstruované fázi je přítomen i šum, který může být výpočtem DPD také zvýrazněn. Pokuste se navrhnout a popsat filtr, který by byl vhodný k potlačení tohoto šumu.
  3. 2) V kapitole 3.3 je popsán způsob převodu barevného obrazu v prostoru RGB na obraz černobílý. Předložený program zpracovává pouze obrázky ve formátu RGB, ale výstupem rekonstrukce v DHM je černobílý obrázek. Popište jakým způsobem jste v testovacích datech zabezpečil převod z černobílých obrázků do prostoru RGB.

Známka navržená oponentem: A

Odpovědnost: Mgr. et Mgr. Hana Odstrčilová