bakalářská práce

Potlačení artefaktů způsobených přítomností kovů v dentálních CT snímcích

Text práce 7.32 MB

Autor práce: Bc. Dominik Vágner

Ak. rok: 2022/2023

Vedoucí: doc. Ing. Michal Španěl, Ph.D.

Oponent: Ing. Markéta Juránková, Ph.D.

Abstrakt:

Artefakty způsobené přítomností kovů v snímcích výpočetní tomografie mohou ovlivnit jejich čitelnost a způsobit komplikace při rozhodování lékařských profesionálů. V posled- ních letech metody založené na hlubokém učení zaznamenaly při řešení tohoto problému značný úspěch v porovnaní oproti klasickým specializovaným metodám. V této práci byly implementovány a vyzkoušeny dva modely neuronových sítí (Autoencoder, U-Net), spo- lečně s lepším způsobem pro generovaní syntetické datové sady, která je v daném případě přirozeně nemožná vytvořit. Bylo dosaženo výsledků hodnotících metrik (PSNR, SSIM) porovnatelných s jinými nejmodernějšími přístupy, zatímco byly sníženy požadavky pro po- třebná předzpracovaná data, která je obtížné získat. Tento obecnější přístup umožňuje širší a jednodušší použití bez nutnosti specifického kontrolovaného prostředí.

Klíčová slova:

výpočetní tomografie, CT, potlačení kovových artefaktů, MAR, hluboké učení, konvoluční neuronové sítě, Autoencoder, U-Net, vytvoření umělého datasetu

Termín obhajoby

15.06.2023

Výsledek obhajoby

obhájeno (práce byla úspěšně obhájena)

znamkaAznamka

Klasifikace

A

Průběh obhajoby

Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných, např. ohledně generování použitého datasetu či původu viditelných artefaktů. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm výborně / A.

Otázky k obhajobě

  1. 1. V tabulce 7.2 je testována architektura se zvýšenou hloubkou, která však nepřináší zlepšení. Zkoušel jste architekturu naopak zjednodušit? Jaké byste očekával výsledky a proč?

Jazyk práce

čeština

Fakulta

Ústav

Studijní program

Informační technologie (BIT)

Složení komise

doc. Ing. Martin Čadík, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Radek Burget, Ph.D. (člen)
Ing. Vojtěch Mrázek, Ph.D. (člen)
Ing. David Bařina, Ph.D. (člen)
Ing. Jaroslav Rozman, Ph.D. (člen)

Spolupráce s panem Vágnerem byla výborná. Dokázal se zorientovat v tématu s nádechem inovativnosti a svým aktivním přístupem se mu podařilo řešení dotáhnout k výsledkům, které mají potenciál využití v praxi.

Kritérium hodnocení Slovní hodnocení
Informace k zadání

Vznik zadání iniciovala firma, pro kterou je problematika zlepšení vizuální kvality dentálních CT snímků zajímavé. Nejproblematičtější je pak právě potlačení "kovových artefaktů", které při snímání vznikají.
Zadání považuji za obtížnější. Využití hlubokého učení pro tuto úlohu není běžné téma, ke kterému by existovalo množství zdrojů. Zadání také vyžadovalo vygenerovat dataset pro trénování uměle, což obnáší nastudovat problematiku vzniku artefaktů v CT datech a možnosti jejich nasimulování.
Zadání bylo splněno bez výhrad a dosažené výsledky jsou velmi slibné.

Práce s literaturou

Student pracoval samostatně, veškeré materiály vyhledal a v dostatečné míře nastudoval.

Aktivita během řešení, konzultace, komunikace

Student se řešení věnoval po oba semestry, pravidelně docházel na konzultace dle domluvy, demonstroval své pokroky a aktivně navrhoval další postup. Aktivně také spolupracoval s firemním konzultantem.

Aktivita při dokončování

Práce i technická zpráva byly dokončeny s časovou rezervou a definitivní podoba zprávy byla dostatečně konzultována.

Publikační činnost, ocenění

Práce byla prezentována na studentské konferenci Excel@FIT a získala ocenění odborným panelem.

Výsledný počet bodů navržený vedoucím: 95

Známka navržená vedoucím: A

Student svou prací ukázal schopnost nastudovat, analyzovat a porozumět řešenému problému v rozsahu nad rámec obvyklé bakalářské práce. Implementace navrženého řešení a dosažené výsledky mají potenciál pro využití v praxi.

Kritérium hodnocení Slovní hodnocení Body
Náročnost zadání

Stupeň hodnocení: obtížnější zadání

Zadání patří mezi obtížnější, bez změn by mohlo sloužit i jako zadání diplomové práce. Od studenta vyžaduje velkou míru samostudia, protože pokrývá i oblast mimo rozsah bakalářského programu. 

Rozsah splnění požadavků zadání

Stupeň hodnocení: zadání splněno

Zadání bylo splněno bez výhrad.

Rozsah technické zprávy

Stupeň hodnocení: je v obvyklém rozmezí

Rozsah technické zprávy je v obvyklém rozmezí. 

Prezentační úroveň technické zprávy

Struktura práce koresponduje s typickou strukturou technické zprávy, tedy seznámení s problémem, aktuální metody řešení, návrh vlastního řešení, implementace, experimenty a shrnutí.

Kapitoly na sebe logicky navazují a text je vhodně doplněn obrázky, případně relevantními matematickými vzorci.

Jednotlivé kapitoly délkou i obsahem pokrývají důležité informace, jedinou malou výtkou je možná zbytečně podrobně popsaná technologie tomografů.

Osobně by jsem v kapitole experimentů oddělila do různých tabulek metriky pro minimalizaci, resp. maximalizaci.

95
Formální úprava technické zprávy

Typograficky je práce velmi pěkně vysázená. Práce obsahuje minimum překlepů. K jazykové stránce mám menší připomínky:

  • krkolomný překlad zavedených anglických pojmů (padding - polstrování, loss funkce někdy přeložená jako nákladová funkce, jindy účelová funkce,...),
  • někdy až příliš složité větné konstrukce stěžující pochopení textu.

 

 

85
Práce s literaturou

Student čerpal informace z relevantních zdrojů, cituje a správně referencuje velké množství vědeckých prací.

95
Realizační výstup

Úroveň technického řešení je dostatečná, kód je dobře čitelný, bohužel bez dokumentace. Student aktivně demonstroval svoje řešení a prokázal hlubokou znalost svého SW.

Výsledné řešení bylo dostatečně vyhodnoceno a výsledky diskutované.

 

 

 

90
Využitelnost výsledků

Práce vznikla ve spolupráci s firmou Tescan 3DIM a reaguje na aktuální problémy spojené s pořizováním dentálních CT snímků. Práce využívá známe vlastnosti konvolučních sítí a aplikuje je na řešený problém. Dílčí výsledky práce je možné aplikovat v praxi.

Otázky k obhajobě:
  1. 1. V tabulce 7.2 je testována architektura se zvýšenou hloubkou, která však nepřináší zlepšení. Zkoušel jste architekturu naopak zjednodušit? Jaké byste očekával výsledky a proč?
Výsledný počet bodů navržený oponentem: 95

Známka navržená oponentem: A

Odpovědnost: Mgr. et Mgr. Hana Odstrčilová