Přístupnostní navigace
E-přihláška
Vyhledávání Vyhledat Zavřít
Detail předmětu
FCH-MC_BIDAk. rok: 2024/2025
Cílem předmětu je poskytnout posluchačům základy bioinformatiky. Bioinformatika představuje spojení dvou technologií (oblast molekulární biologie a biotechnologií a oblast informačních technologií), u nichž došlo v posledních letech k explozivnímu růstu nových poznatků. Hlavní oblastí zájmu bioinformatiky je vyhledávání informací v databázích, srovnávání sekvencí nukleových kyselin a proteinů, vyhledávání genů, funkční genomika, klasifikace proteinů a proteomika, fylogenetické studie a srovnávací genomika. Shromažďováním a správou dat, vývojem nástrojů pro jejich analýzu a poskytováním informací se ve světě zabývá několik institucí. Na internetových stránkách těchto institucí jsou veřejně přístupné biologické databáze, které obsahují rozsáhlé soubory dat (nukleotidových nebo aminokyselinových sekvencí), které jsou obvykle spojeny s počítačovým softwarem pro aktualizaci a vyhledávání dat.
Jazyk výuky
Počet kreditů
Garant předmětu
Zajišťuje ústav
Vstupní znalosti
Pravidla hodnocení a ukončení předmětu
Předmět je hodnocen klasifikovaným zápočtem. Součástí ověření znalostí předmětu je písemná část (test) a ústní. Při testu musí student zodpovědět 10 otázek odpovídajících souhrnným znalostem z celého předmětu. Součástí písemné části je i aplikace získaných znalostí na modelový experimnální systém (vyhldání nebo navržení sekvence, identifikace biomolekul apod.). Hodnocení odpovídá systému ECTS.
Účast na přednáškách není povinná, ale doporučuje se. Účast na cvičeních je povinná a kontrolovaná vyučujícím.
Učební cíle
Základní literatura
Doporučená literatura
Elearning
Zařazení předmětu ve studijních plánech
specializace CHBL , 2 ročník, zimní semestr, povinně volitelný
Přednáška
Vyučující / Lektor
Osnova
Osnova (týdenní výuka) :1. Úvod do bioinformatiky2. Základy molekulární biologie z pohledu informatiky3. Nástroje molekulární biologie4. Databáze biologických dat – EMBL, DBJ, GenBank, Swiss-Prot, TrEMBL5. Zarovnání sekvencí, dynamického programování, BLAST, FASTA 6. Evoluční modely7. Konstrukce fylogenetických stromů8. Sestavování fragmentů DNA 9. Genomika a rozpoznávání genů10. Proteiny a predikce jejich struktury11. Výpočet sekundární struktury RNA12. Proteomika, regulační sítě13. Polymorfizmus genů a diverzita
Konzultace v kombinovaném studiu
Cvičení