Přístupnostní navigace
E-application
Search Search Close
Ing.
Ph.D.
FEEC, UBMI – Assistant professor
+420 54114 6684vitkovah@vut.cz
Send BUT message
2026
JAKUBÍČEK, R.; VOROCHTA, J.; JAKUBÍČKOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; VÍTKOVÁ, H. Basecalling-free resistance gene identification using a hybrid transformer in raw nanopore signals. Frontiers in Microbiology, 2026, vol. 17, no. 1748934, p. 1-11.
WoS Article
BEZDÍČEK, M.; JAKUBÍČKOVÁ, M.; BITUŠÍKOVÁ, V.; HOLUBOVÁ, E.; VÍTKOVÁ, H.; KOCMANOVÁ, I.; VÍTKOVÁ, I.; ZDRAŽILOVÁ DUBSKÁ, L.; LENGEROVÁ, M. Emergence and genomic characterization of hypervirulent ST23/K1 Klebsiella pneumoniae: local epidemiology and global context. Frontiers in Microbiology, 2026, vol. 17, no. 1758288, p. 1-12.
2025
JAKUBÍČKOVÁ, M.; ŠABATOVÁ, K.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; VÍTKOVÁ, H. Výpočetní analýza metylací v bakteriálním genomu pomocí nanopórového sekvenování. Kongres klinické mikrobiologie, infekčních nemocí a epidemiologie (KMINE) 2025, Hradec Králové. 2025. ISBN: 978-80-88379-51-5.
Abstract
VOROCHTA, J.; VÍTKOVÁ, H.; JAKUBÍČEK, R. Direct Gene Detection in Raw Nanopore Signals Using Transformer Neural Networks. In Proceedings II of the Conference Student Eeict. Proceedings II of the Conference STUDENT EEICT. Brno University of Technology, 2025. p. 13-16. ISBN: 9788021463202.
Paper in proceedings (conference paper)
ŠABATOVÁ, K.; JAKUBÍČKOVÁ, M.; DZURČANINOVÁ, N.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; VÍTKOVÁ, H. User-friendly web tool for typing and characterization of ESKAPEE pathogens. ENBIK 2025, Karlov pod Pradědem. 2025.
ZBUDILOVÁ, M.; JAKUBÍČKOVÁ, M.; VÍTKOVÁ, H. Novel Computational Pipeline for Comparative Whole-Genome Methylation Profiling In Bacteria. In Proceedings of the World Congress on Electrical Engineering and Computer Systems and Science. Avestia Publishing, 2025. 7 p. ISBN: 978-1-990800-61-0.
UMAIR, M.; SEDLÁŘ, K.; VÍTKOVÁ, H.; JAKUBÍČKOVÁ, M.; BUCHTÍKOVÁ, I.; BEZDÍČEK, M.; OBRUČA, S. Comparative Methylation Analysis of Caldimonas thermodepolymerans Using Third-Generation Sequencing. Proceedings of the 12th International Conference on Chemical Technology. Prague, Czechia: Czech chemical society, 2025. p. 13-18. ISBN: 978-80-88307-24-2.
Paper in proceedings outside WoS and Scopus
JAKUBÍČKOVÁ, M.; ZBUDILOVÁ, M.; SURIAK, M.; VÍTKOVÁ, H. NANOSLAST: Nanopore Signal Local Alignment and Segmentation Tool. In Proceedings of the World Congress on Electrical Engineering and Computer Systems and Science. Avestia Publishing, 2025. 4 p. ISBN: 978-1-990800-61-0.
VÍTKOVÁ, H.; JAKUBÍČKOVÁ, M.; BEZDÍČEK KRÁLOVÁ, S. Consensus-Based Detection of Biosynthetic Gene Clusters with Application to RiPPs from Antartic Bacteria. ENBIK 2025, Karlov pod Pradědem. 2025.
JAKUBÍČKOVÁ, M.; ŠABATOVÁ, K.; ZBUDILOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; VÍTKOVÁ, H. Computational methylome analysis pipeline for uncovering DNA methylation sites in Klebsiella pneumoniae core genome. ESCMID Global 2025, Vienna, Austria. 2025.
UMAIR, M.; JAKUBÍČKOVÁ, M.; BUCHTÍKOVÁ, I.; BEZDÍČEK, M.; OBRUČA, S.; VÍTKOVÁ, H.; SEDLÁŘ, K. Methylome Profiling Using Third-Generation Sequencing: A Comparison of PacBio and ONT in a PHA-Producing Bacterium. ENBIK 2025 conference proceedings. Prague: University of Chemistry and technology, 2025. p. 73-73. ISBN: 978-80-7592-292-2.
JAKUBÍČKOVÁ, M.; ŠABATOVÁ, K.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; VÍTKOVÁ, H. Streamlined workflow for bacterial methylation analysis using nanopore data. ENBIK 2025, Karlov pod Pradědem. 2025.
ŠABATOVÁ, K.; JAKUBÍČKOVÁ, M.; ZBUDILOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; VÍTKOVÁ, H. MethylomeMiner: a simple tool for processing and analysing DNA methylation data from sequencing. ESCMID Global 2025, Vienna, Austria. 2025.
SPACEK, P.; JAKUBÍČKOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; VÍTKOVÁ, H.; BEZDÍČEK KRÁLOVÁ, S. Exploring Ribosomal Peptides in Antarctic Extremophiles. ASM Microbe 2025, Los Angeles, USA. 2025.
JAKUBÍČKOVÁ, M.; ŠABATOVÁ, K.; ZBUDILOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; VÍTKOVÁ, H. MethylomeMiner: A novel tool for high-resolution analysis of bacterial methylation patterns from nanopore sequencing. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2025, vol. 27, no. October, p. 4753-4759.
2024
VÍTKOVÁ, H.; NYKRÝNOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M. Unveiling Diversity: Classification of Klebsiella Pneumoniae Plasmids from Long-read Assemblies. In Lecture Notes in Bioinformatics. Lecture Notes in Computer Science. 14849. Springer Nature, 2024. no. II., p. 314-328. ISBN: 978-3-031-64636-2. ISSN: 1611-3349.
NYKRÝNOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; VÍTKOVÁ, H. Exploring DNA Methylation Patterns in the Core Genome of Klebsiella pneumoniae. In Lecture Notes in Bioinformatics. Lecture Notes in Computer Science. 14849. Springer Nature, 2024. no. II., p. 140-152. ISBN: 978-3-031-64636-2. ISSN: 1611-3349.
JUGAS, R.; VÍTKOVÁ, H. ProcaryaSV: structural variation detection pipeline for bacterial genomes using short-read sequencing. BMC BIOINFORMATICS, 2024, vol. 25, no. 1, p. 1-13. ISSN: 1471-2105.
NYKRÝNOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; VÍTKOVÁ, H. Design of a plasmid classification workflow for local bacterial population analysis. ESCMID Global 2024, Barcelona, Spain. 2024.
2023
NYKRÝNOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; DUFKOVÁ, K.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Hybrid mapping for plasmid content determination in NGS data. 33rd European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases 2023, Copenhagen, Denmark. 2023.
NYKRÝNOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Bacterial phenotype prediction based on methylation site profiles. In 2023 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB). IEEE, 2023. p. 1-6. ISBN: 979-8-3503-1017-7.
2022
NYKRÝNOVÁ, M.; JUREČKOVÁ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; SLANINOVÁ, E.; OBRUČA, S.; FLEURIOT-BLITMAN, H.; ZINN, M.; SEDLÁŘ, K. Gene expression profiling in Rhodospirillum rubrum. 18th International Symposium on Biopolymers (ISBP). 2022.
SEDLÁŘ, K.; MUSILOVÁ, J.; ŠKUTKOVÁ, H.; NYKRÝNOVÁ, M.; JUREČKOVÁ, K.; PERNICOVÁ, I.; SLANINOVÁ, E.; FLEURIOT-BLITMAN, H.; ZINN, M.; OBRUČA, S. Improving structural annotation of Rhodospirillum rubrum DSM 467 with RNA-Seq. 18th International Symposium on Biopolymers (ISBP). 2022.
BARTOŇ, V.; ŠKUTKOVÁ, H. Data Transformation for Clustering Utilization for Feature Detection in Mass Spectrometry. In Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics). 13347. Springer, 2022. p. 288-299. ISBN: 978-3-031-07801-9.
JUREČKOVÁ, K.; NYKRÝNOVÁ, M.; SLANINOVÁ, E.; BEZDÍČEK, M.; OBRUČA, S.; ŠKUTKOVÁ, H.; SEDLÁŘ, K. Genomic and functional analysis of polyhydroxyalkanoates producer Rhodospirillum rubrum DSM 467. In Proceedings of the 9th International Conference on Chemical Technology. Prague: Czech Society of Industrial Chemistry, 2022. p. 367-372. ISBN: 978-80-88307-11-2.
NYKRÝNOVÁ, M.; JAKUBÍČEK, R.; BARTOŇ, V.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Using deep learning for gene detection and classification in raw nanopore signals. Frontiers in Microbiology, 2022, vol. 13, no. 1, p. 1-11. ISSN: 1664-302X.
NYKRÝNOVÁ, M.; JAKUBÍČEK, R.; BEZDÍČEK, M.; DUFKOVÁ, K.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Real-time MLST genes detection in nanopore squiggles. 32nd European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases 2022, Lisbon, Portugal. 2022.
NYKRÝNOVÁ, M.; BARTOŇ, V.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Identification of highly variable sequence fragments in unmapped reads for rapid bacterial genotyping. BMC GENOMICS, 2022, vol. 23, no. SUPPL 3, p. 1-12. ISSN: 1471-2164.
2021
NYKRÝNOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; STRNADOVÁ, M.; DUFKOVÁ, K.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Bacterial typing via raw nanopore signals. ECCMID 2021. Vienna, Austria: 2021.
NYKRÝNOVÁ, M.; BARTOŇ, V.; VÍTEK, M.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Raw nanopore squiggle alignment for bacterial typing distinction enhancement. In 2021 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). 2021. p. 1969-1974. ISBN: 978-1-6654-0126-5.
JUGAS, R.; SEDLÁŘ, K.; VÍTEK, M.; NYKRÝNOVÁ, M.; BARTOŇ, V.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. CNproScan: Hybrid CNV detection for bacterial genomes. Genomics, 2021, vol. 113, no. 5, p. 3103-3111. ISSN: 0888-7543.
BEZDÍČEK, M.; NYKRÝNOVÁ, M.; SEDLÁŘ, K.; KRÁLOVÁ, S.; HANSLIKOVA, J.; KOMPRDOVÁ, A.; ŠKUTKOVÁ, H.; KOCMANOVÁ, I.; MAYER, J.; LENGEROVÁ, M. Rapid high-resolution melting genotyping scheme for Escherichia coli based on MLST derived single nucleotide polymorphisms. Scientific Reports, 2021, vol. 11, no. 1, p. 1-11. ISSN: 2045-2322.
SEDLÁŘ, K.; NYKRÝNOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; BRANSKÁ, B.; LENGEROVÁ, M.; PATÁKOVÁ, P.; ŠKUTKOVÁ, H. Diversity and Evolution of Clostridium beijerinckii and Complete Genome of the Type Strain DSM 791T. Processes, 2021, vol. 9, no. 7, p. 1-16. ISSN: 2227-9717.
BARTOŇ, V.; NYKRÝNOVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. MANASIG: Python Package to MAnipulateNAnopore SIGnals from sequencing files. In 2021 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). 2021. p. 1941-1947. ISBN: 978-1-6654-0126-5.
MUSILOVÁ, J.; KOUŘILOVÁ, X.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; OBRUČA, S.; ŠKUTKOVÁ, H.; SEDLÁŘ, K. First Complete Genome of the Thermophilic Polyhydroxyalkanoates Producing Bacterium Schlegelella thermodepolymerans DSM 15344. Genome Biology and Evolution, 2021, vol. 13, no. 4, p. 1-13. ISSN: 1759-6653.
NYKRÝNOVÁ, M.; BARTOŇ, V.; SEDLÁŘ, K.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Word entropy-based approach to detect highly variable genetic markers for bacterial genotyping. Frontiers in Microbiology, 2021, vol. 12, no. 1, p. 1-8. ISSN: 1664-302X.
2020
NYKRÝNOVÁ, M.; BARTOŇ, V.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Detection of Highly Variable Genome Fragments in Unmapped Reads of Escherichia coli Genomes. In Bioinformatics and Biomedical Engineering. Lecture Notes in Computer Science. 2020. p. 569-578. ISBN: 978-3-030-45384-8. ISSN: 0302-9743.
BARTOŇ, V.; NYKRÝNOVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Watershed Segmentation for Peak Picking in Mass Spectrometry Data. In Bioinformatics and Biomedical Engineering. Lecture Notes in Computer Science. 2020. p. 494-502. ISBN: 978-3-030-45384-8. ISSN: 0302-9743.
2019
BARTOŇ, V.; NYKRÝNOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Clustering of Klebsiella Strains Based on Variability in Sequencing Data. In Bioinformatics and Biomedical Engineering. IWBBIO 2019. Lecture Notes in Computer Science. 2019. p. 189-199. ISBN: 978-3-030-17934-2. ISSN: 0302-9743.
NYKRÝNOVÁ, M.; MADĚRÁNKOVÁ, D.; BARTOŇ, V.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Entropy-Based Detection of Genetic Markers for Bacteria Genotyping. In Bioinformatics and Biomedical Engineering. IWBBIO 2019. Lecture Notes in Computer Science. 2019. p. 177-188. ISBN: 978-3-030-17934-2. ISSN: 0302-9743.
ŠKUTKOVÁ, H.; MADĚRÁNKOVÁ, D.; SEDLÁŘ, K.; JUGAS, R.; VÍTEK, M. A degeneration-reducing criterion for optimal digital mapping of genetic codes. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2019, vol. 17, no. 1, p. 406-414. ISSN: 2001-0370.
JUGAS, R.; VÍTEK, M.; MADĚRÁNKOVÁ, D.; ŠKUTKOVÁ, H. Signal processing based CNV detection in bacterial genomes. In Bioinformatics and Biomedical Engineering. IWBBIO 2019. Lecture Notes in Computer Science. Granada, Spain: Springer Verlag, 2019. no. 11465, p. 93-102. ISBN: 978-3-030-17937-3. ISSN: 0302-9743.
MADĚRÁNKOVÁ, D.; JUGAS, R.; SEDLÁŘ, K.; VÍTEK, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Rapid bacterial species delineation based on parameters derived from genome numerical representations. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2019, vol. 17, no. 1, p. 118-126. ISSN: 2001-0370.
JUGAS, R.; SEDLÁŘ, K.; VÍTEK, M.; ŠKUTKOVÁ, H. CNV Hybrid Detection in Bacteria Using Signal Processing. International Conference of the Genetics Society of Korea 2019 : New Horizons of Genetics. 1. Seoul, Republic of Korea: The Genetics Society of Korea, 2019. p. 101-101.
NYKRÝNOVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Method for improving the consensus sequence from NGS data based on reads classification. In Proceedings of IEEE Student Branch Conference Mikulov 2019. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2019. p. 6-9. ISBN: 978-80-214-5781-2.
BARTOŇ, V.; ŠKUTKOVÁ, H. Watershed Segmentation for Peak Picking of High-Resolution Mass Spectrometry Data. In Proceedings of IEEE Student Branch Conference Mikulov2019. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2019. p. 23-25. ISBN: 978-80-214-5781-2.
NYKRÝNOVÁ, M.; MADĚRÁNKOVÁ, D.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Bioinformatic Tools for Genotyping of Klebsiella pneumoniae Isolates. In Information Technology in Biomedicine. 2019. p. 419-428. ISBN: 978-3-319-91210-3.
ŠKUTKOVÁ, H.; VÍTEK, M.; BEZDÍČEK, M.; BRHELOVÁ, E.; LENGEROVÁ, M. Advanced DNA fingerprint genotyping based on a model developed from real chip electrophoresis data. Journal of Advanced Research, 2019, vol. 18, no. 18, p. 9-18. ISSN: 2090-1232.
2018
JUGAS, R.; VÍTEK, M.; SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H. Cross-Correlation Based Detection of Contigs Overlaps. In MIPRO 2018 proceedings. New York: IEEE, 2018. p. 155-158. ISBN: 978-953-233-095-3.
2017
JUGAS, R.; SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; VÍTEK, M. Overlap detection for a genome assembly based on genomic signal processing. In 2017 IEEE 30th International Symposium on Computer-Based Medical Systems. Proceedings of the ... IEEE International Symposium on Computer-Based Medical Systems. USA: IEEE Computer Society, 2017. no. 30, p. 301-305. ISBN: 978-1-5386-1710-6. ISSN: 2372-9198.
MADĚRÁNKOVÁ, D.; SEDLÁŘ, K.; VÍTEK, M.; ŠKUTKOVÁ, H. The identification of replication origin in bacterial genomes by cumulated phase signal. In 2017 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB). IEEE, 2017. p. 267-271. ISBN: 978-1-4673-8988-4.
2016
SEDLÁŘ, K.; VÍDEŇSKÁ, P.; ŠKUTKOVÁ, H.; RYCHLÍK, I.; PROVAZNÍK, I. Bipartite Graphs for Visualization Analysis of Microbiome Data. Evolutionary Bioinformatics, 2016, vol. 12, no. S1, p. 17-23. ISSN: 1176-9343.
2015
ŠKUTKOVÁ, H.; VÍTEK, M.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I. Progressive alignment of genomic signals by multiple dynamic time warping. JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY, 2015, vol. 2015, no. 385, p. 20-30. ISSN: 0022-5193.
SEDLÁŘ, K.; KOLEK, J.; ŠKUTKOVÁ, H.; BRANSKÁ, B.; PROVAZNÍK, I.; PATÁKOVÁ, P. Complete genome sequence of Clostridium pasteurianum NRRL B-598, a non-type strain producing butanol. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 2015, vol. 214, no. 1, p. 113-114. ISSN: 0168-1656.
SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; KOLEK, J.; PATÁKOVÁ, P.; PROVAZNÍK, I. Bacterial Genome Assembly in Biotechnology: Clostridium Pasteurianum NRRL B-598 Genome. 3. mezinárodní chemicko-technologická konference SBORNÍK ABSTRAKT A PLNÝCH TEXTŮ. Mikulov: Academic and Medical Conference Agency, 2015. p. 1 (1 s.). ISBN: 978-80-86238-73-9.
Conference proceedings
SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; VÍDEŇSKÁ, P.; RYCHLÍK, I.; PROVAZNÍK, I. Bipartite Graphs for Metagenomic Data Analysis and Visualization. In Proceedings 2015 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2015). 1. Washington D.C.: IEEE, 2015. p. 1123-1128. ISBN: 978-1-4673-6798-1.
SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; VÍTEK, M.; PROVAZNÍK, I. Set of rules for genomic signal downsampling. Computers in Biology and Medicine, 2015, vol. 64, no. p1, p. 1-7. ISSN: 0010-4825.
2014
KOLEK, J.; SEDLÁŘ, K.; BRANSKÁ, B.; ŠKUTKOVÁ, H.; LINHOVÁ, M.; PROVAZNÍK, I.; MELZOCH, K.; PATÁKOVÁ, P. Clostridium pasteurianum NRRL B-598 Phenotype Matching Genotype?. Clostridium XIII book of abstracts. Shangai, China: 2014. p. 69-69.
ŠKUTKOVÁ, H.; BABULA, P.; PROVAZNÍK, I. Bioinformatic study of genetic variability of superoxide dismutase isoforms. In 2. mezinárodní chemicko-technologická konference, SBORNÍK ABSTRAKT A PLNÝCH TEXTŮ. Mikulov: 2014. p. 1-6. ISBN: 978-80-86238-61-6.
SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; VÍTEK, M.; PROVAZNÍK, I. Prokaryotic DNA Signal Downsampling for Fast Whole Genome Comparison. Advances in Intelligent Systems and Computing, 2014, vol. 283, no. 6, p. 373-383. ISSN: 2194-5357.
Scopus Article
SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; KOLEK, J.; PATÁKOVÁ, P.; PROVAZNÍK, I. Identification and Characterization of Sol Operon in Clostridium Pasteurianum NRRL B-598 Genome. In 2. mezinárodní chemicko-technologická konference, SBORNÍK ABSTRAKT A PLNÝCH TEXTŮ. 1. Mikulov: 2014. p. 1-5. ISBN: 978-80-86238-61-6.
SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; KOLEK, J.; PATÁKOVÁ, P.; PROVAZNÍK, I. Bioinformatics for biotechnology research: data mining of Clostridium pasteurianum genome. BioTech 2014 and 6th Czech-Swiss Symposium with Exhibition Book of Abstracts. 1. Praha: Institute of Chemical Technology Prague, 2014. p. 64-64. ISBN: 978-80-7080-887-0.
SOCHOR, J.; JUŘÍKOVÁ, T.; POHANKA, M.; ŠKUTKOVÁ, H.; BAROŇ, M.; TOMÁŠKOVÁ, L.; BALLA, Š.; KLEJDUS, B.; POKLUDA, R.; MLČEK, J.; TROJÁKOVÁ, Z.; ŠALOUN, J. Evaluation of Antioxidant Activity, Polyphenolic Compounds, Amino Acids and Mineral Elements of Representative Genotypes of Lonicera edulis. MOLECULES, 2014, vol. 19, no. 5, p. 6505-6523. ISSN: 1420-3049.
2013
ŠKUTKOVÁ, H.; VÍTEK, M.; PROVAZNÍK, I. Celogenomové srovnání organismů pomocí signálového zpracování. In Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2013. 2013. s. 1-5. ISBN: 978-80-8086-208-4.
ŠKUTKOVÁ, H.; VÍTEK, M.; BABULA, P.; KIZEK, R.; PROVAZNÍK, I. Classification of genomic signals using dynamic time warping. BMC BIOINFORMATICS, 2013, vol. 14, no. 10, p. 1-7. ISSN: 1471-2105.
ZÍTKA, O.; KOMÍNKOVÁ, M.; SKALIČKOVÁ, S.; ŠKUTKOVÁ, H.; PROVAZNÍK, I.; ECKSCHLAGER, T.; STIBOROVÁ, M.; TRNKOVÁ, L.; ADAM, V.; KIZEK, R. Single Amino Acid Change in Metallothionein Metal-Binding Cluster Influences Interaction with Cisplatin. International Journal of Electrochemical Science, 2013, vol. 8, no. 2, p. 2625-2634. ISSN: 1452-3981.
SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; PROVAZNÍK, I. Compressed DNA signal representation for classification of long sequences. In XIII pracovní setkání fyzikálních chemiků a elektrochemiků. 1. Brno: LITERA BRNO, 2013. p. 135-136. ISBN: 978-80-7375-757-1.
ŠKUTKOVÁ, H.; VÍTEK, M.; KŘÍŽKOVÁ, S.; KIZEK, R.; PROVAZNÍK, I. Preprocessing and Classification of Electrophoresis Gel Images Using Dynamic Time Warping. International Journal of Electrochemical Science, 2013, vol. 2013(8), no. 2, p. 1609-1620. ISSN: 1452-3981.
Peer-reviewed article not indexed in WoS or Scopus
2012
ZÍTKA, O.; KOMÍNKOVÁ, M.; SKALIČKOVÁ, S.; ŠKUTKOVÁ, H.; PROVAZNÍK, I.; ECKSCHLAGER, T.; STIBOROVÁ, M.; ADAM, V.; TRNKOVÁ, L.; KIZEK, R. Hydrodynamic Voltammograms Profiling of Metallothionein Fragment. International Journal of Electrochemical Science, 2012, vol. 7, no. 11, p. 10544-10561. ISSN: 1452-3981.
BABULA, P.; MASAŘÍK, M.; ADAM, V.; ECKSCHLAGER, T.; STIBOROVÁ, M.; TRNKOVÁ, L.; ŠKUTKOVÁ, H.; PROVAZNÍK, I.; HUBÁLEK, J.; KIZEK, R. Mammalian metallothioneins: properties and functions. Metallomics, 2012, vol. 4, no. 1, p. 739-750. ISSN: 1756-5901.
SOCHOR, J.; SALAŠ, P.; ŠKUTKOVÁ, H.; BABULA, P.; PROVAZNÍK, I.; ADAM, V.; KIZEK, R. Environmental monitoring of soil conditioner effects on photosynthetic parameters of Acer campestre L. AFRICAN JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 2012, vol. 11, no. 58, p. 4007-4021. ISSN: 1684-5315.
BABULA, P.; VODIČKA, O.; ADAM, V.; KUMMEROVÁ, M.; HAVEL, L.; HOŠEK, J.; PROVAZNÍK, I.; ŠKUTKOVÁ, H.; BEKLOVÁ, M.; KIZEK, R. Effect of fluoranthene on plant cell model: Tobacco BY-2 suspension culture. ENVIRONMENTAL AND EXPERIMENTAL BOTANY, 2012, vol. 2012, no. 78, p. 117-126. ISSN: 0098-8472.
ŠKUTKOVÁ, H.; BABULA, P.; STIBOROVÁ, M.; ECKSCHLAGER, T.; TRNKOVÁ, L.; PROVAZNÍK, I.; HUBÁLEK, J.; KIZEK, R.; ADAM, V. Structure, Polymorphisms and Electrochemistry of Mammalian Metallothioneins – A Review. International Journal of Electrochemical Science, 2012, vol. 2012, no. 7, p. 12415-12431. ISSN: 1452-3981.
VACULOVIČOVÁ, M.; HYNEK, D.; ŠKUTKOVÁ, H.; ADAM, V.; PROVAZNÍK, I.; KIZEK, R. Structural changes in metallothionein isoforms revealed by capillary electrophoresis and Brdicka reaction. ELECTROPHORESIS, 2012, vol. 33, no. 2, p. 270-279. ISSN: 0173-0835.
ŠKUTKOVÁ, H.; VÍTEK, M.; KIZEK, R.; PROVAZNÍK, I. Preprocessing and classification of electroforetic gel image using dynamic time warping. In Sborník - XII. Pracovní setkání fyzikálních chemiků a elektrochemiků. Brno: Mendelova univerzita v Brně, 2012. p. 280-282. ISBN: 978-80-7375-618-5.
PROVAZNÍK, I.; KUBICOVÁ, V.; ŠKUTKOVÁ, H.; NEDVĚD, J.; TKACZ, E.; BABULA, P.; KIZEK, R. Detection of Short Exons in DNA Sequences Using Complex Wavelet Transform of Structural Features. In Proceedings of IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics 2012. 2012. p. 1-4. ISBN: 978-1-4673-0491-7.
ŠMERKOVÁ, K.; DOSTÁLOVÁ, S.; ŠKUTKOVÁ, H.; VACULOVIČOVÁ, M.; ADAM, V.; PROVAZNÍK, I.; KIZEK, R. Isolation of Xis Gen Fragment of lambda Phage from Agarose Gel Using Magnetic Particles for Subsequent Enzymatic DNA Sequencing. CHROMATOGRAPHIA, 2012, vol. 2012, no. 10, p. 1-6. ISSN: 0009-5893.
SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H. Predikce sekundární struktury proteinů pomocí neuronové sítě. In Sborní z konference: Student EEICT 2012. Brno: VUT Brno, 2012. s. 1-3. ISBN: 978-80-214-4462-1.
2011
ŠKUTKOVÁ, H.; PROVAZNÍK, I.; KIZEK, R. Influence of sample variance on the phylogenetic reconstruction of protein sequences. In ACM digital library: Proceedings of 4th International Symposium on Applied Sciences in Biomedical and Communication Technologies. 2011. p. 1-5. ISBN: 978-1-4503-0913-4.
ZÍTKA, O.; ŠKUTKOVÁ, H.; KRYŠTOFOVÁ, O.; ŠOBROVÁ, P.; ADAM, V.; ZEHNÁLEK, J.; BEKLOVÁ, M.; HUBÁLEK, J.; PROVAZNÍK, I.; KIZEK, R. Rapid and Ultrasensitive Method for Determination of Phytochelatin2 using High Performance Liquid Chromatography with Electrochemical Detection. International Journal of Electrochemical Science, 2011, vol. 2011 (6), no. 5, p. 1367-1381. ISSN: 1452-3981.
ŠKUTKOVÁ, H.; MADĚRÁNKOVÁ, D.; PROVAZNÍK, I. Výuka molekulární fylogenetiky v bioinformatických předmětech. In Sborník konference Trendy v Biomedicínském inženýrství 2011. VŠB - Technická univerzita Ostrava, 2011. s. 52-55. ISBN: 978-80-248-2475-8.
TRNKOVÁ, L.; HÚSKA, D.; ŠKUTKOVÁ, H.; BEKLOVÁ, M.; HUBÁLEK, J.; ADAM, V.; PROVAZNÍK, I.; KIZEK, R. Paramagnetic antibody-modified microparticles coupled with voltammetry as a tool for isolation and detection of metallothionen as a bioindicator of metal pollution. JOURNAL OF ENVIRONMENTAL MONITORING, 2011, vol. 2011, no. 13, p. 2763-2769. ISSN: 1464-0325.
SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H. Bootstrap consensus tree in phylogeny reconstruction. In Sborník soutěže Student EEICT 2011. Brno: VUT v Brně, 2011. s. 130-132. ISBN: 978-80-214-4271-9.
MADĚRÁNKOVÁ, D.; PROVAZNÍK, I.; ŠKUTKOVÁ, H. Výukové aplikace pro zpracování genomických dat v bioinformatických předmětech. In Trendy v biomedicínském inženýrství 2011. Ostrava: 2011. s. 56-58. ISBN: 978-80-248-2475-8.
ZÍTKA, O.; ŠKUTKOVÁ, H.; MAJZLÍK, P.; MASAŘÍK, M.; ADAM, V.; PROVAZNÍK, I.; HUBÁLEK, J.; KIZEK, R. Analytické nástroje pro sledování komplexů platiny. In XXXV. Brněnské onkologické dny. Brno: Masarykův onkologický ústav, 2011. s. 334-335. ISBN: 978-80-86793-17-7.
ZÍTKA, O.; ŠKUTKOVÁ, H.; ADAM, V.; TRNKOVÁ, L.; BABULA, P.; HUBÁLEK, J.; PROVAZNÍK, I.; KIZEK, R. A New Approach how to Define the Coefficient of Electroactivity of Adenine and Its Twelve Derivatives Using Flow Injection Analysis with Amperometric Detection. ELECTROANALYSIS, 2011, vol. 23, no. 7, p. 1556-1567. ISSN: 1040-0397.
SOCHOR, J.; ŠKUTKOVÁ, H.; BABULA, P.; ZÍTKA, O.; CERNEI, N.; ROP, O.; KRŠKA, B.; ADAM, V.; PROVAZNÍK, I.; KIZEK, R. Mathematical evaluation of the amino acid and polyphenol content and antioxidant activities of fruits from different apricot cultivars. MOLECULES, 2011, vol. 16, no. 9, p. 7428-7457. ISSN: 1420-3049.
SEDLÁŘ, K.; SMERKOVÁ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; SOCHOR, J.; ADAM, V.; PROVAZNÍK, I.; KIZEK, R. DPPH aqueous antioxidant assay solution. In XI. Pracovní setkání fyzikálních chemiků a elektrochemiků. Brno: 2011. p. 250-254. ISBN: 978-80-7375-514-0.
2010
ŠKUTKOVÁ, H.; PROVAZNÍK, I.; KIZEK, R. Relationships Of Bacterial Metallothioneins Analyses: Phylogenetic Tree Construction Method. In Analysis of Biomedical Signals and Images. Analysis of Biomedical Signals and Images. Brno: VUT v Brně, 2010. p. 1-6. ISBN: 978-80-214-4106-4. ISSN: 1211-412X.
ROP, O.; SOCHOR, J.; JUŘÍKOVÁ, T.; ZÍTKA, O.; ŠKUTKOVÁ, H.; MLČEK, J.; SALAŠ, P.; KRŠKA, B.; BABULA, P.; ADAM, V.; KRAMÁŘOVÁ, D.; BEKLOVÁ, M.; PROVAZNÍK, I.; KIZEK, R. Effect of five different stages of ripening on chemical compounds in medlar (Mespilus germanica L.). MOLECULES, 2010, vol. 16, no. 1, p. 74-91. ISSN: 1420-3049.
ŠKUTKOVÁ, H.; PROVAZNÍK, I.; KIZEK, R. Similarity analysis of primary and secondary structures of metallothioneins. In The 10th IEEE International Conference on Information Technology and Applications in Biomedicine: Emerging Technologies for Patient Specific Healthcare. Corfu: IEEE, 2010. p. 1-4. ISBN: 978-1-4244-6560-6.
ŠKUTKOVÁ, H.; PROVAZNÍK, I.; KIZEK, R. Mutual Similarity of Aminoacid Sequences in Family of Metallothioneins. In Sborník příspěvků. MUNI Brno, 2010. p. 211-212. ISBN: 978-80-7375-396-2.
ŠKUTKOVÁ, H.; PROVAZNÍK, I.; KIZEK, R. Fylogenetická stromová struktura vybraných sub-rodin metallothioneinů. In XIV. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Brno: Muni Press, 2010. s. 77-78. ISBN: 978-80-210-5164-5.
SOCHOR, J.; ZÍTKA, O.; ŠKUTKOVÁ, H.; PAVLÍK, D.; BABULA, P.; KRŠKA, B.; HORNA, A.; ADAM, V.; PROVAZNÍK, I.; KIZEK, R. Content of phenolic compounds and antioxidant capacity in fruits of selected genotypes of apricot with resistance against Plum pox virus. MOLECULES, 2010, vol. 2010, no. 15, p. 6285-6305. ISSN: 1420-3049.
*) Citations are generated once every 24 hours.