Student Borys Aleksandrenko se ve své práci zabýval otevřenými modulárními automatizovanými platformami pro kultivaci mikroorganismů s praktickým zaměřením na platformy Chi.Bio a Pioreactor. Literární rešerše je podrobná, a kromě dvou zmíněných platforem, se kterými prakticky pracoval, pojednává i o dalších. Oceňuji, že již rešeršní část práce je doplněna o praktické analýzy, třeba o to, jak často se bioreaktory vyskytují ve vědeckých publikacích. V rámci praktické část pak rozšířil obě platformy, Chi.Bio i Pioreactor, o možnost měření pH a funkčnost navržených systémů ověřil na praktických experimentech s E. coli. Celá práce je na vynikající úrovni, výzkum byl vedený rigorózně a práce má víc než dostatečný rozsah. Po technické stránce je práce také na vynikající úrovni, je psaná anglicky, dobře se čte, obsahuje názorné ilustrace a obsahuje všechny důležité reference. Vytknout mohu pouze výskyt osamocených řádků, kvůli použití dělení slov někdy obsahující pouze část jednoho slova, případně řádky začínající odkazem na referenci. Realizační výstup práce je v publikační kvalitě, což je důvod, proč má práce odklad zveřejnění. V nejbližší době budou výsledky práce publikovány formou vědeckého článku v impaktovaném časopise. Aktivita studenta byla celkově vysoce nadprůměrná. Průběžné výsledky student již prezentoval na studentských konferencích Chemie je život a Student EEICT, kde získal velmi pozitivní ohlasy, včetně ocenění v podobě 2. místa na druhé ze zmíněných konferencí. Práci tedy hodnotím jako výbornou. Points proposed by supervisor: 99

DP Boryse Aleksandrenka se zabývá hardwarovou a softwarovou augmentací open-source bioreaktorů Chi.Bio a Pioreactor o měření pH a dalších parametrů. Práce je zpracována na velmi dobré úrovni: teoretická část poskytuje přehlednou rešerši kultivačních platforem i problematiky nemodelových mikroorganismů, praktická část dokládá reálné inženýrské schopnosti studenta v oblasti návrhu elektroniky, 3D tisku, embedded programování a vývoje softwarových pluginů. Výstupem jsou funkční, komunitně sdílené pluginy, což představuje hmatatelný přínos přesahující rámec samotné práce.

Zadání bylo v převážné míře splněno. U bodu 4 byla uzavřená regulační smyčka implementována na úrovni kódu, přičemž její experimentální ověření zůstává námětem pro navazující práci. U bodu 5 byl klíčový validační experiment na Pioreactoru zkomplikován nečekaným selháním měřicí elektrody, takže výsledky zůstávají na úrovni proof-of-concept; student tuto skutečnost v práci transparentně reflektuje a věcně diskutuje možnosti dalšího rozvoje.

Práci doporučuji k obhajobě a navrhuji hodnocení A. Topics for thesis defence:

1. Jaký je rozdíl mezi běžnou laboratorní pH elektrodou a mikro-pH elektrodou použitou ve flow cell?
2. Jak byste řešil odvzdušnění a potlačení bublinek v budoucí verzi systému?
3. Co je největší slabina práce?

Points proposed by reviewer: 90