1. Introduction to high performance computing
2. Contamination and sequencing errors, genome assembly
3. Population genomics and variability in genomes
4. Basics of structural and functional genome annotation
5. Basics in transcriptomics
6. Analyses of transcriptomes

1. Úvod do vysoko-výkonnostních výpočtů
2. Kontaminace a chyby v sekvenačních datech, skládání genomů
3. Populační genomika a variabilita genomů
4. Základy strukturní a funkční anotace genomů
5. Základy transkriptomiky
6. Analýzy transkriptomů

Work on assigned tasks necessary for the preparation of the final report. It is required to work on all assigned topics.

Práce na zadaných úkolech nezbytných pro vypracování závěrečné zprávy. Je nutné vypracovat všechna zadaná témata.

Požadavky na závěrečnou zprávu

Závěrečná zpráva nemá přesně definovanou strukturu, je možné se volně inspirovat vědeckými články, projektovými zprávami, nebo i bakalářskými/diplomovými pracemi. Zpráva by měla obsahovat:

1) Úvod
Stručný úvod do současného stavu techniky, obecný popis tématu a 2–3 věty shrnující obsah zprávy.

2) Materiály a metody
Tato kapitola by měla obsahovat odkazy na vstupní data, odkud byla získána, včetně přístupových čísel, použitých výpočetních nástrojů, včetně konkrétních verzí a případných referencí, v případě, že je třeba citovat volně dostupný nástroj.

3) Popis a diskuse výsledků
Dosažené výsledky, včetně vhodných obrázků, grafů a tabulek, by měly být shrnuty v samostatné kapitole. Tu lze rozdělit do dalších podkapitol reflektujících jednotlivá témata probíraná v průběhu semestru. Výsledky lze přímo diskutovat, nebo lze diskusi zařadit do samostatné kapitoly.

4) Závěr/shrnutí
Zpráva by měla také obsahovat stručné shrnutí všeho, co se podařilo, respektive nepodařilo.

 Requirements for the final report

The final report does not have a precisely defined structure, it is possible to freely draw inspiration from scientific articles, project reports, or even bachelor/diploma theses. The report should contain:

1) Introduction
A brief introduction to the state-of-the-art, a general description of the topic and a 2-3 sentence summary of what the report contains.

2) Materials and methods
This chapter should contain references to the input data, where they were obtained, including accession numbers, computational tools used, including specific versions and any references, in case a freely available tool needs to be cited.

3) Description and discussion of results
The achieved results, including suitable figures, plots and tables, should be summarized in a separate chapter. This can be divided into further subchapters reflecting individual topics addressed during the semester. The results can be directly discussed, or the discussion can be placed into a separate chapter.

4) Conclusion/summary
The report should also include a brief summary of everything that was successful, or failed.