Course detail

Applied Molecular and Cellular Biology

FEKT-MPA-MOLAcad. year: 2026/2027

The course provides an in-depth understanding of physiological and pathophysiological processes in living organisms at the molecular level. It examines the molecular differences and interactions among eukaryotic, prokaryotic, and viral systems, with a focus on key cellular processes, biomolecular mechanisms, and regulatory networks that govern life at the molecular and cellular scale. Students will gain insight into genome organization, gene expression, protein structure and function, enzymatic mechanisms, and the roles of non-coding RNAs, as well as the molecular basis of immune responses, cellular differentiation, and development.
Students will acquire comprehensive theoretical knowledge and hands-on experience with modern experimental and computational techniques, including DNA/RNA analysis, protein characterization, high-throughput sequencing, omics technologies, and bioinformatic data analysis. These foundations are essential for applications in biomedicine, genetic engineering, biotechnology, and commercial bioproduction, preparing students to address contemporary challenges . 

Předmět poskytuje porozumění fyziologickým a patologickým procesům v živých organismech na molekulární úrovni. Zabývá se molekulárními rozdíly a interakcemi mezi eukaryotickými, prokaryotickými a virovými systémy, se zaměřením na klíčové buněčné procesy, biomolekulární mechanismy a regulační sítě, které řídí život na molekulární a buněčné úrovni. Studenti získají přehled o organizaci genomu, genové expresi, struktuře a funkci proteinů, enzymatických mechanismech a rolích nekódujících RNA, stejně jako o molekulárních základech imunitních reakcí, buněčné diferenciace a vývoje. Studenti si osvojí komplexní teoretické znalosti a praktické dovednosti v moderních experimentálních a výpočetních metodách, včetně analýzy DNA/RNA, charakterizace proteinů, sekvenování, omických technologií a bioinformatické analýzy dat. Tyto základy jsou nezbytné pro aplikace v biomedicíně, genetickém inženýrství, biotechnologiích a komerční bioprodukci, a připravují studenty na řešení současných výzev.

Language of instruction

English

Number of ECTS credits

6

Mode of study

Not applicable.

Offered to foreign students

Of all faculties

Entry knowledge

Students should be able to explain the fundamental principles of classical genetics and demonstrate knowledge of basic concepts and laws of molecular biology. In general, knowledge at the bachelor’s degree level is expected.

Participation in laboratory work is conditional upon holding a valid qualification as a “trained person” in accordance with § 4 of Government Regulation No. 194/2022 Coll., which students must obtain prior to the start of practical sessions. Information on obtaining this qualification is provided in the Dean’s Directive “Informing Students to Safety Regulations.” 

Rules for evaluation and completion of the course

The overall assessment of the course is based on a combination of continuous evaluation of laboratory exercises, a project, and an oral examination:

Up to 40 points for laboratory exercises (including one test, active participation in laboratory sessions, and independent preparation)
Up to 20 points for the project
Up to 40 points for the oral examination

The oral examination evaluates students’ knowledge and comprehension of advanced concepts in molecular biology, biotechnology, and modern molecular methods.
Laboratory attendance is mandatory. Legitimately excused absences may only be made up with prior approval from the instructor.

Celkové hodnocení předmětu je založeno na kombinaci průběžného hodnocení laboratorních cvičení, projektu a ústní zkoušky:

až 40 bodů za laboratorní cvičení (včetně jednoho testu, aktivní účasti v laboratoři a domácí přípravy)
až 20 bodů za projekt
až 40 bodů za ústní zkoušku

Ústní zkouška ověřuje porozumění a orientaci studentů v pokročilých konceptech molekulární biologie, biotechnologií a moderních molekulárních metod.
Laboratorní výuka je povinná. Řádně omluvená absence může být nahrazena pouze po předchozí domluvě s vyučujícím. 

Aims

The aim of the course is to provide students with advanced knowledge of the molecular biological differences between eukaryotes, prokaryotes, and viruses, including their interactions, and to foster understanding of the principles governing cellular function and regulation. The course emphasizes an interdisciplinary approach, linking molecular biology with biomedical research and biotechnological applications, including aspects of commercial biotechnological production.
Students will learn to interpret molecular processes, critically evaluate experimental data, and apply molecular biology principles in theoretical, computational, and practical contexts. The course also develops the ability to integrate knowledge from molecular biology, biotechnology, and biomedical research, work effectively in multidisciplinary teams, and address contemporary challenges in modern biomedical and biotechnological research. 

Study aids

Not applicable.

Prerequisites and corequisites

Not applicable.

Basic literature

SLABÝ, Ondřej; Iva SLANINOVÁ; Jiří ŠÁNA; Kateřina CETKOVSKÁ; Stjepan ULDRIJAN; Lívia EISELLEOVÁ a Lenka BEŠŠE. Medical biology I. Cell and Molecular Biology. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2022. ISBN 978-80-280-0158-2. (EN)
SLABÝ, Ondřej. Medical Biology II. Genetics and Molecular Medicine. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2023. ISBN 978-80-280-0459-0. (EN)

Recommended reading

ALBERTS, B., JOHNSON, A., LEWIS, J., MORGAN, D., RAFF, M., ROBERTS, K. & WALTER, P. Molecular Biology of the Cell. 7th ed. New York: W. W. Norton & Company, 2022. (EN)
SLABÝ, Ondřej; Jiří ŠÁNA; Iva SLANINOVÁ; Kateřina CETKOVSKÁ; Stjepan ULDRIJAN; Lívia EISELLEOVÁ a Lenka BEŠŠE. Lékařská biologie I. Buněčná a molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2022, 268 s. ISBN 978-80-280-0060-8. (CS)
SLABÝ, Ondřej. Lékařská biologie II. Genetika a molekulární medicína. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2023, 227 s. ISBN 978-80-280-0338-8. (CS)

Classification of course in study plans

  • Programme MPC-BTB Master's 1 year of study, winter semester, compulsory, profile core courses
  • Programme MPA-BTB Master's 1 year of study, winter semester, compulsory, profile core courses

  • Programme MITAI Master's

    specialization NBIO , 0 year of study, winter semester, elective

  • Programme MPCN-BTB Master's 1 year of study, winter semester, compulsory-optional

Type of course unit

 

Lecture

20 hours, optionally

Teacher / Lecturer

Syllabus

1. Origin and Evolution of Molecular and Cellular Systems
2. Cellular Organization and Functional Diversity
3. Biomolecular Foundations of Cellular Functions
4. Genome Structure and Genetic Information
5. Gene Expression and Regulatory Mechanisms
6. Transcriptomics and the Biology of Non-Coding RNAs
7. Microbial and Viral Systems in Host Interaction
8. Developmental Biology and Stem Cell Biology
9. Applied Molecular Methods I – Nucleic Acids
10. Applied Molecular Methods II – Proteins and Metabolites
11. Applications in Biotechnology and Biomedicine 

1. Původ a evoluce molekulárních a buněčných systémů
2. Buněčná organizace a funkční diverzita
3. Biomolekulární základy buněčných funkcí
4. Struktura genomu a genetická informace
5. Genová exprese a regulační mechanismy
6. Transkriptomika a biologie nekódujících RNA
7. Mikrobiální a virové systémy v interakci s hostitelem
8. Vývojová biologie a biologie kmenových buněk
9. Aplikované molekulární metody I – nukleové kyseliny
10. Aplikované molekulární metody II – proteiny a metabolity
11. Aplikace v biotechnologiích a biomedicíně 

Laboratory exercise

39 hours, compulsory

Teacher / Lecturer

Syllabus

1. Introduction to the Laboratory, Absorption Spectroscopy
2. DNA Isolation from Bacteria
3. DNA Isolation from Animal Cells
4. Assessment of DNA Quality and Quantity
5. In Silico Design of PCR Primers
6. PCR Amplification
7. Cell Passaging
8. Bradford Assay for Protein Quantification, Colorimetric Reactions of Amino Acids
9. In Silico Restriction Enzyme Digestion
10. Restriction Enzyme Digestion II
11. Quantitative Real-Time PCR
12. Two-Dimensional Electrophoresis of Isolated Proteins

 

1. Úvod do laboratoře, absorpční spektroskopie
2. Izolace DNA z bakterií
3. Izolace DNA z živočišných buněk
4. Kontrola kvality a kvantity DNA
5. Návrh PCR primerů in silico
6. PCR Amplifikace
7. Pasážování buněk
8. Bradfordova metoda pro kvantifikaci proteinů, barevné reakce aminokyselin
9. Štěpení restrikčními enzymy in silico
10. Štěpení restrikčními enzymy II
11. Kvantitativní real-time PCR
12. 2D elektroforéza izolovaných protenů

 

Project

20 hours, optionally

Teacher / Lecturer

Syllabus

Students will work in small teams to explore selected modern laboratory techniques used in contemporary biomedical and biological research (e.g. advanced CRISPR–Cas systems, cryo-CT microscopy, organ-on-chip technologies, and omics approaches). They will analyse a chosen method in the context of commonly used techniques, focusing on its basic principles, key technical characteristics, advantages and limitations, and areas of application in basic and applied research. Students will also compare the selected method with traditional approaches and discuss possibilities for data processing and interpretation, including relevant analytical and bioinformatic tools. Project outcomes will be presented in the form of a mini-conference, where students will present their work to instructors and peers and participate in professional discussion.

 Studenti a studentky budou pracovat v malých pracovních týmech. Cílem projektu je seznámit se s vybranými moderními a pokročilými laboratorními technikami využívanými v současném biomedicínském a biologickém výzkumu (např. pokročilé systémy CRISPR-Cas, cryo-CT mikroskopie, technologie organ-on-chip, omiky).Studenti a studentky provedou odbornou analýzu vybrané metody, kterou zasadí do kontextu běžně používaných laboratorních technik. Zaměří se na princip fungování dané technologie, její fyzikálně-chemické základy, technické parametry, výhody a limity, oblasti využití a potenciál pro základní i aplikovaný výzkum. Součástí projektu bude také srovnání s tradičními metodami, včetně hodnocení jejich přínosů, náročnosti, reprodukovatelnosti a možností interpretace výsledků.Důležitou součástí projektu je rovněž analýza možností zpracování a interpretace výstupních dat, včetně přehledu používaných analytických přístupů, bioinformatických nástrojů a statistických metod. Výstupy projektu budou prezentovány formou odborného sdělení koncipovaného jako mini-konference. Studenti a studentky představí své výsledky před publikem složeným z vyučujících a spolužáků, přičemž součástí prezentace bude odborná diskuse a odpovědi na dotazy publika. 

 

Individual preparation - working on the assigned tasks

20 hours, optionally

Teacher / Lecturer

Syllabus

Students are provided with learning materials for each laboratory assignment. They are expected to study these materials independently in advance, drawing on practical session presentations, resources available in the course e-learning platform, and additional relevant scholarly and scientific sources. As part of their preparation, students also undertake a project in which they analyse, develop, and present a predefined topic.

Studenti a studentky mají ke každé laboratorní úloze k dispozici studijní materiály. Tyto materiály samostatně studují předem, přičemž využívají také prezentace ke cvičením, zdroje uvedené v e-learningovém prostředí předmětu a další relevantní odborné a vědecké zdroje. Součástí jejich přípravy je rovněž práce na projektu, v jehož rámci zpracovávají a prezentují předem stanovené téma.

 

Individual preparation for a final exam

52 hours, optionally

Teacher / Lecturer