Studentka Anna Findejsová pracovala na tématu diplomové práce aktivně a svědomitě po celou dobu řešení. Během řešení se musela seznámit s řadou poznatků, které přesahují rámec standardního učiva. Odevzdaný text práce považuji za kvalitní s minimem chyb a překlepů. Praktická část práce pak byla mírně ovlivněna nedostatkem informací o vstupních datech, který ovlivnil implementaci a výsledky 3D rekonstrukce. Přes velké úsilí studentky se nepodařilo zcela uspokojivě tento problém vyřešit, což však nepovažuji za chybu. Některé problémy s implementací v jazyce Matlab pak studentka vyřešila s mírnou pomocí vedoucího. Celkově tak hodnotím práci a přístup studentky pozitivně stupněm B/87b. Points proposed by supervisor: 87

Předložená diplomová práce se zabývá tématem rekonstrukce obrazu z holografického mikroskopu. V úvodní části práce se studentka věnuje obecnému teoretickému principu holografie a používaným metodám snímání biologických vzorků a možným aplikacím v této oblasti. V navazujících kapitolách studentka prezentuje rešerši známých a používaných metod rekonstrukce holografického obrazu. Popis metod však působí v některých pasážích textu méně odborně a nepřesně. Zřejmě je to však dáno složitostí řešeného tématu a snahou teoretický popis jednotlivých metod vměstnat na  přiměřený počet stran. Nicméně bych očekával, že by mohlo být věnováno více prostoru právě metodám, které studentka dále implementovala (kap. 3.2.5) a které představují stěžejní náplň práce. V kap. 4 studentka popisuje navržený algoritmus rekonstrukce. Zde postrádám bližší informace o testovacích datech. Z práce není zřejmé, jak byla data nasnímána, jakého jsou formátu, velikosti, co zobrazují apod. Studentka vyzkoušela dva algoritmy rekonstrukce založené na principu rozbalení fáze. Zde mi chybí bližší diskuse nastavení parametrů obou algoritmů, zejména co se týče velikosti okna u funkce unwrap, což má zřejmě velký vliv na celkovou kvalitu rekonstrukce. V kapitole 5.4 se studentka dále zabývá návrhem algoritmu pro 3D rekonstrukci holografického snímku. I zde postrádám bližší informace o datech, které byly využity pro testování, zejména, jakým zařízením byla data nasnímána a jak toto zařízení a parametry akvizice ovlivní výslednou rekonstrukci. V popisu algoritmu pro 3D rekonstrukci úplně chybí zmínka o využitém přístupu pro hodnocení ostrosti snímků, což je dle blokového schématu na obr. 29 jeden z kroků navrženého algoritmu. Po formální stránce je práce na dobré úrovni. Text obsahuje minimum překlepů a pravopisných chyb. Upozorňuji však, že některé obrázky nejsou v textu odkazovány (např. obr. 22, 23, 24) a obr. 25 a 29 jsou v textu odkazovány chybně. Na závěr konstatuji, že zadání práce je splněné. Studentka prokázala schopnost nastudovat si danou problematiku a získané znalosti prakticky uplatnit při vytvoření požadovaného inženýrského díla. Hodnocení: C/75 b. Topics for thesis defence:

1. 1. Z textu práce není příliš zřejmé, jakým způsobem byly vybírány body pro účely aproximace pozadí polynomem. Mohla byste to prosím upřesnit?
2. 2. Na str. 45 jsou prezentovány 4 jasové profily. Není však jasné, jak a odkud (ze kterých snímků) byly vykresleny. Mohla byste to prosím doplnit a okomentovat?
3. 3. Jakým způsobem byla hodnocena ostrost snímků pro účely 3D rekonstrukce hologramu?

Points proposed by reviewer: 75