Náplní bakalářské práce bylo stanovení protokolu pro tomografické měření ex vivo myších embryí s cílem vizualizace chrupavčité tkáně v oblasti hlavy. Z pohledu vývojové biologie se počítačová tomografie začíná prosazovat jako stěžejní 3D zobrazovací technika orgánů malých živočichů a proto lze toto téma považovat za velmi aktuální.
     Studentka v práci popisuje přípravu vzorku, tomografické měření, segmentaci chrupavčité tkáně a vizualizaci dat. Postup měření je vázán na mikroCT systém od výrobce GE, na kterém studentka samostatně realizovala tomografické měření vzorků v rámci laboratoře rentgenové počítačové tomografie ve výzkumném centru CEITEC VUT. Pro zpracování dat a vytvoření 3D modelu studované tkáně využívá dvou profesionálních softwarů pro CT data. Modely vybraných vzorků byly navíc ve vhodném měřítku vyrobeny metodou 3D tisku. Kompletní postup je publikován v impaktovaném časopisu, což jen potvrzuje nadstandartní přístup studentky ke studiu a práci v laboratoři. Pro účel zlepšení kvality tomografických dat těchto vzorků bakalářská práce navíc diskutuje vliv upnutí vzorku v agaroza gelu, teplotní stabilitu vzorku během měření a sleduje vlastnosti použité rentgenové trubice.
      Tímto považuji cíle bakalářské práce za splněné. Formální úroveň práce vnímám jako velmi dobrou. Doporučuji bakalářskou práci k obhajobě a hodnotím ji výsledným klasifikačním stupněm A/ výborně.

Autorka Markéta Tesařová předkládá velmi kvalitní a v mnoha ohledech prakticky přínosnou bakalářskou práci vysvětlující a zdokonalující práci s metodou počítačové tomografie na biologických vzorcích.
Vlastní text práce doplněný o řadu schematických a přehledných obrázků zaujímá celkem 38 stran rozdělených do základních kapitol a podkapitol. V členění některých kapitol však dochází ke splynutí obsahu náležícího spíše k teoretickému úvodu a vlastních výsledků, bylo by vhodné kapitoly více specifikovat, případně text rozdělit na část teoretickou a praktickou (výsledky). Taktéž ihned v abstraktu se vyskytuje několik zkratek a pojmů, které by měly být vysvětleny, aby byl text i nezainteresovanému čtenáři srozumitelný (PTA; co znamená vývojové stádium myšího embrya 12,5, …). V práci se bohužel objevuje řada gramatických chyb ve skloňování, interpunkci, a taktéž několik anglikanismů jako například „kontrastovací agent“, kterým by se dalo vyhnout. Jako velmi zdařilou hodnotím naopak přiložený přehledný manuál pro zpracování dat a návod na zdokonalené postupování při manipulaci se vzorky před samotným měřením.
I přes drobné nedostatky v textu hodnotím práci jako vysoce nadstandardní. Autorka prokázala své zaujetí a aktivní přístup k práci tím, že se již v této fázi studia stala první autorkou na článku publikovaném v odborném časopise s impakt faktorem (!) a stala se rovněž spoluautorkou a členem mezinárodního výzkumného týmu. Práci proto jednoznačně doporučuji k obhajobě a autorce přeji hodně síly do dalšího výzkumu! Topics for thesis defence:

1. 1) Nejen v metodě CT, ale i v elektronové mikroskopii se jako látky zvyšující kontrast používají některé těžké kovy. Dokážete vysvětlit, jaké jsou obecně rozdíly/podobnosti v kontrastování pro účely CT a elektronové mikroskopie?
2. 2) V elektronové mikroskopii se využívá imunologického značení protilátkami s navázanými zlatými částicemi. Bylo by možné pomocí metody CT využít taktéž tohoto postupu?
3. 3) V textu zmiňujete látku gallocyanin-chromalum a jeho vlastnost, že pomocí něho dokážeme zobrazit buněčnou hustotu a jednotlivé buňky. Na jaké struktury se váže?
4. 4) Je pomocí metod CT možno zobrazit jednotlivé buňky, případně jaké by musely být podmínky?