Ondřej Vyroubal navázal na experimenty tam, kde skončil po odevzdání bakalářské práce. Pracoval na v podstatě nejvytíženějším dostupném přístroji, ale díky svědomitému přístupu (s využitím pro studenty neobvyklých nočních a víkendových časů) se mu podařilo dosáhnout zadaných cílů, jež mají velký publikační potenciál. Kriticky posuzoval dosažené experimentální výsledky a na jejich základě si samostatně plánoval další experimenty. Velmi dobře pracoval s literaturou, předložený text je zároveň pěknou rešeršní studií růstu nanostruktur za pomoci asistujícího svazku a systematicky ukazuje výsledky studentovy práce.

Diplomová práce je rozčleněna do čtyř kapitol.  První kapitola je věnována různým aplikacím metody EBID a historii jejího vzniku.  Druhá část obsahuje jednak rešerši metody EBID  v přiměřeném rozsahu, stručný popis elektronového mikroskopu, který byl využit pro přípravu magnetických struktur a také shrnutí poznatků o zvoleném prekurzoru doplněné o vlastní zkušenosti při práci s touto sloučeninou.  Rozsáhlá třetí kapitola popisuje jednotlivé expoziční parametry a jejich vliv na výslednou depozici různých magnetických struktur jak z hlediska morfologie, tak z hlediska jejich chemického složení.  Z práce je zřejmé, že autor věnoval experimentům značné úsilí.  Čtvrtá kapitola analyzuje výsledky měření metodou MFM k charakterizaci magnetických vlastností připravených depozitů.
V práci je několik nepřesných či zavádějících formulací, například: „Menší interakční objemy vedou k větší emisi sekundárních elektronů. Ve třetí kapitole autor popisuje jednotlivé expoziční parametry a jejich vliv na výslednou depozici. Zde se autor bohužel dopouští několika dalších nepřesností.  Například pojem pixel se používá pro plošné elementy obrázku. V případě tzv. generátoru vzorů (Pattern generator) pomocí něhož se exponují jednotlivé objekty, je vhodnější mluvit o minimálním kroku, který je v ovládacím programu mikroskopu označen jako DAC rozlišení (DAC resolution).  Tento minimální krok je přibližně dán podílem velikosti zápisového pole ku 2^16 (hodnota  2^16 platí pouze pro uvedený mikroskop, u jiných se může lišit).  Velikost nejmenšího kroku tedy není dána velikostí stopy svazku, jak autor píše na straně 22. Dále autor popisuje rastrovací strategie.  V případě tzv. zpětného chodu, svazek exponuje zadanou rychlostí z leva doprava a pak se velmi rychle pohybuje zpět na začátek dalšího řádku.  Svazek při zpětném chodu není automaticky zacloněn, ale je tomu tak pouze v případě, kdy je tak nastaven elektrostatický stmívač svazku (beam blanker). Pojem “spacing” není rozteč bodů rastru, jak autor píše na straně 22, ale přesněji rozteč bodů při expozici, což je zřejmé z obrázku 3.2, který je sice správně nakreslen, ale bohužel nepřesně popsán.  Pokud autor uvádí velikost stopy, měl by kromě urychlovacího napětí a elektronového proudu uvádět i pracovní vzdálenost mikroskopu.  Na straně 30 autor píše, že „ rozměrově dokonalejší jsou struktury připravené vyššími energiemi svazku“, nicméně porovnává depozity s různou výškou.  Vzhledem k rychlosti depozice, čistoty připravených materiálů a velikosti vytvářených struktur bych doporučila, aby se autor ve své budoucí vědecké práci věnoval optimalizaci procesu s urychlovacím napětím elektronů 2- 5 kV.
Práce je velmi pěkně a přehledně zpracována a obsahuje minimum překlepů. Práce splňuje všechny zadané cíle a obsahuje mnoho cenných výsledků, takže i přes výše uvedené výtky práci doporučuji k obhajobě. Topics for thesis defence:

1. Vysvětlete pojem pixel, a jak vzniká obraz v rastrovacím elektronovém mikroskopu.
2. Vysvětlete pojmy převzorkování (oversampling) a podvzorkování (undersampling) obrazu.