Diplomová práce studentky Kláry Kovářové je logicky a přehledně zpracovaná.
Na začátku práce je uveden popis použité metody holografické mikroskopie. Následuje pak výběr experimentů zohledňujících vliv vnějšího prostředí na živé buňky a zdůvodnění výběru krátkými rešeršemi z daných oblastí.
Podstatný díl práce tvoří samostatná experimentální část. Provedení experimentů je náročné na přesnost nastavení mikroskopu, použití dalších zařízení v experimentu a na výběr a přípravu vhodných vzorků. V této části studentka prokázala dostatečnou samostatnost. Provedená pozorování jsou pečlivě dokumentována a výsledky jsou jednotně zpracovány.
Prostor ke zlepšení vidím v diskusi výsledků vzhledem k poznatkům získaným z rešerší. Při pozorování osmotických jevů není v diplomové práci uvážen vliv hloubky ostrosti zvoleného objektivu a roviny zaostření, ačkoli tyto parametry mohou mít na vyhodnocení dat značný vliv.
Studentka pracovala svědomitě a splnila zadané cíle práce. Výslednou práci doporučuji k obhajobě s výsledným hodnocením velmi dobře/B.

Diplomová práce je transdisciplinární prací, která si položila za cíl využití holografické mikroskopie v biologických experimentech. V teoretické části se autorka zabývá holografickou mikroskopií a popisem multimodálního holografického mikroskopu. Ve druhé části teoretického úvodu je přiblížen proces chemotaxe a osmotické jevy. Konkrétním cílem práce byl návrh vhodných experimentů s ohledem na využití výhod holografické mikroskopie a následná optimalizace experimentů a analýza dat. V diplomové práci jsou provedeny dva experimenty, chemotaxe a sledování osmotických jevů.
Komentář k teoretické části: Zatímco při popisu multimodální holografického mikroskopu vychází autorka z aktuálního modelu a věnuje se technickým detailům, biologická část její práce je poněkud vágní a neodborná. Je chvályhodné, že se autorka pustila do transdisciplinárního tématu, protože takový přístup často vede k zajímavým myšlenkám a výsledkům. Avšak tento přístup je i náročnější, autor práce musí především teoreticky zvládat oba obory. Je až příliš patrné, že autorka je technického vzdělání. Viz. např.: „Pohyb buněk lze rozdělit na Brownův pohyb...“ (Kap. 4) Brownův pohyb popisuje chování částic, nikoliv buněk, a už vůbec ne buněk přichycených k podkladu přes integrinové receptory (platí pro všechny fibroblasty, tj. i buňky linie K2, se kterou autorka pracovala). Buňky se nepohybují skákavým pohybem a přesný mechanismus jejich pohybu po podkladu je popsán velice dobře a detailně (oproti tvrzení autorky textu). Autorka by se měla opřít o relevantní a aktuální literaturu (ne o takřka dvacet let staré vydání učebnice Alberts et al.). Nepřesné a zjednodušující formulace jsou obsaženy ve většině textu teoretického úvodu týkajícího se buněčných dějů. Další výhradu mám k pojetí teoretické části. Je zbytečné popisovat historii mikroskopie, difúze nebo chemotaxe, když jde o kapitoly ze středoškolských učebnic a pro diplomovou práci nemají žádný význam. Oproti tomu popis chemotaxe, chemokineze, haptotaxe je odbyt v jedné větě, přitom detailní mechanismus a uplatnění těchto procesů v tělech organismů je pro diplomovou práci mnohem relevantnější, než historické pasáže. V experimentální části jsou pak celé tři strany věnované popisu práce s komůrkou od firmy Ibidi. Zavání to poněkud snahou a zvýšení počtu stran, bohatě by stačil odkaz na manuál nebo webový odkaz, ze kterého jsou obrázky převzaty. Podobně je zbytečně podrobně popisována práce s programem ImageJ, který je standardním nástrojem, stačil by soupis funkcí a použitých „pluginů“.
Komentář k experimentální části: Pro měření chemotaxe si autorka vybírala vždy pouze čtyři buňky, pro měření osmotických jevů pouze čtyři až pět buněk. V biologických experimentech je to poněkud málo. Vyhodnocení chemotaktických experimentů v různých publikacích vychází většinou z několika desítek pozorování. U buněk linie K2 nebyla sledována chemotaxe a vlastně ani být nemohla (viz. můj poslední dotaz). Autorka sice zvládla metodiku, ale s tvrzením, že cíl byl splněn, bych byl opatrný. Oproti chemotaxi je sledování osmotických jevů provedeno dobře a jsou dosaženy očekávatelné výsledky. Přestože bylo opět měřeno jen málo buněk, nejsou mezi nimi patrné výrazné rozdíly a jiné vážnější výhrady k této části nemám. Použití několika různých ředění média je smysluplné a dobře to demonstruje nárůst buněčného objemu. Zřejmě bych se v tomto případě zdráhal použití termínu „suchá hmota“, když jde de facto o napouštění buňky vodou.

Diplomová práce Kláry Kovářové obsahuje spoustu nepřesností a chyb ve své biologické části, přesto textu nelze upřít kvalitní zpracování a dobrou orientaci v oboru autorce vlastním. Po formální a grafické stránce je práce velmi pěkná. Práci doporučuji k obhajobě. Topics for thesis defence:

1. 1) Jak dlouho před měřením chemotaxe buňky hladověly (tj. byly v médiu bez přítomnosti séra)? 2) Proč je I. měření chemotaxe vůbec zahrnuto v diplomové práci, když samotná autorka uznává, že bylo provedeno špatně? (snímání zahájeno až několik hodin po přidání FTS)
2. 3) Publikace Cavanna 2007 z laboratoře doktora Zíchy jako jediná mě známá práce popisuje chemotaxi linie K2, tj. buněk, které jste používala při vašich experimentech. Autoři studie sice místo FTS jako chemoatraktant používali PDGF-IGF, nicméně své výsledky korelují s dalšími čtyřmi liniemi buněk. Resumé jejich analýzy je, že buňky linie K2 nevykazují signifikantní odpověď na chemotaxi. Proč jste u vašich experimentů zaměřených na chemotaxi používala linii buněk, o které je známo, že na chemotaxi neodpovídají?