Filip Ligmajer ve své diplomové práci navázal na experimenty z bakalářského studia, pokračoval hned v dalším semestru ve čtvrtém ročníku. Přístup k experimentům, jejich vyhodnocení, prezentace, interpretace a hledání nových směrů výzkumu jsou u bc. Ligmajera na úrovni studenta doktorandského studia. Dokazuje to zejména fakt, že práce vznikla v podstatě za nepřítomnosti školitele (neboť jsem byl na delší dobu v zahraničí) a student tak prokázal maximální možnou samostatnost. Svou prací přispěl k publikaci v kvalitním časopise a nejnovější výsledky s detekcí biomolekul jsou příslibem pro publikaci další. Práci nelze hodnotit jinak než A a jsem rád, že bc. Ligmajer bude pokračovat v doktorském studiu.

Práce je celkově pěkně a přehledně zpracována. Práce ke každému tématu uvádí přiměřenou rešeršní část a popis používaných metod. Následně student prezentuje řadu vlastních originálních měření a výpočtů. Na základě jejich interpretace vyvozuje jasné závěry a perspektivy pro využití těchto výsledků v dalším výzkumu i aplikacích.

Z mého pohledu nejzajímavější a nejvíce originální částí práce je přímá modifikace křemíkových substrátů nízkoenergetickým elektronovým svazkem a následné využití pro samouspořádávání zlatých nanočástic do různých útvarů, a to dokonce s možností výběru pozitivních či negativních obrazců. Podařilo se přitom cíleně překonat nebo naopak využít známý faktor kontaminace povrchu v elektronovém mikroskopu. Zajímavou a originální částí je také zkoumání optických vlastností Au nanočástic deponovaných na povrch a kritická analýza a diskuze vhodné teorie efektivního prostředí pro popis tohoto systému. To je využito pro následnou charakterizaci komplexů Au nanočástic s oligonukleotidy. Diplomant tak zcela naplnil cíle práce.

V práci naopak bylo místy obtížné odlišit přechod mezi obecnější rešeršní části a popisem vlastní konkrétní práce a výsledků. Také by možná bylo vhodnější nepoužívat „in our group“ ale cíleně „we did“ (ve smyslu autor diplomové práce), aby bylo jasnější, kdo co dělal. Místy by popis metod a materiálů mohl být konkrétnější: např. jaké nanočástice, jaká kyselina a koncentrace pro posun pH apod. Postrádal jsem také číselné vyhodnocení některých veličin, jako například hustoty pokrytí nanočásticemi, které je z dostupných dat relativně snadné. Toho se týkají i otázky k zodpovězení při obhajobě. Topics for thesis defence:

1. 1)Jaká je typická hustota pokrytí povrchu Au nanočásticemi při použité metodě?
2. 2)Pokrytí oblastí Au nanočásticemi nevypadá a pravděpodobně není souvislé. Lze hustotu nějak ovlivnit parametry přípravy? Jaká hustota je pro zamýšlené aplikace žádoucí?
3. 3)Kromě elipsometrie byly použity ještě nějaké další metody pro charakterizaci Au nanočástic s oligonukleotidy? Např. fluorescenční mikroskopie, která by jasně ukázala přítomnost, uniformitu rozložení a schopnost reakce oligonukleotidů, nebo alespoň SEM nebo AFM, které by ukázaly změnu tvaru či tloušťky nanočástic?
4. 4)Práce uvádí různé komerční výrobce Au nanočástic, nenalezl jsem ale, jaké byly konkrétně použité nanočástice? Drobná připomínka: Popis obrázku „Fig. 2.2: An atomic resolution image…“ neuvádí o jakou se jedná metodu, pravděpodobně HR-TEM?