Master's Thesis

Utilization of laser spectrometry for investigation of biological samples: combination of Raman spectroscopy and Laser-Induced Breakdown Spectroscopy (LIBS)

Final Thesis 7.89 MB

Author of thesis: Ing. Jan Kouřil

Acad. year: 2011/2012

Supervisor: Mgr. Ota Samek, Ph.D.

Reviewer: doc. Mgr. Karel Novotný, Ph.D.

Abstract:

This diploma thesis deals with two spectroscopic methods - laser induced breakdown spectroscopy and Raman spectroscopy. These methods were used for analysis of alga  Trachydiscus minutus, which was cultivated in copper sulfate solutions of various concentrations. First part of this thesis is dedicated to physics and measurements of laser induced breakdown spectroscopy, second part deals with Raman spectroscopy.

Keywords:

laser induced brakdown spectroscopy, single pulse LIBS, double pulse LIBS, Trachydiscus minutus, Raman spectroscopy

Date of defence

19.06.2012

Result of the defence

Defended (thesis was successfully defended)

znamkaBznamka

Grading

B

Language of thesis

Czech

Faculty

Department

Study programme

Applied Sciences in Engineering (N3901-2)

Field of study

Physical Engineering and Nanotechnology (M-FIN)

Composition of Committee

prof. RNDr. Tomáš Šikola, CSc. (předseda)
prof. RNDr. Miroslav Liška, DrSc. (místopředseda)
prof. RNDr. Bohumila Lencová, CSc. (člen)
prof. RNDr. Jiří Komrska, CSc. (člen)
prof. RNDr. Petr Dub, CSc. (člen)
prof. RNDr. Radim Chmelík, Ph.D. (člen)
prof. RNDr. Jiří Spousta, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Ivan Křupka, Ph.D. (člen)
prof. RNDr. Pavel Zemánek, Ph.D. (člen)
RNDr. Antonín Fejfar, CSc. (člen)

Supervisor’s report
Mgr. Ota Samek, Ph.D.

Předložená práce se zabývá experimentálně velmi náročnou a v mezinárodním měřítku velmi aktuální oblastí směřující k biotechnologickým aplikacím. Cílem experimentálního snažení je aplikace laserové spektroskopie (LIBS) a Ramanovské spektroskopie na prvkovou a chemickou analýzu řasy - Trachydiscus minutus. Tato řasa byla při kultivaci vystavena různým koncentracím síranu měďnatého a odezva na kontaminované prostředí byla zkoumána výše uvedenými spektroskopickými technikami.
Diplomant pracoval samostatně a velmi pozorně nastudoval aktuální literaturu. Precizně zvládl teoretickou část a i s experimentální částí si poradil naprosto bezchybně - s citem zkušeného experimentátora. Je třeba zdůraznit, že ablací proudících kapalin (v tomto případě suspenze řas) se zabývá pouze několik světových pracovišť. Proto získané experimentální výsledky v této oblasti  je třeba brát jako výrazný tvůrčí příspěvek k dalšímu pokroku této techniky na mezinárodním poli.
Při řešení tématu diplomant získal potřebné teoretické a experimentální znalosti k dalšímu rozvoji tohoto náročného výzkumu. Aplikoval jednopulzní a dvoupulzní LIBS analýzu a současně originálně  optimalizoval aparaturu pro ablaci  proudu suspenze řas. Provedl pilotní experimenty pomocí Ramanovské spektroskopie.  Je třeba podotknout, že část získaných výsledků bude presentována v září 2012 na mezinárodní SPIE konferenci a zahrnuta do připravované publikace v impaktovaném časopise.
Diplomant se svého úkolu zhostil se ctí a na výborné úrovní, a proto tuto práci hodnotím klasifikačním stupněm A-výborně.
Evaluation criteria Grade
Splnění požadavků a cílů zadání A
Postup a rozsah řešení, adekvátnost použitých metod A
Vlastní přínos a originalita A
Schopnost interpretovat dosažené vysledky a vyvozovat z nich závěry B
Využitelnost výsledků v praxi nebo teorii A
Logické uspořádání práce a formální náležitosti B
Grafická, stylistická úprava a pravopis B
Práce s literaturou včetně citací A
Samostatnost studenta při zpracování tématu A

Grade proposed by supervisor: A

Celkové slovní hodnocení:
Velkou předností práce je mimořádně kvalitní teoretická část. Student se v ní zabývá teoretickými základy spektrometrie laserem buzeného plazmatu LIBS a Ramanovy spektrometrie, kterým se věnoval nadmíru detailně.  Kromě některých drobných chyb (např. použití angl. výrazu selfabsorbce místo samoabsorpce, časové okénko místo časové okno, profily píků místo profily čar) se objevují i některé závažnější chyby jako na str. 33 špatná definice kvalitativní analýzy, na str. 34 je zaměňován pojem referenční vzorek a kalibrační standard, na straně 36 je u vysvětlení dvoupulzní techniky nesprávně použit pojem rovnoběžný paprsek (pokud bylo myšleno, že je to paprsek rovnoběžný s povrchem vzorku, pak je popis špatně). Navíc se tu neobjevil pojem ortogonální uspořádání, který se běžně pro geometrii kolmých paprsků používá. Nicméně tyto drobné chyby výrazně nesnižují kvalitu výborné teoretické části. V kontextu celé diplomové práce je však větším nedostatkem fakt, že teoretická část není zřetelně oddělena od experimentální a dokonce k Ramanově spektrometrii se teorie nachází až v závěru práce, který se zabývá touto technikou.
Experimentální část svou kvalitou výrazně pokulhává za teoretickou částí. Je zde řada chyb a nepřesností, některé údaje zcela chybí. Za nejzávažnější nedostatky považuji nesprávný výpočet koncentrace roztoku CuSO4 (nebo CuSO4 . 5H2O?) na straně 42 a zcela chybějící popis instrumentace ICP-OES jež byla použita pro srovnávací analýzu. I vysvětlení principu této techniky uvedené v odstavci na straně 60 považuji za nedostatečné.
Práce ale obsahuje i řadu dalších drobnějších chyb, namátkou lze vybrat např. špatná jednotka intenzity osvětlení na straně 42, používání pojmu roztok řas, i když jde o suspenzi, lineární proložení evidentně nelineárních závislostí či nedostatečně popsané obrázky a grafy (např. Obr. 19 – není zřejmé, zda jde o techniku single pulse nebo double pulse, u Obr. 37 je obtížné dopátrat se, co je vlastně vyjadřuju osa Y a X). Dále je zde často zaměňovat pojem koncentrace Cu v řase a koncentrace Cu v roztoku (suspenzi) řas. Pojem koncentrace Cu v řase by této souvislosti neměl být dle mého názoru vůbec používán. Ablace z proudu vody – použití tohoto pojmu je v práci úplně scestné, vždy šlo o ablaci suspenze řas nebo minimálně roztoků obsahujících Cu. Proč je optimalizace aparatury pro ablaci z kapalin až v závěru práce, mě rovněž zůstává záhadou.
Výsledky z Ramanovské spektroskopie jsou zmíněny v práci více než stručně a ač byly vybrány tři koncentrace CuSO4 výsledná spektra jsou uvedena pouze pro koncentrace 50 a 200 ppm. Spektrum bez přídavku CuSO4 rovněž chybí.
Další chyby, které nejsou zmíněny v tomto posudky byly vyznačeny tužkou ve výtisku diplomové práce dodané oponentovi.

Nebýt těchto nedostatků, některých i závažnějšího charakteru, jednalo by se o vynikající práci v dosud neprobádané oblasti a to i s ohledem na možnosti praktického využití. Student provedl velkou řadu experimentů s odpovídajícím vyhodnocením a s ohledem na poměrně příznivé výsledky bude jistě tato práce dobrým odrazovým můstkem pro další vývoj technik laserové spektrometrie pro diagnostiku řas.
Evaluation criteria Grade
Splnění požadavků a cílů zadání B
Postup a rozsah řešení, adekvátnost použitých metod A
Vlastní přínos a originalita A
Schopnost interpretovat dosaž. vysledky a vyvozovat z nich závěry B
Využitelnost výsledků v praxi nebo teorii A
Logické uspořádání práce a formální náležitosti C
Grafická, stylistická úprava a pravopis B
Práce s literaturou včetně citací A
Topics for thesis defence:
  1. 1) Na straně 38 uvádíte, že energie laserů je mimo jiné dána frekvencí buzení. Můžete to vysvětlit? 2) Na straně 42 je uveden postup při kultivaci řas. Byl nějakým způsobem tento proces monitorován a kvantifikováno množství kultivovaných řas? 3) Můžete v krátkosti shrnout výhody a nevýhody jednotlivých LIBS uspořádání testovaných v diplomové práci? 4) Můžete vysvětlit rozdíl mezi kalibračním standardem a referenčním vzorkem?

Grade proposed by reviewer: B

Responsibility: Mgr. et Mgr. Hana Odstrčilová