Práce studenta J. Bačovského byla volným pokračováním jeho úspěšného dřívějšího působení v ÚPT na poli NMR v rámci SOČ v r. 2007. Vzhledem k předchozí zkušenosti a specifickým časovým potřebám studenta byla práce vedena jako série konzultací na žádost studenta, jemuž byl po proškolení zajištěn přístup na 4.7T NMR systém ÚPT.

Ve své práci student postupoval zcela samostatně, s cílem co nejefektivnějšího splnění cílů práce. Student během 5 měsíců nastudoval zadanou techniku, oblasti aplikace, v Matlabu implementoval nezbytné zpracování dat, naučil se ovládat NMR tomograf, nalezl vhodné modely pro experimentální testování metody a provedl měření a vyhodnocení dat. Výsledná práce splnila zadaný úkol; k drobným odchylkám od zadání, jako byla práce s 2D GE technikami místo 3D, nebo vynechání fantomových studií, které jsou z hlediska cílů nepodstatné, došlo podle instrukcí školitele na základě předběžných experimentů, zhodnocení časové náročnosti měření a dostupnosti levných vhodných biologických vzorků.

Je ale nepochybné, že téma nabízelo možnosti hlubšího propracování nad rámec minimální interpretace zadání, a to zejména v oblasti optimální volby parametrů s ohledem na relaxační časy a rozměry a fyzikální vlastnosti detegovaných struktur, robustních algoritmů, nebo uživatelského rozhraní softwaru. Zřejmě ale došlo k časovému podhodnocení experimentální práce, s důsledky v omezení záběru, nižší než žádoucí úrovni zpětné vazby a předložené práce. Budiž však poznamenáno, že samotné zvládnutí experimentální práce s NMR systémem typicky vyžaduje několik měsíců a že v kritické době byla volná časová kapacita systému ÚPT poměrně omezená.

Písemné zpracování nelze prohlásit za ideální, práce obsahuje formulační i jazykové chyby a k čtenáři nevstřícné vysvětlovací postupy. Z hlediska zadavatele je ovšem podstatné to, že metoda SWI byla implementována, experimentálně ověřena a připravena pro budoucí aplikace. Přinosné je i nalezení vhodných reprodukovatelných biologicky založených modelů. Tyto poznatky budou využity při rozvíjení měřicích postupů měření na modelových zvířatech (myších).

K hodnocení práce přistupuji se znalostí v práci neuvedených faktů. Upozorňuji, že požadované hodnocení ve stupnici ECTS by se mělo zakládat na kvalitativním uspořádání souboru alespoň 30 srovnatelných studentů. Tato podmínka nemohla být splněna, proto procentuální zařazení zakládám na zkušenosti z obhajob na ÚBMI FEKT VUT a vlastní představě o tom, jak by s tímto zadáním skupina obdobných studentů naložila. Úroveň práce bych řadil z většiny hodnocených aspektů za konec prvního tercilu (33-45%), tedy na rozhraní stupňů B a C. S ohledem na časové omezení práce a na to, že jde o zatím jen o práci bakalářskou, navrhuji celkové hodnocení B.

Práce se zabývá problematikou susceptibilně váhovaným magnetorezonančním zobrazováním. Nejvýznamnější částí práce je experimentální měření a výsledky měření na vybraných vzorcích.
Obecné poznámky:
•    Práce celkově seznamuje s pojmy o problematice SWI, ale neobsahuje žádná vysvětlení, popis principu ani popis proč a z jakého důvodu provádí zpracování dat uvedeným postupem. Domnívám se, že student se s problematikou seznámil nedostatečně, nepřesvědčil mě, že rozumí řešené problematice a zpracování práce v oblasti teoretické i experimentální je na velmi špatné úrovni.
•    Pokud student vytvořil program na zpracování dat, tak jej nepopisuje a nepřiložil výpis.
Podrobnější připomínky:
•    Str. 29: Popis v textu odkazující na obr.12 patří obr.13.
•    Obr. 12, obr.13. : Jedná se o obrazy MRI nebo SWI?
•    Jaké nanoželezo a kolik jej bylo aplikováno?
•    Str. 31.: U testy s vajíčkem nejsou uvedeny podmínky měření, jsou tam nejasnosti a čtenář nemůže posoudit experimenty a jejich závěry. Proč není uveden poměr S/N a jeho srovnání s poměrem S/N o MRI obrazu. Mění se poměr S/N vlivem zpracování dat?
•    Str. 14., Vznik signálu: obr.5. neilustruje vznik fázové informace a pro čtenáře neobeznámeného s principem MRI neříká nic. Před tímto obr. Jsou uvedeny vztahy popisující fázové zakódování B0 bez bližšího popisu.
•    V práci není uveden seznam proměnných a jejich význam a ten není ani v textu.
•    Obr. 6.: RF pulsy jsou selektivní nebo neselektivní? Z obrázku ani textu to není zřejmé. Označení času TE by mělo být z bodu zfázování vektorů magnetizace a střed echa by měl být v čase, kdy je integrál kladného gradientního pulsu dosáhne hodnoty integrálu záporného gradientního pulsu. Princip GE sekvence není vysvětlen.
•    Str.20.: Fázová maska je 1D nebo 2D? Vztahy ukazují na 1D masku.
•    Str. 21.: Vytvořil jste dvě metody výpočtu funkce UNWRAP. Jak se liší od sebe a od funkcí v MATLABU a v MAAREVISI případně jiných metod.  Kde jsou limity jejich použití. Vhodné by bylo ukázat na obrázcích jejich nedostatky apod. Není možné provádět funkcí UNWRAP od vybraného místa v obraze ke krajům nebo jiný způsob?
•    Pro lepší čitelnost a orientaci v textu by bylo vhodnější číslovat vztahy, kapitoly, dodržovat posloupnost číslování literárních odkazů.
•    V textu jsou mluvnické a stylistické chyby.

Student prostudoval řešenou problematiku, ale její presentace mě nepřesvědčuje, že jí rozumí a umí je dále rozvíjet. Zpracování problematiky i popis experimentálního měření je na velmi nízké úrovni. Doporučuji přijmout práci k obhajobě a dát prostor studentovi přesvědčit komisi o znalosti v oblasti SWI. Topics for thesis defence:

1. Připomínky a otázky k eventuálnímu zodpovězení při obhajobě: • Proč GE sekvence poskytuje velmi kontrastní obrazy krevního řečiště? (str. 17.) • Je možné vaší techniku použít k měření magnetické susceptibility vzorků? • Je možné využít pro měření asymetrickou SE sekvenci?