Bachelor's Thesis

Methodology of Dictyostelium discoideum imaging with the transmission digital holographic microscope

Final Thesis 1.74 MB

Author of thesis: Ing. Aneta Křížová, Ph.D.

Acad. year: 2009/2010

Supervisor: Ing. Hana Uhlířová, Ph.D.

Reviewer: Ing. Jan Ježek, Ph.D.

Abstract:

The task of this bachelor’s thesis was to image Dictyostelium discoideum with a transmission digital holographic microscope and compare this imaging with a commonly used microscopy technique.
This bachelor's thesis is structured into a theoretical part and an experimental part. The theoretical part describes the setting of the transmission digital holographic microscope, basic operation and physical principles of imaging with this microscope. Further the process of image reconstruction and numerical process of phase reconstruction is illustrated. At the end of this part, basic biological characteristics of observed cells of Dictyostelium discoideum are introduced.
The experimental part describes the cultivation and preparation of Dictyostelium discoideum for the observations, and further the process of performed experiments. The cells of Dictyostelium discoideum have been imaged in couple experiments by a method of the classical phase contrast. By the transmission digital holographic microscope the cells of Dictyostelium discoideum have been imaged in two mediums. Images captured by the transmission digital holographic microscope were processed by a method of Dynamic phase differences and analysed.

Keywords:

transmission digital holographic microscope, Dictyostelium discoideum, phase contrast,
image processing, optical microscopy, dynamic phase di erences

Date of defence

17.06.2010

Result of the defence

Defended (thesis was successfully defended)

znamkaAznamka

Grading

A

Language of thesis

Czech

Faculty

Department

Study programme

Applied Sciences in Engineering (B3901-3)

Field of study

Physical Engineering and Nanotechnology (B-FIN)

Composition of Committee

prof. RNDr. Tomáš Šikola, CSc. (předseda)
prof. RNDr. Miroslav Liška, DrSc. (místopředseda)
prof. RNDr. Bohumila Lencová, CSc. (člen)
doc. RNDr. Josef Kuběna, CSc. (člen)
prof. RNDr. Jiří Komrska, CSc. (člen)
prof. RNDr. Pavel Zemánek, Ph.D. (člen)
prof. RNDr. Petr Dub, CSc. (člen)
prof. RNDr. Radim Chmelík, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Ivan Křupka, Ph.D. (člen)
prof. RNDr. Jiří Spousta, Ph.D. (člen)
RNDr. Antonín Fejfar, CSc. (člen)

Supervisor’s report
Ing. Hana Uhlířová, Ph.D.

Studentka vyplnila zadání bakalářské práce. Její přínos je především v zavedení metodiky pozorování nových biologických preparátů pomocí transmisního digitálního holografického mikroskopu v Laboratoři optické mikroskopie na ÚFI, FSI, VUT v Brně.
Evaluation criteria Grade
Splnění požadavků a cílů zadání A
Postup a rozsah řešení, adekvátnost použitých metod A
Vlastní přínos a originalita A
Schopnost interpretovat dosažené vysledky a vyvozovat z nich závěry A
Využitelnost výsledků v praxi nebo teorii A
Logické uspořádání práce a formální náležitosti A
Grafická, stylistická úprava a pravopis A
Práce s literaturou včetně citací A
Samostatnost studenta při zpracování tématu A

Grade proposed by supervisor: A

Reviewer’s report
Ing. Jan Ježek, Ph.D.

Předloženou bakalářskou práci hodnotím jako velmi dobrou. Z práce je vidět, že studentka je schopná samostatné experimentální činnosti a dokáže poznatky získané na jednom pracovišti využít i v jiných podmínkách.
Evaluation criteria Grade
Splnění požadavků a cílů zadání A
Postup a rozsah řešení, adekvátnost použitých metod A
Vlastní přínos a originalita A
Schopnost interpretovat dosaž. vysledky a vyvozovat z nich závěry B
Využitelnost výsledků v praxi nebo teorii A
Logické uspořádání práce a formální náležitosti B
Grafická, stylistická úprava a pravopis B
Práce s literaturou včetně citací A
Topics for thesis defence:
  1. 1.Porovnejte zobrazení buněk pomocí fázového kontrastu a transmisního DHM. Uveďte výhody a nevýhody jednotlivých metod. 2.Definujte pojem "suchá hmota" a uveďte, jak se standardně určuje její obsah v buňce.

Grade proposed by reviewer: A

Responsibility: Mgr. et Mgr. Hana Odstrčilová