Ing. Kateřina Šabatová předložila disertační práci s názvem „Transkriptomická analýza bakterií produkujících sloučeniny s přidanou hodnotou“. Práce je zaměřena na analýzu genové exprese u biotechnologicky významných bakterií, zejména ve vztahu k produkci biofuelů, biopolymerů a dalších sloučenin s přidanou hodnotou. Téma práce je aktuální, odborně náročné a interdisciplinární, neboť propojuje mikrobiologii, molekulární biologii, biotechnologii a bioinformatickou analýzu vysokokapacitních sekvenačních dat.

Doktorandka se ve své práci zabývala především analýzou RNA-Seq dat u bakterií Clostridium beijerinckii NRRL B-598 a Rhodospirillum rubrum DSM 467T. Významnou součástí práce bylo zpracování a interpretace rozsáhlých transkriptomických datových souborů, charakterizace změn genové exprese v různých kultivačních a metabolických podmínkách a formulace bioinformatického workflow použitelného pro systematickou analýzu bakteriálních RNA-Seq dat. Práce dále zahrnuje identifikaci a experimentální validaci vhodných referenčních genů pro normalizaci RT-qPCR u C. beijerinckii, což představuje metodicky důležitý přínos pro další experimentální studie v této oblasti.

V průběhu doktorského studia Kateřina prokázala mimořádně vysokou míru samostatnosti, odborné zralosti a schopnosti kriticky pracovat s komplexními experimentálními i bioinformatickými daty. Patří mezi velmi kvalitní výzkumnice. Dokázala se orientovat v náročné problematice bakteriální transkriptomiky, zvolit vhodné analytické postupy, interpretovat výsledky v biologickém kontextu a formulovat závěry, které mají význam nejen pro základní výzkum regulace bakteriálního metabolismu, ale také pro potenciální biotechnologické využití studovaných organismů.

Za zvláště cenné považuji, že práce není pouze aplikací standardních postupů RNA-Seq analýzy, ale reflektuje specifické problémy bakteriální transkriptomiky, včetně vysokého podílu ribozomální RNA, operonové struktury genomu, rozdílů mezi jednotlivými typy datových sad a potřeby pečlivého nastavení analytických kroků. Doktorandka tím prokázala schopnost nejen data zpracovat, ale také metodicky uvažovat o limitech použitých postupů a jejich vlivu na biologickou interpretaci výsledků.

Výsledky disertační práce jsou podloženy souborem kvalitních vědeckých publikací v mezinárodních odborných časopisech. Publikační výstupy dokládají schopnost doktorandky pracovat v širším výzkumném týmu, podílet se na řešení komplexních biologických a bioinformatických otázek a prezentovat výsledky způsobem odpovídajícím požadavkům současné vědecké komunikace. Kateřina zároveň prokázala schopnost dlouhodobé systematické práce, odborné spolehlivosti a samostatného řešení výzkumných úkolů.

Cíle disertační práce byly podle mého názoru splněny. Předložená práce přináší nové poznatky o transkriptomické regulaci metabolických procesů u bakterií produkujících sloučeniny s přidanou hodnotou a současně poskytuje metodický rámec pro zpracování a interpretaci bakteriálních RNA-Seq dat. Výsledky práce jsou originální, odborně hodnotné a využitelné pro další výzkum v oblasti mikrobiální biotechnologie, bioinformatiky a analýzy genové exprese.

Ing. Kateřina Šabatová během doktorského studia jednoznačně prokázala schopnost samostatné vědecké práce. Její práce splňuje požadavky kladené na disertační práce v daném oboru. Práci doporučuji k obhajobě a po jejím úspěšném obhájení doporučuji udělení akademického titulu Ph.D.

viz pdf

viz pdf