Přístupnostní navigace
E-application
Search Search Close
Master's Thesis
Author of thesis: Ing. Petra Podhorná
Acad. year: 2025/2026
Supervisor: Ing. Michal Mikl, Ph.D.
Reviewer: Ing. Jan Valošek, Ph.D.
This diploma thesis focuses on quality control (QC) of functional magnetic resonance imaging (fMRI) data. Due to the low signal-to-noise ratio and the sensitivity of the BOLD signal to motion, physiological, and technical artifacts, the detection of low-quality data is essential for valid interpretation of results. The aim of this thesis was to design and implement an interactive software tool in MATLAB for visualization and quality assessment of fMRI data. Using the SPM toolbox, a graphical user interface was developed that combines interactive anatomical slices, BOLD signal time courses, FD and DVARS metric plots, spatial maps of tSNR and SNS, a binary brain mask, and a summary QC map. The tool was evaluated on data provided by the MAFIL CEITEC MU laboratory in four scenarios focused on the effect of preprocessing, motion artifacts, a technical artifact in multi-echo data, and the SNS metric. The results showed that the tool enables the identification of problematic time points, localization of regions with reduced signal quality, and comparison of data quality across different processing stages. The proposed solution represents a practical tool for interactive fMRI data quality control in MATLAB
fMRI, data quality, artifacts, visualization, MATLAB, SPM, Framewise Displacement, DVARS, tSNR, BOLD signal, SNS, Carpet plot
Date of defence
16.06.2026
Result of the defence
Defended (thesis was successfully defended)
Grading
A
Process of defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Prof. Augustynek položil otázku: Cílem je poskytnout software pro vědeckovýzkumného pracovníka? Ing. Jakubíček, Ph.D. položil otázku: Jak hodnotíte aplikovatelnost v MATLABu v porovnání s Pythonem? K čemu bude software sloužit v praxi? Jak počítáte SNR? Jaká je dostupnost dat? Proč byl software testován pouze na 4 subjektech? Zabývala jste se možnostmi paralelizace výpočtů a využití GPU? Jak dlouho trvá celý výpočet? Co byste v práci udělala jinak (vzhledem k současným poznatkům, které jste z práce získala)? Ing. Lázňovský, Ph.D. položil otázku: Jaké je možné vylepšení práce do budoucna? Studentka obhájila diplomovou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Language of thesis
Czech
Faculty
Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Department
Department of Biomedical Engineering
Study programme
Bioengineering (MPC-BIO)
Composition of Committee
prof. Ing. Martin Augustynek, Ph.D. (předseda) Ing. Roman Jakubíček, Ph.D. (místopředseda) Ing. Martin Králík (člen) Ing. Jakub Lázňovský, Ph.D. (člen) Ing. Petra Nemčeková (člen)
Supervisor’s reportIng. Michal Mikl, Ph.D.
Grade proposed by supervisor: A
Reviewer’s reportIng. Jan Valošek, Ph.D.
Grade proposed by reviewer: A
Responsibility: Mgr. et Mgr. Hana Odstrčilová