Studentka Martina Pražáková vypracovala diplomovou práci zaměřenou na detekci biosyntetických genových klastrů u bakterií pocházejících z Antarktidy pomocí nástrojů využívajících různé metody detekce. Práce obsahuje od úvodu po závěr 75 stran a odkazuje se na 59 relevantních zahraničních zdrojů.
Teoretická část práce popisuje biosyntetické genové klastry, jejich možné dělení a dále se zaměřuje zejména na ribozomálně syntetizované a posttranslačně modifikované peptidy (RiPPy), které jsou stěžejní pro tuto práci. Součástí práce je také přehled existujících přístupů a nástrojů pro detekci biosyntetických klastrů a RiPPů, ve kterém je popsáno celkem 10 metod. Teoretická část je tedy poměrně obsáhlá, ale zároveň relevantní k tématu práce.
V praktické části studentka vyzkoušela na poskytnutém datasetu 15 antarktických bakterií celkem 8 nástrojů, což je nad rámec zadání a oceňuji to. Zároveň testovala vliv různých anotačních strategií na výsledky jednotlivých nástrojů. Výsledky ze 6 nástrojů byly porovnány a na jejich základě byly vybrány dva nejvhodnější nástroje, jejichž výstupy byly dále využity pro analýzu pomocí podobnostních sítí zaměřenou na hledání potenciálně nových RiPP-asociovaných biosyntetických genových klastrů.
Vzhledem k omezenému datasetu bylo identifikováno pouze 5 menších rodin genových klastrů, které byly dále porovnány z hlediska genového obsahu. Práce nicméně představuje ucelený praktický framework pro prioritizaci a analýzu kandidátních RiPP biosyntetických klastrů, který by při aplikaci na větším datasetu mohl vést k biologicky významnějším výsledkům.
Po formální stránce je práce na dobré úrovni. Práce je psána v angličtině srozumitelně a většinou bez stylistických nedostatků.
Studentka na práci během semestru aktivně pracovala, na konzultace chodila dle potřeby připravená a s věcnými dotazy.
Práci tedy doporučuji k obhajobě a hodnotím ji stupněm A/95 bodů. Points proposed by supervisor: 95

Teoretická část je pečlivě zpracována, svědčí o důkladném nastudování problematiky a obsahuje veškeré potřebné informace pro uvedení čtenáře do tématu. Některé sekce by mohly být stručnější, což ale uvádím jako osobní pohled na práci, ne jako výtku.

Stejná kvalita je patrná i v popisu praktické části, která přehledně a detailně popisuje všechny kroky postupu. Samotné řešení je logicky strukturováno a jednotlivé kroky na sebe smysluplně navazují. Výběr použitých nástrojů i jejich množství nad rámec zadání (osm nástrojů namísto požadovaných pěti) oceňuji, stejně jako časovou náročnost spojenou s jejich zprovozněním a osvojením.

Spojení do snadno spustitelného skriptu, případně jednoduchého uživatelského rozhraní, by práci dále zhodnotilo. Drobnou výtku mám ke skriptům, které často obsahují natvrdo zadané cesty k souborům. To je jednak nepoužitelné pro další uživatele a jednak z hlediska zveřejnění rizikové. 

Popis i diskuze výsledků v kapitolách 6 a 7 jsou kvalitní; výsledky jsou nejen věcně popsány, ale i skutečně diskutovány, včetně limitací datasetu a zdůraznění čistě výpočetní povahy nálezů.

Po formální stránce hodnotím práci taktéž jako výbornou.

Celkově zadání považuji za splněné nad rámec požadavků. Navrhuji hodnocení A / 92 bodů. Points proposed by reviewer: 92