Bachelor's Thesis

Design of planar biosensor for real-time cell culture proliferation assay

Final Thesis 10.05 MB Appendix 2.3 MB

Author of thesis: Jan Žemlička

Acad. year: 2025/2026

Supervisor: Ing. Radek Theumer

Reviewer: prof. Ing. Roman Šotner, Ph.D.

Abstract:

This bachelor's thesis deals with the design and optimization of a planar biosensor with interdigitated electrodes (IDE) for monitoring cell culture proliferation, and the development of a corresponding measurement fixture. The first part of the thesis is focused on analyzing the influence of electrode geometry on sensor sensitivity using simulations in Ansys Maxwell. The performed parametric analysis proved that with decreasing gap and finger width, the electric field intensity increases, but its penetration depth decreases. Therefore, the optimal geometry should be selected with respect to the dimensions of the analyzed cells. Based on these findings, a printed circuit board with a measurement fixture was designed and realized. The functionality of the proposed system was experimentally verified using an impedance analyzer in the frequency range of 20 Hz to 10 MHz. The measurements confirmed the sensor's ability to reliably distinguish between different media (distilled water and physiological saline) and highlighted the degrading effect of DC bias on the electrode surface in a conductive environment. In the final phase, the measured data were approximated using an extended Cole model, whose parameters were extracted using the PSO optimization algorithm in the MATLAB environment, thereby confirming the functionality of the designed sensor.

Keywords:

biosensor, electrochemical impedance spectroscopy, EIS, interdigitated electrodes, IDE, Ansys Maxwell, electric field simulation, measurement fixture, equivalent circuit, Cole model

Date of defence

16.06.2026

Result of the defence

Defended (thesis was successfully defended)

znamkaBznamka

Grading

B

Process of defence

Student prezentuje postupy a závěry své bakalářské práce. Poté jsou přečteny posudky vedoucího a oponenta bakalářské práce, s nimiž student souhlasí bez námitek. Následně probíhá diskuze se členy komise. 1) Student odpovídá na otázky oponenta. 2) doc. Láčík: na jakém principu pracuje EM řešič Maxwell? -student nedokáže na místě vysvětlit, jak ověřil konvergenci výsledků 3) prof. Prokeš: proč jste nezkusil jiné výrobce? -student vysvětluje, proč nebylo vyrobeno u více výrobců 4) Dr. Král: je kalibrace správná? -student vysvětluje, že neověřoval, zda jsou všechny kanály multiplexoru shodné

Language of thesis

Czech

Faculty

Department

Study programme

Electronics and Communication Technologies (BPC-ECT)

Composition of Committee

prof. Ing. Aleš Prokeš, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Jaroslav Láčík, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Peter Barcík, Ph.D. (člen)
Ing. Jan Král, Ph.D. (člen)
Ing. Ondřej Kaller, Ph.D. (člen)

Supervisor’s report
Ing. Radek Theumer

Student Jan Žemlička se ve své bakalářské práci zabýval návrhem interdigitálních elektrod pro elektrochemickou impedanční spektroskopii, zejména se zabýval jejich citlivostí v závislosti na jejich geometrii pro účely měření růstu buněčných kultur. V úvodu práce student poskytuje velice dobře zpracovanou rešerši současného stavu a aplikací při různých buněčných měření.
Student nejdříve navrhnul sadu vzájemně porovnatelných senzorů, které podrobil EM simulaci v Ansys Maxwell. Výsledkem simulací je posouzení jejich citlivosti na základě dosažené intenzity elektrického pole na hranách jednotlivých elektrod (fingers). Citlivost jednotlivých senzorů porovnal metrikou hloubky vniku, přičemž sám na základě rešerše stanovil mezní hodnoty intenity elektrického pole, ke které metriku vztáhnul. V Tabulce 2.4 nastínil možné buněčné linie, které jsou na FEKT dostupné a bylo by možné na nich poté citlivost jednotlivých senzorů ověřit. K takovému kroku ale nedošlo, protože nebylo možné senzory v požadovaných rozměrech (desítky mikrometrů) fyzicky vyrobit, protože na její výrobu nebylo možné sehnat finance. Bylo tak přistoupeno k náhradnímu plánu výroby o něco větších elektrod na klasické DPS s povrchovou úpravou.
V dalším kroku student navrhnul měřící fixturu kompatibilní pro čtyřsvorkové připojení k impedančnímu analyzátoru E4990A, kde každá měřící elektroda je řízena analogovým multiplexorem, přičemž kalibrace se provádí až na fixtuře s důrazem co nejkratší cesty od kalibrační roviny k měřenému vzorku. Volbu multiplexorů doložil opět rešerší. Pozdější měření ukázalo, že kalibrace je dostatečně přesná. Fixturu realizoval na DPS, osadil a oživil. Bohužel, výrobce dodal DPS pouze s jedním senzorem, zbylé 4 elektrody byly odleptané, což považuji za velice neprofesionální přístup výrobce. DPS při návrhu prošla DRC kontrolou nastavenou přesně podle požadavků výrobce. Měření tak mohlo být bohužel provedeno pouze na jednom senzoru, což není vinou studenta.
V rámci měření pan Žemlička provedl několik experimentů na jediném povedeném vzorku. Provedl měření impedance destilované vody a fyziologického roztoku a zaměřil se na vliv stejnorměrné složky budícího signálu. Na měřených datech demosntruje drift impedance způsobený polarizačními ději, které odstartovalo zejména přivedení DC složky signálu.
Nakonec student provedl extrakci dat a nafitoval náhradní model. Zde bych vytknul slabiny práce. Student se mohl pokusit nafitovat více různých náhradních modelů, například Randlesův model s Warburgovou impedancí. Získal by tak přehled o tom, jak moc je jeho model fyzikálně správný. V ideálním případě by pro relevanci získaných dat mohl doložit citlivostní analýzu a případně k jednotlivým extrahovaným parametrům intervaly spolehlivosti.
Studen pracoval samostatně, nad zadáním uvažoval a obecně je práce napsaná velice precizně a na vysoké formální úrovni. Zadání bylo splněno, ostatní věci nebylo možné z pozice studenta ovlivnit. Navrhuji hodnocení B/89 bodů. Points proposed by supervisor: 89

Grade proposed by supervisor: B

Práce studenta Jana Žemličky je zaměřena na návrh biosenzoru pro měření pomocí elektrochemické impedanční spektroskopie specifikované pro vzorky biologické povahy. Z toho důvodu jsou použity interdigitální elektrody. Student poměrně detailně popisuje požadavky na elektrody v této oblasti impedančních měření. Úvodní části práce tak velmi dobře shrnují základy této oblasti. Práce obsahuje řadu názorných modelových situací rozložení el. pole konkrétních elektrodových systémů s využitím elektromagnetických simulačních nástrojů (Ansys). Některé vyrobené senzory nemohly být vyzkoušeny z důvodu nedodržení deklarovaných parametrů výrobcem JLCPCB a některé interdigitální fingery (nejmenších rozměrů pro nejlepší rozlišení) se odleptaly. Nechápu, že takto odfláknutý produkt byl výrobcem vůbec shledán finální a hoden k odeslání zákazníkovy. Zvážil bych reklamaci, pokud se návrh stále pohyboval v rámci výrobcem deklarovaných limitů. V práci uváděná přesnost měření impedance analyzátoru E4990A je pravděpodobně značně přehnaná. Nejedná se o jedno číslo, ale existuje síť nomogramů podle velikosti impedance a kmitočtu. Reference [50] na extrakční skript není správná. Měla by vést na publikaci, kde byl použit nebo uveden (alespoň princip), ne na USB disk. Proč nebyl v kapitole 3.4 použit kompletní double Cole model ukázaný a použitý např. v:

https://ieeexplore.ieee.org/document/5642494

https://ieeexplore.ieee.org/document/10971635

Ten by možná umožnil získat věrohodnější hodnoty kapacit. V tomto případě asi již dostatečný počet stupňů volnosti pravděpodobně dovolil měřená data fitnout i uspořádáním méně vystihujícím reálnou situaci. Toto vysvětlení však v práci uvedeno není. V obr. 3.11 zjevně uvedený model na vysokých kmitočtech nestačí.

Doporučoval bych používat méně přebraných ilustrací. V česky psaném textu by mělo být použito i českých poznámek a popisů v obrázcích. Některé zkratky nejsou definovány při jejich prvním použití v textu. Seznam symbolů a zkratek je taktéž neobsahuje. Doporučil bych vyznačení směru kmitočtu v Nyquistově zobrazení impedance. Jinak je práce precizně napsaná, ilustrace jsou velmi kvalitní, jsou použity aktuální literární zdroje (problematika je vysoce aktuální) a student se v problematice zřejmě dobře orientuje. Navrhuji hodnocení B/85b. Topics for thesis defence:
  1. Definice ZCPE (1.3) uvádí C jako kapacitu, což není úplně správně. Tento parametr nemá pouze rozměr kapacity. Dokážete vysvětlit?
  2. Lze využít pro MUX/DEMUX standardní obvody HCF4051 neb 4052?
  3. Lze z impedančního průběhu destilované vody a znalosti geometrie elektrod spočítat relativní permitivitu (jakou hodnotu by šlo ve vašem případě získat)?
  4. V obr. 3.6 je vidět, že v oblasti kmitočtů nad 10 kHz již převažuje značná nepřesnost ve fázové charakteristice. Bylo by možné odstranit tyto jevy zvýšením budící úrovně bez vlivu na další aspekty měření?
Points proposed by reviewer: 85

Responsibility: Mgr. et Mgr. Hana Odstrčilová