Předložená diplomová práce vznikla ve spolupráci s Ústavem fyzikálního inženýrství a zabývá se porovnáním světelné polarizační mikroskopie a holografické mikroskopie pro zobrazení kolagenních vláken v biologických vzorcích měkkých tkání.

Rešeršní část práce je věnována teoretickému popisu metod pro získání rozložení kolagenních vláken v měkkých tkáních. Grafická úroveň i logické uspořádání jsou na velmi vysoké úrovni. Práce je psána ve slovenském jazyce, tudíž pravopis se neodvažuji hodnotit, nicméně práce je velmi dobře čitelná s minimem překlepů.

Následně studentka provedla velmi velké množství experimentální práce, přičemž pracovala zcela samostatně a velice obstojně si poradila i s problémem porovnání snímků získaných z různých mikroskopických metod. Ráda bych vyzvedla její velmi svědomitý a proaktivní přístup, díky kterému se podařilo práci dokončit včas a získat zajímavé výsledky.

Práce byla nad rámec cílů rozšířena o citlivostní analýzu získaných parametrů modelu materiálu na napjatost ve šlaše pomocí výpočtového modelování. Výpočtová část práce je jako zbytek práce na velmi dobré úrovni, přičemž si studentka poradila i s implementací anizotropního modelu materiálu.

Studentka pracovala aktivně v průběhu celého magisterského studia, svoji práci vypracovala samostatně téměř bez zásahů vedoucí a práci pravidelně konzultovala. Všechny cíle práce byly splněny a výsledky jsou velice dobře využitelné pro následující výzkum. K její práci nemám žádné výhrady a navrhuji tedy hodnocení A.

V posuzované diplomové práci je studován vliv dvou mikroskopických metod na úhel orientace vláken kolagenu v prasečí Achillově šlaše. Rešeršní část dává práci solidní základ, jsou v ní shrnuty aktuální poznatky ze sledované oblasti, v některých místech by ale k bezpečné identifikaci zdroje měly přibýt citace. Těžištěm práce je experimentální část. Tuším, že za měřením vzorků tak, aby byly jejich výsledky z obou metod srovnatelné, se ukrývá velké množství omylů, ladění a práce, které nejsou v textu na první pohled vidět. Svázání výsledků a algoritmu na jejich vyhodnocení je obdivuhodné, protože měření se musela dít při znalosti tohoto algoritmu. Vzájemným srovnáním výsledků a ověřením rozdílů statistickými metodami by byly cíle práce splněny – nadto jsou k práci přidány výpočtové analýzy kolagenního vlákna, na nichž se daly ukázat také rozdíly v napětí pro jednotlivé naměřené parametry jednou či druhou metodou. V mnohých pasážích praktické části bych místo slovního popisu algoritmů a postupů ocenil více rovnic a u některých veličin chybí popis. Práci doporučuji k obhajobě. Topics for thesis defence:

1. Dokázala byste najít stejné místo na obr. 4.7 a 4.8, aby bylo vidět, že barevné mapy skutečně odpovídají lokální orientaci vláken pro každý pixel?
2. V kapitole 4.2 píšete, že nejlépe byla struktura šlachy vidět při světle o vlnové délce 550 nm a z tohoto důvodu jste nastavila RGB složky v kameře na (86,150,94), vlnové délce 550 nm ale spíš odpovídá RGB = (163, 255, 0). Jaký měly tyto hodnoty účel? Nemohla se díky nim výsledná natočení posunout o konstantní úhel?
3. Na histogramech na obr. 5.4. je vidět, že u posledního histogramu, kde jsou srovnány pixely ze společné oblasti, je vždy menší počet pixelů než u odpovídajícího histogramu z původního snímku. Je to dáno tím, že by byly převzorkovány oba snímky z obou metod nebo tím, že společná oblast vyloučí pixely ze snímků z obou metod, nebo něčím jiným?
4. Při porovnávání výsledných napětí ve výpočtových analýzách pracujete s inženýrským, skutečným nebo jiným napětím? Jak to souvisí s použitým modelem materiálu?
5. V jaké fázi algoritmu vyhodnocení shodných oblastí dochází ke slučování pixelů (a průměrování jejich hodnot) a k jejich rozdělování (a interpolaci hodnot). Děje se to konkrétně před ořezáním oblasti nebo po něm a proč?