Bachelor's Thesis

Optimization and extension of probe microscopy measurement for the investigation of new materials

Author of thesis: Adam Cíleček

Acad. year: 2025/2026

Supervisor: Ing. Jan Kramář

Reviewer: Ing. Martin Konečný, Ph.D.

Abstract:

This bachelor’s thesis deals with the optimization of AFM and C-AFM measurements in the LiteScope microscope and the implementation of an in-situ cell for battery sample measurements using AFM-in-SEM technology. The thesis first introduces the applied measurement techniques and provides a theoretical background on electrical noise and electromagnetic interference affecting the system during operation. Subsequently, the system is subjected to signal analysis to identify the dominant sources of interference. Based on the results of this analysis, practical modifications to the system are introduced to suppress these phenomena and optimize the measurement process. A comparison of the parameters before and after the modifications confirmed a reduction in mutual interference; however, it also revealed a slight increase in signal leakage to the ground. In the final phase, the thesis presents the design of mechanical modifications enabling
the implementation of a Thermo Fisher Scientific in-situ cell directly into the LiteScope microscope. This integration opens new possibilities for correlative microscopy, specifically for real-time topography and conductivity measurements during battery cycling. Finally, the proposed setup is tested in a practical experiment, demonstrating its full mechanical
and electrical compatibility with the LiteScope device.

Keywords:

AFM, C-AFM, signal processing, interference, noise, in situ, batteries

Date of defence

17.06.2026

Date of publish

16.06.2028

Result of the defence

Defended (thesis was successfully defended)

znamkaAznamka

Grading

A

Process of defence

Po otázkách oponenta bylo dále diskutováno: - deformace hrotu AFM - důvod pro použití koaxiálního kabelu Student na otázky odpověděl.

Language of thesis

Czech

Faculty

Department

Study programme

Physical Engineering and Nanotechnology (B-FIN-P)

Composition of Committee

prof. Ing. Miroslav Kolíbal, Ph.D. (předseda)
prof. RNDr. Tomáš Šikola, CSc. (místopředseda)
prof. RNDr. Jiří Spousta, Ph.D. (člen)
prof. RNDr. Petr Dub, CSc. (člen)
prof. Ing. Jan Čechal, Ph.D. (člen)
prof. Mgr. Miroslav Černý, Ph.D. (člen)
doc. Mgr. Vlastimil Křápek, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Stanislav Průša, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Miroslav Bartošík, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Radek Kalousek, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Jakub Zlámal, Ph.D. (člen)
prof. RNDr. Radim Chmelík, Ph.D. (člen)

Supervisor’s report
Ing. Jan Kramář

Předložená bakalářská práce pana Adama Cílečka se zabývá optimalizací měřicího řetězce mikroskopu LiteScope pro rastrovací sondovou mikroskopii (SPM) a jeho následnou aplikací především v bateriovém průmyslu. Po úvodní kapitole, ve které autor shrnuje principy technik SPM, se práce dělí do dvou rovin odpovídajících zadaným cílům – jedná se o optimalizaci šumu a rušení a o integraci operando cely pro charakterizaci dynamických dějů pomocí této unikátní sestavy.

V následující kapitole je vybudován solidní teoretický základ pro porozumění elektrickému šumu a rušení, doplněný o odvození klíčových vztahů. V experimentální části autor díky spolupráci s firmou NenoVision identifikoval dominantní zdroje rušení, navrhl jejich konkrétní hardwarové úpravy a posoudil jejich vliv na sestavu. Zde bych vyzdvihl autorovu schopnost osvojit si software pro návrh desek plošných spojů, práci s LCR metrem a schopnost zorganizovat celou výměnu dané komponenty. Cenné je systematické pojetí metrologie při vyhodnocení experimentu: definice objektivních metrik, reprezentativní soubor měření a striktní měřicí protokol. Malá výtka směřuje k absenci testu samotného držáku (bez vlivu sondy) s technickými úpravami. Vzhledem k dostupnému souboru měření by také bylo přínosné uvést průměrné zlepšení pozorovaných parametrů s příslušnou nejistotou, což by výsledkům dodalo větší vypovídací hodnotu. Tuto část však bohatě vynahrazuje diskuze o výsledcích a jejich hlubší interpretaci.

Hodnotná je také další část, kde autor popisuje již existující celu a způsob její implementace. Klíčové je, že veškerá kompatibilita samotné cely zůstala zachována díky navržené mechanické redukci. Samotná redukce byla také vyrobena a implementována do měřicí sestavy, kde byla následně provedena měření ověřující funkčnost návrhu. Ačkoliv výsledky plně nedosahují původních očekávání kvůli náročným experimentálním podmínkám – zejména nutnosti měření ve vakuu pro ochranu vzorku před degradací, což je primárním účelem vývoje této sestavy – navržené řešení jasně ukazuje cestu a představuje nezbytný mezikrok k dosažení finálního cíle.

Práce je po grafické a typografické stránce na vysoké úrovni. Vlastní grafika i schémata jsou zdařilá a výrazně přispívají k porozumění textu. Místy se sice objevují drobnější překlepy (např. „Whatstoneův“ místo „Wheatstoneův“ na str. 10), ty však nekazí plynulost textu. Autor prokázal vysokou míru samostatnosti, tvořivosti při řešení zadaných problémů a schopnost kriticky vyhodnotit vlastní data. Bakalářskou práci doporučuji k obhajobě a hodnotím známkou A (výborně).
Evaluation criteria Grade
Fulfilment of requirements and objectives of assignment A
Working process, extent and suitability of applied methods A
Scholarly contribution and originality A
Ability to interpret achieved results and draw conclusions A
Applicability of results in practice or theory A
Logical arrangement of thesis and its layout A
Grafic layout, used style and language level A
Work with used sources including quotations A
Student's independence when working on the topic A

Grade proposed by supervisor: A

Reviewer’s report
Ing. Martin Konečný, Ph.D.

Student Adam Cíleček se ve své bakalářské práci zabývá optimalizací mikroskopu atomárních sil (AFM) LiteScope a implementací in-situ cely pro korelativní mikroskopii na bateriových vzorcích. Důraz je přitom kladen zejména na analýzu a eliminaci elektromagnetického rušení v signálových cestách použitého AFM mikroskopu a na konstrukční návrh a výrobu mechanických adaptérů umožňujících instalaci in-situ cely na mikroskop LiteScope pro měření C-AFM v kontrolovaném prostředí, a to i během elektrochemického cyklování bateriových vzorků. Výzkum a vývoj baterií představuje vysoce aktuální a dynamicky se rozvíjející oblast. Z tohoto pohledu jsou výsledky předložené práce velmi cenné a mají značný potenciál pro praktické uplatnění.

V rešeršní části práce je nejprve představen obecný úvod do problematiky AFM. S ohledem na téma práce je zde podrobněji vysvětlen princip fungování C-AFM a piezorezistivních sond využívaných v mikroskopu LiteScope, včetně způsobu přenosu signálu přes Wheatstoneův můstek a jeho dalšího zpracování řídicí jednotkou. Podstatná část rešerše pak pojednává o jednotlivých typech elektrického šumu a mechanismech vzniku elektromagnetického rušení a o možnostech jeho eliminace vedoucí ke zlepšení poměru signálu k šumu. Student přitom u kapacitní i induktivní vazby odvozuje příslušné matematické vztahy, což oceňuji. Závěr teoretické části pak představuje statistické metody kvantitativního stanovení úrovně rušení, které jsou následně využity v experimentální části ke kvantitativnímu vyhodnocování kvality měřeného signálu.

Experimentální část práce se zabývá frekvenční analýzou systému, identifikací zdrojů rušení a implementací navržených hardwarových úprav spočívajících ve vlastním návrhu PCB a volby koaxiální kabeláže v signálové větvi hlavy mikroskopu a následném otestování tohoto řešení. Metodika měření a analýzy získaných dat je promyšlená a systematická a značí o zralém přístupu studenta k této problematice. Autor například otevřeně přiznává, že implementace koaxiálního vedení přinesla vedle snížení přeslechů také nárůstu RMS šumu, a tento efekt správně fyzikálně vysvětluje, způsobené parazitní kapacitou mezi vnitřním vodičem a stíněním koaxiálního kabelu vedoucí k částečnému svodu signálu do stínění.

Celá práce je velice pěkně a srozumitelně sepsána. Jako výjimečné dále hodnotím i samotné grafické zpracování. Rešeršní část poskytuje čtenáři čtivý, výstižný a názorný úvod do problematiky. Je tedy zřejmé, že i student Adam Cíleček se v dané problematice velice dobře orientuje.

Práci bez jakýchkoli pochybností navrhuji k obhajobě a hodnotím ji známkou A.
Evaluation criteria Grade
Fulfilment of requirements and objectives of assignment A
Working process, extent and suitability of applied methods A
Scholarly contribution and originality A
Ability to interpret achieved results and draw conclusions A
Applicability of results in practice or theory A
Logical arrangement of thesis and its layout A
Grafic layout, used style and language level A
Work with used sources including quotations A
Topics for thesis defence:
  1. Otázka 1.: Hardwarově upravený mikroskop je v práci testován na vzorcích baterií. To je vzhledem k motivaci a cílům práce pochopitelné, ale otázkou je vhodnost těchto vzorků pro testování (nestabilita, velká hrubost povrchu). Nebylo by možné zvolit nějaké jiné vhodnější vzorky?
  2. Otázka 2.: Jedním typem elektrického šumů, který student v práci popisuje, je barevný šum. Dokázal by student fyzikálně vysvětlit důvod 1/f frekvenční závislost tohoto šumu?

Grade proposed by reviewer: A

Reasons for publication postponement

Publication of the final thesis has been postponed in compliance with the provisions of Section 47b (4) of Act No. 111/1998 Coll., on the Higher Education Institutions and on amendments and supplements to other acts, as amended.

Responsibility: Mgr. et Mgr. Hana Odstrčilová