Bachelor's Thesis

Mechanical pipette automation using Arduino

Final Thesis 8 MB Appendix 14.33 MB

Author of thesis: Bc. Radek Michna

Acad. year: 2025/2026

Supervisor: Ing. Tomáš Holoubek

Reviewer: Ing. Jindřich Šafran

Abstract:

This bachelor’s thesis deals with the automation of a manual mechanical pipette for its use within the openTube2 robotic workstation for laboratory liquid handling. The aim of the thesis was to design, implement, and test a solution enabling the Epson LS3-B SCARA robot to use Gilson PIPETMAN pipettes within the openTube2 system. A holder enabling full use of the pipette, including volume adjustment and easy pipette replacement, was developed. The design also integrates a collision protection mechanism in the form of a spring-loaded vertical displacement. Pipetting automation is enabled by an Actuonix L12-30-210-6-R linear servo actuator controlled by the Arduino UNO R3 platform. These devices, together with manual mechanical pipettes and existing solutions for their integration into robotic workstations, are discussed in the theoretical part of the thesis. The practical part presents the development, manufacturing, description, and testing of the proposed pipette holder and the associated control electronics.

Keywords:

laboratory automation, liquid handling, pipetting robots, mechanical manual pipettes, linear actuators, Arduino development board

Date of defence

16.06.2026

Result of the defence

Defended (thesis was successfully defended)

znamkaBznamka

Grading

B

Process of defence

Student seznámil komisi s výsledky své bakalářské práce a odpověděl na otázky oponenta. Následovala diskuze k závěrečné práci a otázky komise: Rozsah na práce. Použití velkého množství zdrojů. Student odpověděl na všechny dotazy komise.

Language of thesis

Czech

Faculty

Department

Study programme

Engineering (B-STR-P)

Specialization

Applied Computer Science and Control (AIŘ)

Composition of Committee

doc. Ing. Lukáš Novotný, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Miloš Hammer, CSc. (místopředseda)
Ing. et Ing. Stanislav Lang, Ph.D. (člen)
Mgr. Jan Faltýnek, Ph.D. (člen)
Ing. Petr Lošák, Ph.D. (člen)
Ing. Filip Kšica, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Ivan Švarc, CSc. (člen)
doc. Ing. Radek Vlach, Ph.D. (člen)
Ing. Luděk Janák (člen)

Supervisor’s report
Ing. Tomáš Holoubek

Student v bakalářské práci řešil automatizaci mechanické manuální pipety pro použití v robotickém pracovišti OpenTube2. Práce je zpracována velmi podrobně a je vidět, že autor problematiku důkladně prostudoval, zejména v oblasti existujících řešení pipetování, volby aktuátoru, konstrukce držáku a platformy Arduino.

Hlavním přínosem je vlastní návrh a realizace funkčního prototypu odpruženého držáku pipety, včetně konstrukčního návrhu 3D tištěných částí a ovládací elektroniky. Pozitivně hodnotím jednoduchost výměny pipety, ovládání přes Arduino a ověření funkčnosti zařízení. Autor provedl také testování rychlosti a přesnosti pipetování se zařízením namontovaným na robotu Epson LS3-B, čímž byla praktická použitelnost řešení dostatečně prokázána.

Práce je celkově dobře uspořádaná, obsahuje velké množství technických informací i souvisejících obrázků a tabulek. Na bakalářskou práci je text až příliš rozsáhlý a místy zbytečně podrobný, hlavně v některých částech, jako je např. kapitola o Arduinu. Literatura je citovaná průběžně, místy se však objevují i méně vhodné zdroje, například videa nebo neoficiální webové odkazy.

Na závěr je třeba zdůraznit, že student navrhl, vyrobil a otestoval funkční zařízení s reálným využitím, jehož technická stránka je z hlediska praktické realizace velmi dobrá až nadstandardní.

Všechny cíle zadání považuji za splněné, a proto předloženou práci doporučuji k obhajobě a celkově hodnotím známkou A / výborně.
Evaluation criteria Grade
Fulfilment of requirements and objectives of assignment A
Working process, extent and suitability of applied methods A
Scholarly contribution and originality A
Ability to interpret achieved results and draw conclusions A
Applicability of results in practice or theory A
Logical arrangement of thesis and its layout B
Grafic layout, used style and language level A
Work with used sources including quotations B
Student's independence when working on the topic A

Grade proposed by supervisor: A

Reviewer’s report
Ing. Jindřich Šafran

Student Radek Michna se ve své bakalářské práci zabývá návrhem a realizací mechanismu pro použití manuální mechanické pipety na robotu Epson LS3-B s využitím platformy Arduino UNO R3. Dokument má celkem 140 stran, přičemž vlastní text od úvodu po závěr zaujímá 112 stran, tj. orientačně 106 normostran. Přibližně 77 normostran připadá na úvod a teoretickou část do kapitoly 6, 23 normostran na praktickou část v kapitolách 6–11 a 6 normostran na závěr.

Teoretická část je zpracována velmi podrobně, místy však nad rámec řešeného úkolu. To se projevuje zejména v kapitole 5, která vedle relevantních informací obsahuje také obecný výklad o počítačích, historii Arduina, licencích, ochranných známkách, klonech a padělcích, detailní popis nevyužitých rozhraní nebo porovnání dalších variant desek. Za méně vhodné považuji také příliš obecné názvy kapitol, například „Pipety“, „Akční člen“ a „Arduino“. Vizualizace a fotografie jsou naopak většinou přehledné a zdařilé a vhodně doplňují popis navrženého řešení.

Největší slabinu práce spatřuji v nejednoznačném vymezení jejího rozsahu. V abstraktu a úvodu je cíl formulován tak, že navržené řešení umožní použití pipety v rámci systému openTube2. Z úvodních částí práce však není jasně patrné, zda má být vytvořený mechanismus přímo propojen s řídicím systémem robotu, nebo zda má jít pouze o samostatně ovládaný prototyp. Teprve na straně 97 je výslovně uvedeno, že elektronika má pro účely testování tvořit samostatnou sestavu nezávislou na robotickém pracovišti. V kapitole 11 je následně konstatováno, že programování robotu nebylo předmětem práce, a plnohodnotná integrace je v závěru uvedena až jako možná navazující práce.

Kapitoly 7–9 se věnují návrhu a výrobě mechanického držáku, který hodnotím jako zdařilý. Z bakalářské práce ani seznamu příloh však není patrná ucelená výrobní výkresová dokumentace jednotlivých mechanických součástí, která by usnadnila reprodukovatelnost navrženého řešení. Přestože autor v závěru uvádí, že byl přiložen také výkres držáku, v seznamu příloh není tento dokument samostatně identifikovatelný. Určitou slabinou výsledné konstrukce je odpružený lineární posuv, který plní funkci ochrany pipety pouze částečně, protože je k jeho aktivaci nutná značná síla. Autor tuto skutečnost otevřeně uvádí již v kapitole 7.4. Některé další limity konstrukce, například menší univerzálnost uchycení pipety a prodloužení pipetovacího cyklu způsobené nadbytečným zdvihem aktuátoru při jiném než maximálním nastaveném objemu, jsou však podrobněji diskutovány až v samotném závěru práce. Z hlediska návaznosti textu by bylo vhodnější uvést je již při popisu a hodnocení prototypu.

Experimentální ověření je přínosné, jeho interpretace má však určitá omezení. Čas pohybu aktuátoru byl měřen ručně stopkami, přestože pro přesnější a opakovatelnější měření bylo možné využít přímo platformu Arduino, například v kombinaci s jednoduchým snímačem polohy nebo koncovým spínačem. U výsledků jsou sice uvedeny výběrové směrodatné odchylky opakovaných měření, nebyla však vyhodnocena celková nejistota měření. Výsledky jsou navíc místy uváděny s vyšším počtem desetinných míst, než odpovídá rozlišení použité váhy. Samotný autor také připouští možný vliv stavu a kalibrace pipety.

Přes uvedené výhrady považuji práci za dobrou a obhajitelnou. Student navrhl a realizoval funkční prototyp držáku včetně ovládací elektroniky, ověřil jeho základní funkčnost i montáž na robotu a prokázal schopnost samostatně řešit prakticky zaměřený technický úkol. Student tak splnil cíle závěrečné práce a navrhuji známku C.
Evaluation criteria Grade
Fulfilment of requirements and objectives of assignment B
Working process, extent and suitability of applied methods C
Scholarly contribution and originality B
Ability to interpret achieved results and draw conclusions C
Applicability of results in practice or theory C
Logical arrangement of thesis and its layout D
Grafic layout, used style and language level C
Work with used sources including quotations A
Topics for thesis defence:
  1. Vizualizujte odpružený vertikální posuv určený k ochraně pipety při kolizi a na konkrétním mechanismu vysvětlete příčiny jeho vyšší aktivační síly a možnosti zasekávání při zpětném pohybu. Jaké konstrukční úpravy by mohly uvedené nedostatky odstranit?
  2. Při hodnocení přesnosti pipetování byla hmotnost kapaliny měřena vahou s rozlišením 0,001 g a následně přepočítána na objem. Stanovte alespoň orientačně nejistotu tohoto měření a vysvětlete, s jakým počtem platných číslic je vhodné výsledky uvádět. Jak byste oddělil vliv samotného držáku od vlivu stavu a kalibrace použité pipety?
  3. Navrhněte vhodné doplnění vytvořeného mechanismu o senzoriku tak, aby bylo možné zvýšit přesnost a opakovatelnost pipetování a současně minimalizovat riziko kolize nebo poškození pipety, špičky či okolních zařízení. Uveďte, které veličiny by bylo vhodné sledovat, kam byste jednotlivé senzory umístil a jakým způsobem by mohly být jejich signály využity při řízení mechanismu nebo při vyhodnocování přesnosti pipetování. Stručně popište také vhodné bezpečnostní stavy a reakce systému pro spolehlivý provoz v rámci pracoviště openTube2.
  4. Zdůvodněte volbu lineárního servomotoru Actuonix L12-30-210-6-R. Jaké parametry byly pro výběr rozhodující a jak by se na funkci zařízení projevilo použití aktuátoru s odlišným převodovým poměrem, rychlostí nebo zdvihem?

Grade proposed by reviewer: C

Responsibility: Mgr. et Mgr. Hana Odstrčilová