Bachelor's Thesis

Testing the ability of primers with varying specifity to differentiate citrus species

Final Thesis 4.73 MB

Author of thesis: Bc. Mariia Gura

Acad. year: 2025/2026

Supervisor: Ing. Lenka Fialová, Ph.D.

Reviewer: Ing. Julie Hoová, Ph.D.

Abstract:

The bachelor`s thesis focuses on the validation and assessment of the analytical specificity of primer sets for distinguishing phylogenetically related species of the genus Citrus. The methodological basis of the thesis is real-time quantitative polymerase chain reaction combined with high-resolution melting curve analysis (qPCR-HRM) – a precise molecular diagnostic tool based on the detection of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) without the need for sequencing. Besides the identification of the species, this approach has been validated for the screening of functional genes, particularly the limonene synthase (LMS) gene, which is a key biomarker for the biosynthesis of secondary metabolites that determine the specific organoleptic profile and chemotaxonomic characteristics of citrus fruits – a factor of crucial relevance for authenticity verification and the detection of covertly adulterated products.

Keywords:

Citrus fruits, citrus juices, DNA isolation, polymerase chain reaction (PCR), high-resolution melting curve analysis (HRM analysis)

Date of defence

16.06.2026

Result of the defence

Defended (thesis was successfully defended)

znamkaAznamka

Grading

A

Process of defence

1. Studentka seznámila členy komise s náplní a cílem bakalářské práce. 2. Byly přečteny posudky na bakalářskou práci. 3. Studentka akceptovala všechny připomínky oponentky a na všechny otázky odpověděla v plné šíři. Diskuse: doc. Ing. Pavel Diviš, Ph.D. Našla jste v literatuře statistická data, jak často a čím jsou falšovány pomerančové džusy? Studentka výborně odpověděla na všechny doplňující otázky členů komise, které byly v průběhu diskuse k dané problematice vzneseny. V diskusi studentka prokázala výbornou orientaci v dané problematice. Po diskusi následovalo hodnocení závěrečné práce. Studentka prokázala nejen výborné odborné znalosti, ale i schopnost samostatné prezentace dosažených výsledků.

Language of thesis

Czech

Faculty

Department

Study programme

Chemistry and Technology of Foodstuffs (BPCP_CHTPO)

Specialization

Biochemical Technology (BT)

Composition of Committee

prof. RNDr. Ivana Márová, CSc. (předseda)
doc. Ing. Pavel Diviš, Ph.D. (místopředseda)
prof. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Adriána Kovalčík, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Eva Vítová, Ph.D. (člen)

Supervisor’s report
Ing. Lenka Fialová, Ph.D.

Bakalářská práce Marii Gury byla zaměřena na studium využitelnosti primerů s různou specifitou pro rozlišování vybraných druhů citrusů. Studentka k řešení závěrečné práce přistupovala se zájmem a nadšením pro danou problematiku. Při provádění experimentů prokázala samostatnost a zručnost, a získané výsledky průběžně konzultovala. Konzultace byly aktivně využívány i během psaní práce. Pozitivně hodnotím i to, že studentka přišla z vlastní iniciativy s návrhem experimentů, které její práci vhodně rozšířily. Předloženou práci lze považovat za původní, protože míra její podobnosti s jinými dokumenty je pouze 4,6 %. Celá práce je podložena celkem padesáti dvěma literárními zdroji, přičemž většinu z nich tvoří anglicky psaná odborná literatura. Poznatky z literatury studentka využívá i v některých sekcích výsledkové a diskusní části práce. Práce je celkově na dobré úrovni, připomínky mám pouze k diskusní části, jejíž text je místy spíše obecný a/nebo stručný. Práci doporučuji k obhajobě a hodnotím známkou  A – výborně.
Evaluation criteria Grade
Kvalita zpracování výsledků A
Interpretace výsledků, jejich diskuse B
Závěry práce a jejich formulace B
Využívání konzultací při řešení práce A
Celkový přístup k řešení úkolů A
Splnění požadavků zadání A
Studium literatury a její zpracování A
Využití poznatků z literatury A

Grade proposed by supervisor: A

Reviewer’s report
Ing. Julie Hoová, Ph.D.

Bakalářská práce Mariia Gura s názvem Testování primerů s různou specifitou při rozlišování různých druhů citrusů propojuje oblast molekulární biologie s problematikou autentifikace potravin. Práce má jasně definovaný cíl a využívá několik molekulárně-biologických metod pro hodnocení rozdílů mezi jednotlivými druhy citrusů.
V teoretické části se studentka zabývá charakteristikou zkoumaných druhů ovoce, ze kterých byla následně izolována DNA, a také jejich technologickým popisem. Dále popisuje samotnou DNA a metody její izolace a následného stanovení pomocí molekulárně-biologických metod. V této části se studentka ovšem mohla věnovat blíže genetické příbuznosti jednotlivých druhů zkoumaných citrusů, který by usnadnil následnou interpretaci výsledků HRM analýz a seskupování vzorků do klastrů.
V experimentální části studentka pracovala s větším množstvím vzorků různého typu (3 sady). V práci musím vyzdvihnout kapitolu 4.1, která přináší vhled do této problematiky a jakým způsobem lze získat informace ze získaných výsledků. V této části studentka mohla více diskutovat s literaturou seskupování vzorků do daných klastrů. Zároveň oceňuji i přídavek kapitoly s kontrolou citlivosti, validace, provedené PCR metody. U výsledků získaných z komerčních potravinářských výrobků bych očekávala rozsáhlejší diskusi ve vztahu k problematice autenticity a možným technologickým vlivům zpracování na kvalitu izolované DNA (přesto studentka některé z těchto aspektů částečně reflektuje v kapitole 4.2.5).
Práce je jinak logicky členěna a využívá obsáhlý počet literárních zdrojů. V práci se vyskytuje pár překlepů a typografických chyb.
Bakalářskou práci studentky Mariie Gury doporučuji k obhajobě a hodnotím známkou „A“.
Evaluation criteria Grade
Splnění požadavků zadání A
Logické členění práce A
Kvalita zpracování výsledků A
Interpretace výsledků, jejich diskuse B
Využití literatury a její citace B
Úroveň jazykového zpracování A
Formální úroveň práce – celkový dojem A
Závěry práce a jejich formulace B
Topics for thesis defence:
  1. V kapitole 4.1.1 diskutujete výsledky čistoty izolované DNA, kdy nejspíše došlo k znečistění bílkovinami, fenoly nebo aromatickými sloučeninami, které se v kůře vyskytují ve velkém množství. Jaké další postupy přečištění DNA by bylo možné zařadit za účelem odstranění polyfenolů, polysacharidů a proteinových kontaminantů a zvýšení kvality izolované DNA?
  2. Ve výsledcích HRM analýzy v kapitole 4.2.2 byly specifické produkty detekovány u vzorku Solevita 20 %, zatímco u vzorku Solevita 100 % nebyly výsledky jednoznačné. Jak si tento zdánlivě paradoxní výsledek vysvětlujete a jaké faktory mohly ovlivnit detekovatelnost DNA v obou vzorcích?
  3. Který z použitých markerů považujete za nejperspektivnější pro rozlišování citrusových druhů a proč?

Grade proposed by reviewer: A

Responsibility: Mgr. et Mgr. Hana Odstrčilová