Přístupnostní navigace
E-application
Search Search Close
Master's Thesis
Author of thesis: Ing. Lukáš Erlich
Acad. year: 2022/2023
Supervisor: doc. Ing. Martin Čadík, Ph.D.
Reviewer: Ing. Tomáš Polášek
This master’s thesis deals with the topic of image correction in fluorescence optical microscopy using electron image as a template. The aim is to design methods to analyze observed distortions in investigated microscopic systems and propose techniques for their correction. The thesis also presents a calibration sample that is utilized within it. Additionally, the work provides an overview of some existing solutions for modeling and suppressing distortion.
CLEM, Image distortions, Distortion correction, Homography, Camera Calibration, Feature detection, Python, Electron microscopy, Fluorescence microscopy
Date of defence
16.06.2023
Result of the defence
Defended (thesis was successfully defended)
Grading
B
Process of defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm B.
Topics for thesis defence
Language of thesis
Slovak
Faculty
Fakulta informačních technologií
Department
Department of Computer Graphics and Multimedia
Study programme
Information Technology and Artificial Intelligence (MITAI)
Specialization
Application Development (NADE)
Composition of Committee
doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (předseda) doc. Mgr. Adam Rogalewicz, Ph.D. (člen) RNDr. Marek Rychlý, Ph.D. (člen) Ing. Libor Polčák, Ph.D. (člen) Ing. Jiří Hynek, Ph.D. (člen) Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen)
Supervisor’s reportdoc. Ing. Martin Čadík, Ph.D.
Celkově považuji předloženou práci za velmi kvalitní. Student navrhl a vytvořil kalibrační vzor určený pro kalibraci fluorescenčního mikroskopu pomocí obrazu z elektronového mikroskopu. Dále navrhl a implementoval kalibrační metodu, která kopíruje tradiční přístup k registraci obrazu založený na detekci významných bodů v obraze a odhadu homografie s využitím metody RANSAC. Detektory i deskriptory významých bodů student upravil/vytvořil nové pro daný scénář. Výsledek, že odhadnutá projektivní transformace obvykle dostačuje ke korekci zkreslení optického mikroskopu je překvapivý.
Zadání práce považuji za mírně náročnější. Jedná se o standardní problematiku tradičně řešenou v počítačovém vidění, aplikační přesah do elektronové a fluorescenční mikroskopie však náročnost zvyšuje. Student dle mého názoru zadání splnil a odvedl kvalitní inženýrskou práci.
Student si aktivně sám vyhledával zdroje, většina z citovaných materiálů jsou kvalitní články.
Jedná se o firemní zadání Thermo Fisher Scientific Brno, kde student práci částečně konzultoval. Konzultace s vedoucím práce probíhaly dle dohody nepravidelně, student obvykle dodával dohodnutá týdenní hlášení a na schůzky přicházel připraven.
Finální obsah technické zprávy nebyl s vedoucím práce před odevzdáním nijak zásadně konzultován, s výjimkou několika drobností.
Grade proposed by supervisor: B
Reviewer’s reportIng. Tomáš Polášek
Práce dobře shrnuje problematiku mikroskopie a popisuje výskyt různých chyb obrazu. Dále popisuje techniky jak tyto chyby minimalizovat a testuje jejich efektivitu na vlastním datasetu vzorků. Navržené metody jsou dále vylepšeny a uvedeny do praktického použití. Z těchto důvodů navrhuji hodnotit práci stupněm Velmi dobře.
Evaluation level: průměrně obtížné zadání
Zadání považuji za průměrně náročné téma s reálnými implikacemi v průmyslu.
Evaluation level: zadání splněno
Zadání považuji za splněné v plné míře
Evaluation level: je v obvyklém rozmezí
Rozsah práce je v normě. Text zahrnuje vše nutné k porozumění práce.
Prezentační úroveň práce je na velmi dobré úrovni. Rozdělení do kapitol je vhodně zvoleno a napomáhá porozumění textu. Technické detaily jsou podrobně vysvětleny a doprovázeny velmi výstižnými vizualizacemi.
Po typografické stránce je text v pořádku a obsahuje pouze menší množství problémů. Mezi tyto patří například chybějící odkazy na některé figury (Obr. 2.6) a chybějící mezery mezi slovy. Zkratky by bylo také vhodné explicitně definovat - např. Elektronový Mikroskop (EM). Pro přehlednost textu bych také některé poznámky pod čarou integroval přímo do textu. Po jazykové stránce hodnotím text také pozitivně, avšak s omezenou znalostí Slovenského jazyka.
Literární prameny jsou v práci vhodně zohledněny. Odkazované články jsou převážně z robustních vědeckých konferencí a žurnálů. Využité elektronické zdroje ve formě dokumentací a knihoven jsou vždy korektně citovány. Z textu je téměř vždy jasné které části vypracoval autor a které byly převzaty. Výjimku tvoří některé obrázky - např. 2.1, 2.2 a 2.4 - u kterých není jasný zdroj.
Realizační výstupy práci považuji za signifikantní. Souhrn problematiky mikroskopie a chyb které se v ní objevují jsou jasně vysvětleny. Dále autor vytvořil dataset vzorků, které lze použít pro testování kalibračních metod i v další práci. Na tomto datasetů následně provedl testování metod pro mapování kalibračního vzoru a odhadu parametrů modelu zkreslení. Tyto metody vyhodnotil a navrhl také vlastní metodu pro odhad modelu zkresnelí pomocí zbytkového zkreslení.
Výsledky práce jsou využitelné nejen v praktických aplikacích firmy Termo Fisher, ale dateset lze také použít v dalším výzkumu který se tímto tématem bude zabývat.
Grade proposed by reviewer: B
Responsibility: Mgr. et Mgr. Hana Odstrčilová