Master's Thesis

Web Application for Primer Selection for 16S rRNA Amplicon Sequencing

Final Thesis 2.77 MB

Author of thesis: Ing. Jan Jurča

Acad. year: 2021/2022

Supervisor: Ing. Stanislav Smatana

Reviewer: doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D.

Abstract:

Main goal of this thesis was an implementation of web application, that can evalutate and recommend primer pairs for 16S rRNA amplicon sequencing, according to users specific needs and by this simplify the procces of primer pair selection. Primer pair evaluation is based on database of primer pairs, which contains data about senzitivity and specifity of each primer pair. Part of the work was also the performance optimization of the primer pair analysis algorithm, that computes senzitivity and specifity data. This optimization helped in an integration of algorithm into the application, which means that users can submit their own primer pair sequences, run analysis and get informations about position of amplified region, sensitivity and specifity.

Keywords:

metagenomic, 16S rRNA, amplicon sequencing, PCR, primer, web application

Date of defence

21.06.2022

Result of the defence

Defended (thesis was successfully defended)

znamkaAznamka

Grading

A

Process of defence

Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A.

Otázky u obhajoby:

  • V jaké formě jsou dostupné informace o tom, že daný primerový pár je schopen amplifikovat konkrétní 16S rRNA sekvenci?
  • Uvažuje vytvořená aplikace výskyt různých variant 16S rRNA v rámci jednoho organizmu? Pokud ne, dala by se o tuto možnost rozšířit?

Language of thesis

Czech

Faculty

Fakulta informačních technologií

Department

Department of Computer Systems

Study programme

Information Technology and Artificial Intelligence (MITAI)

Specialization

Bioinformatics and Biocomputing (NBIO)

Composition of Committee

prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Zdeněk Vašíček, Ph.D. (místopředseda)
doc. Ing. Michal Bidlo, Ph.D. (člen)
Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Ondřej Lengál, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Radomil Matoušek, Ph.D. (člen)

Supervisor’s report
Ing. Stanislav Smatana

Grade proposed by supervisor: A

File inserted by supervisor Size
Hodnocení vedoucího [.pdf] 86,55 kB

Reviewer’s report
doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D.

Grade proposed by reviewer: A

File inserted by the reviewer Size
Posudek oponenta [.pdf] 90,53 kB

Responsibility: Mgr. et Mgr. Hana Odstrčilová