Jakub Koláček přistupoval k řešení zadaných úkolů s vysokou samostatností, schopností vyhledávat, nastudovat a používat i poměrně náročné teoreticko-matematické práce popisující zadanou problematiku. Prokázal vysokou zběhlost při práci s výpočetní technikou včetně schopnosti tvorby vlastních prográmků. S jeho přístupem i výsledky jsem byl rozhodně spokojen.

Jakub Koláček se v předložené bakalářské práci věnuje počítačovému modelování Brownova pohybu mikročástic s využitím programu COMSOL Multiphysics. Jak autor v práci srozumitelně vysvětluje, cílem jeho práce bylo poskytnout simulační platformu umožňující racionalizaci a optimalizaci, případně také podrobnější strukturní interpretaci, mikroreologických analýz gelových prostředí, které se na pracovišti Fakulty chemické v současnosti realizují. Práce je vzhledem ke svému tématu a praktické náplni netradiční, přitom však velmi dobře koresponduje se zaměřením autorem absolvovaného studijního programu a, jak je z textu práce patrné, také odpovídá studentovým kompetencím a hlavním oblastem zájmu.

Práce je zdařilá po všech stránkách. V teoretické úvodní části autor jednak shrnuje motivaci a cíle práce, zároveň poskytuje čtenáři podrobný konkurz do problematiky z hlediska fenomenologického (Brownův pohyb) i metodologického (mikroreologie, počítačové modelování). Student v této části jednoznačně demonstruje, že se dobře orientuje v poměrně složitém matematickém aparátu, který je aplikován při popisu studovaných jevů. Zároveň prokazuje schopnost práce s kvalitními literárními zdroji (v práci je odkazováno 42 převážně odborných časopiseckých publikací). Metodologie experimentální části práce je srozumitelně popsána, při diskusi získaných poznatků se autor neomezuje jen na popisné konstatování výsledků, ale pokouší se o jejich vlastní interpretaci a zhodnocení, případně návrh řešení tam, kde vidí limity provedených simulací.

Textu práce nemám co zásadního vytknout. Několik marginálních upozornění a komentářů si přesto dovolím:
- Vzhledem k množství rovnic v textu by si práce zasloužila vedle seznamu zkratek také seznam použitých symbolů.
- Konvenční překlad MSD je Střední kvadratický (nikoliv čtvercový) posun.
- Na str. 14 autor cituje průlomový článek A. Einsteina (ref. [21]) s tím, že vznikl „nezávisle na Brownově experimentu“. Ve skutečnosti Einstein přímo v citované práci uvádí, že výsledky jeho studie by mohly podat vysvětlení Brownova pozorování, ovšem až po doplnění nezbytných experimentálních dat.
- U rovnice (27) se mi nepodařilo dohledat vysvětlení transformované nezávislé proměnné „s“.
- U použitých modelů občas chybí podrobnější vysvětlení, na jakém základě byly zvoleny konkrétní použité hodnoty parametrů modelu – např. poměrně vysoká hustota částic a naopak velmi nízká viskozita u základního modelu (viz tab. 2), nebo jakému parametru „r“ odpovídají výsledky uvedené na obr. 25.

Praktická část předložené bakalářské práce přinesla jednoznačné originální vědecké poznatky (např. validace základního modelu použitého při simulaci Brownova pohybu, výsledky evaluace jednotlivých přístupů k modelování pohybu částic ve viskoelastickém prostředí), nad rámec toho autor v podobě veřejně dostupných elektronických výstupů poskytuje návod a nástroje (skripty) k určení MSD křivek z výsledků simulace Brownova pohybu modulu Particle Tracking. Množství získaných praktických výsledků tak dle mého názoru jednoznačně převyšuje nároky kladené na bakalářskou práci.

Předloženou bakalářskou práci považuji za vynikající komplexní autorské dílo, proto ji doporučuji k obhajobě s hodnocením „Výborně (A)“. Topics for thesis defence:

1. Na straně 15 autor (v souladu s obecně používanou představou Brownova pohybu) uvádí, že „částici uvádí do pohybu náhodné srážky molekul prostředí“. Znamená to, že částice by bez přítomnosti molekul okolního prostředí (rozpouštědla) sama žádný tepelný pohyb nevykonávala? Proč se dle studentova názoru translační pohyb částice samotné běžně zanedbává?
2. V rovnicích (30) a (31) student uvádí aparát používaný v modelovacím softwaru k definici síly odporu prostředí. Jakou má tento aparát vazbu na frikční koeficient definovaný Stokesovým vztahem? Jaké jsou z tohoto pohledu limity použití tohoto aparátu?
3. Při použití matematického modelu pro simulaci viskoelastického chování jsou použity parametry G_0 a lambda. Zatímco fyzikální rozměr druhého parametru (relaxační čas) je vysvětleno, u parametru G_0 toto chybí. Jaký atribut chování systému tedy tento parametr reprezentuje? Proč byly voleny právě použité hodnoty tohoto parametru (10^-9, 10^-10 N/m)?
4. V poslední kapitole výsledkové části autor diskutuje rozpor mezi modely odporové síly popsané vztahy (41) resp. (42). Jak konkrétně dle jeho názoru ovlivnilo jím získané výsledky modelování to, že je rychlost v použitém výpočtu konstanta v čase t, nikoliv integrované veličina v celém časovém rozsahu?
5. Bude-li časový prostor, může student v rámci obhajoby rozvést svoji představu o tom, jak konkrétně mohou výsledky simulací s použitím jím získaných modelů „ušetřit práci při provádění mikroreologických měření“ a pomoci při „simulaci pohybu nosičů léčiv v biologickém prostředí“ (viz kap. 4.4, str. 40).