Studentka Jana Musilová se zabývá ve své práci zajímavou problematikou systémové biologie, a to návrhem signální dráhy zapojené do produkce butanolu u konkrétního kmene solventogenní klostridie. Teoretická část práce je podložena množstvím kvalitních referencí a čtenáře vhodně uvádí do studované problematiky. V rámci praktické části studentka navrhla vlastní signální dráhu pro kmen C. beijerinckii NRRL B-598 a tuto následně vhodně otestovala z pohledu jak statické, tak dynamické analýzy. Zatímco výsledky statické analýzy slouží k identifikaci důležitých genů, na které by měla být cílena budoucí genová manipulace s kmenem, výsledky dynamické analýzy pomáhají predikovat žádaný fenotypový projev. Tyto predikce navíc studentka podpořila solidní validací modelu pomocí laboratorně naměřených dat z kapalinové chromatografie, RNA-Seq, či průtokové cytometrie, získaných v rámci spolupráce s ústavem biotechnologie, VŠCHT Praha. Pomocné výsledky z analýz studentka vhodně umístila do příloh a samotná práce tak působí velmi uceleně a zaměřeně na konkrétní téma. Zadání práce tedy považuji za bezezbytku splněné. Jedinou výtku musím směřovat k jazykové úpravě, jinak formálně velmi zdařilé práce. Práce je psána anglicky a obsahuje gramatické prohřešky ve větné skladbě nebo v nevhodném používání předložek. Nejhůře pak působí zbytečné používaní českých synonym, která v angličtině synonymy nejsou, např. označení vrcholu matematického grafu slovem „peak“. V konečném důsledku je ale práce i přes tyto nedostatky srozumitelná a díky volbě angličtiny je dostupná širšímu okruhu čtenářů. O výjimečnosti výsledků prezentovaných v práci svědčí i fakt, že s dílčími výsledky studentka dosáhla na 2. místo v soutěži EEICT a na ocenění za nejlepší poster na mezinárodní konferenci ICCT2019. Těchto úspěchů studentka dosáhla i díky své vysoké aktivitě během semestru. Points proposed by supervisor: 95

Studentka Jana Musilová se ve své práci zabývala modelováním signálních drah popisujících produkci butanolu u solventogenních bakterií rodu Clostridium. K tématu nastudovala velké množství kvalitních převážně zahraničních literárních zdrojů a zpracovala přehlednou literární rešerši, což dokládá i 79 použitých referencí. Zde bych vytkla jen na diplomovou práci příliš obecné zaměření teoretické části práce na systémovou biologii a teorii grafů. V praktické části práce se studentka zaměřila na návrh, simulaci a statistické ověření signální dráhy pro produkci butanolu u zvoleného kmene bakterie Clostridium beijerinckii. Vlastní model signální dráhy verifikovala na laboratorně měřených datech z kapalinové chromatografie, průtokové cytometrie a analýze transkriptomu metodou RNA-seq. Přestože výsledná aproximace modelu nebyla zcela věrná, vzhledem k experimentálnímu charakteru celé práce a faktu, že se jedná o první takto podrobný model navržený k tomuto účelu, je výsledný přínos práce značný. Do budoucna znamená nemalé úspory jak finanční tak časové v laboratorní praxi. Po formální i odborné stránce je práce na výborné úrovni. Vytýkám jen drobné nedostatky, jako jsou místy chybějící jednotky veličin v grafech, chyba v číslování vzorců (str. 47) a nejednotnosti ve formátování grafů a numerických hodnot v teoretické a praktické části práce. Topics for thesis defence:

1. Vysvětlete, na základě čeho bylo zvoleno uvedených 7 genů v analýze úrovně aktivity v tabulce 4. Mělo by smysl zapojit do analýzy i další z 5000 genů? Které další geny a v čem by mohli výsledek zpřesnit?

Points proposed by reviewer: 91