PhylogenTree Analyzer

PhylogenTree Analyzer

Software

Software opatřen uživatelským rozhraním umožňující ze souboru biologických sekvencí ve FASTA souboru vykreslit a analyzovat fylogenetický strom na základě nastavitelných parametrů (statistická metoda, distanční model, skórovací matice, počet replikací, počet aktivních sekvencí). Veškeré fylogenetické stromy, či analýzy založené na nich, jsou konstruovány pomocí metody Neighbor-Joining. Využívanými statistickými metodami jsou Bootstrapping, Jackknifing, OTU Jackknifing, permutation tail probability test.

Software with a user interface allow to plot and analyze phylogenetic tree based on biological sequences in FASTA file with adjustable parameters (statistical method, distance model, scoring matrix, number of replications, number of active sequences). All phylogenetic trees and analyzes based upon them are constructed using the neighbor-joining method. Used statistical methods are Bootstrapping, Jackknifing, OTU Jackknifing, permutation tail probability test.

phylogenetic tree, substitution matrix, scoring matrix, distance matrix, evolutionary model, Neighbor-Joining, Bootstrapping, Jackknifing, PTP test, Permutation Tail Probability, OTU jackknifing, resampling tests

phylogenetic tree, substitution matrix, scoring matrix, distance matrix, evolutionary model, Neighbor-Joining, Bootstrapping, Jackknifing, PTP test, Permutation Tail Probability, OTU jackknifing, resampling tests

Ústav biomedicínksého inženýrství, FEKT VUT v Brně Technická 12 616 00 Brno

only the provider uses the result

Use of the result by another entity is possible without acquiring a license (the result is not licensed)

http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty