Publication result detail

Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA

MADĚRÁNKOVÁ, D.; PROVAZNÍK, I.

Original Title

Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA

English Title

Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA

Type

Paper in proceedings (conference paper)

Original Abstract

Přesná, rychlá a levná identifikace organismů je stále nedostupná. Kvalifikovaných taxonomů je málo a jsou úzce specializovaní. Pro svoji práci potřebují pokud možno celý organismu. O identifikaci organismu jen z drobného tkáňového vzorku se snaží molekulární biologové. DNA barcoding je iniciativa zahrnující sběr, uchovávání a zpracování sekvencí mitochondriálních genů vhodných pro identifikaci organismů. Pro živočichy se jako nejvhodnější jeví část genu cytochrom c oxidázy podjednotky 1. K identifikaci standardně používané fylogenetické či statistické metody nedávají vždy uspokojivé výsledky. Námi navržená metoda založená na porovnání nukleotidových denzit zkoumané sekvence s referenčními sekvencemi byla otestována na souboru dat různých skupin organismů, jako jsou ryby, obojživelníci, ptáci i savci. V drtivé většině případů bylo dosaženo 100,0 % účinnosti klasifikace do referenčních druhů, a pokud analyzovaná sekvence nepatřila k druhům obsaženým v referenční databázi, byla s vysokou pravděpodobností zařazena k nejbližšímu příbuznému druhu.

English abstract

Přesná, rychlá a levná identifikace organismů je stále nedostupná. Kvalifikovaných taxonomů je málo a jsou úzce specializovaní. Pro svoji práci potřebují pokud možno celý organismu. O identifikaci organismu jen z drobného tkáňového vzorku se snaží molekulární biologové. DNA barcoding je iniciativa zahrnující sběr, uchovávání a zpracování sekvencí mitochondriálních genů vhodných pro identifikaci organismů. Pro živočichy se jako nejvhodnější jeví část genu cytochrom c oxidázy podjednotky 1. K identifikaci standardně používané fylogenetické či statistické metody nedávají vždy uspokojivé výsledky. Námi navržená metoda založená na porovnání nukleotidových denzit zkoumané sekvence s referenčními sekvencemi byla otestována na souboru dat různých skupin organismů, jako jsou ryby, obojživelníci, ptáci i savci. V drtivé většině případů bylo dosaženo 100,0 % účinnosti klasifikace do referenčních druhů, a pokud analyzovaná sekvence nepatřila k druhům obsaženým v referenční databázi, byla s vysokou pravděpodobností zařazena k nejbližšímu příbuznému druhu.

Keywords

Molekulární fylogenetika, identifikace organismů, nukleotidová denzita

Key words in English

Molekulární fylogenetika, identifikace organismů, nukleotidová denzita

Authors

MADĚRÁNKOVÁ, D.; PROVAZNÍK, I.

RIV year

2014

Released

03.07.2013

ISBN

978-80-8086-208-4

Book

Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2013

Pages from

1

Pages to

3

Pages count

3

BibTex

@inproceedings{BUT102049,
  author="Denisa {Maděránková} and Valentýna {Provazník}",
  title="Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA",
  booktitle="Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2013",
  year="2013",
  pages="1--3",
  isbn="978-80-8086-208-4"
}