Publications

• 2023

  NEMČEKOVÁ, P.; ŠKRVÁŇ, A.; MARQUERING, H.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R. Analýza vzťahov medzi radiomickými príznakmi heterogenity trombu v akútnych ischemických mozgových príhodách. Trendy v biomedicínském inženýrství 2023. Brno: VUT v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2023. p. 35-40. ISBN: 978-80-214-6173-4.
  Detail | WWW

  KOLÁŘ, R.; VIČAR, T.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; ODSTRČILÍK, J.; VALTEROVÁ, E.; NOHEL, M.; SKORKOVSKÁ, K.; TORNOW, R. Assessment of retinal vein pulsation through video-ophthalmoscopy and simultaneous biosignals acquisition. Biomedical Optics Express, 2023, vol. 14, no. 6, p. 2645-2657. ISSN: 2156-7085.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  JAKUBÍČEK, R.; NEMČEKOVÁ, P.; OUŘEDNÍČEK, P.; CHMELÍK, J. Možnosti přístupu k obrazovým datům v rámci projektů ÚBMI ve spolupráci s klinickými pracovišti. Trendy v biomedicínském inženýrství 2023. Brno: VUT v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2023. p. 17-24. ISBN: 978-80-214-6173-4.
  Detail | WWW

  JAKUBÍČEK, R.; NEMČEKOVÁ, P.; NOHEL, M.; HARABIŠ, V.; JAN, J.; CHMELÍK, J. Analysis of 3D Medical Image Data - Reasearch report 2023. Brno: 2023. p. 1-23.
  Detail

  KOLÁŘOVÁ, J.; MÉZL, M.; NĚMCOVÁ, A.; KRÁLÍK, M.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; SEKORA, J. Trendy v biomedicínském inženýrství 2023. Trendy v biomedicínském inženýrství 2023. Brno: VUT v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2023. ISBN: 978-80-214-6173-4.
  Detail | WWW

• 2022

  VALESCO, C.; JAKUBÍČEK, R.; FOTAKI, A.; HUA, A.; MUNOZ, C.; PRIETO, C.; BOTNAR, R. Fully automated myocardial segmentation of 3D multiparametric T1 and T2 maps using an attention fully convolutional neural network. The Society for Magnetic Resonance Angiography (SMRA), Los Angeles, Spojené státy americké: 2022. p. 106-107.
  Detail | WWW

  NEMČEK, J.; VIČAR, T.; JAKUBÍČEK, R. Weakly Supervised Deep Learning-based Intracranial Hemorrhage Localization. In Proceedings of the 15th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies - (Volume 2). SETUBAL: SciTePress, 2022. p. 111-116. ISBN: 978-989-758-552-4.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  VÝVODA, J.; JAKUBÍČEK, R. Comparison of full-size and patches-based learning approaches for aneurysm segmentation in TOF-MRI data. In Proceedings I of the 28th Conference STUDENT EEICT 2022 General papers. 1. Brno: Brno University of Technology, Faculty of Electronic Engineering and Communication, 2022. p. 247-250. ISBN: 978-80-214-6029-4.
  Detail | WWW

  NYKRÝNOVÁ, M.; JAKUBÍČEK, R.; BARTOŇ, V.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Using deep learning for gene detection and classification in raw nanopore signals. Frontiers in Microbiology, 2022, vol. 13, no. 1, p. 1-11. ISSN: 1664-302X.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  NYKRÝNOVÁ, M.; JAKUBÍČEK, R.; BEZDÍČEK, M.; DUFKOVÁ, K.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Real-time MLST genes detection in nanopore squiggles. 32nd European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases 2022, Lisbon, Portugal. 2022.
  Detail

  JAKUBÍČEK, R.; VALESCO, C.; HUA, A.; FOTAKI, A.; PRIETO, C.; BOTNAR, R. Deep-MyoSeg: Deep learning-based approach for myocardium segmentation in clinical T1-MOLLI and T2-bSSFP maps. ABSTRACT BOOK - SMRA 2022 -34th Annual International Conference Solving clinical problems with human creativity and machine learning. The Society for Magnetic Resonance Angiography (SMRA), Los Angeles, Spojené státy americké: 2022. p. 100-100.
  Detail | WWW

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; JAN, J.; HARABIŠ, V.; NOHEL, M.; NEMČEKOVÁ, P.; JURČA, J.; NEMČEK, J. Analysis of 3D Medical Image Data - Reasearch report 2022. Brno: 2022. p. 1-18.
  Detail

• 2021

  JAKUBÍČEK, R.; NEMČEK, J.; CHMELÍK, J. Výuka moderních metod analýzy obrazových dat nejen pro biomedicínské inženýry. Trendy v biomedicínském inžinýrství 2021. Liberec, Česká republika: Technická univerzita v Liberci, 2021. p. 79-83. ISBN: 978-80-7494-586-1.
  Detail | WWW

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; VIČAR, T.; OUŘEDNÍČEK, P.; JAN, J. Deep learning based prediction of virtual non contrast CT images. In International Conference Proceeding Series (ICPS) - ISEEIE 2021: 2021 International Symposium on Electrical, Electronics and Information Engineering. ACM Proceedings. New York, NY, USA: Assiciation for Computing Machinery, 2021. p. 72-76. ISBN: 978-1-4503-8983-9. ISSN: 2168-4081.
  Detail | WWW

  NEMČEK, J.; JAKUBÍČEK, R. ANALYSIS OF CIRCULATORY SYSTEM PATHOLOGIES IN HEAD CT DATA – HEMORRHAGE LOCALIZATION. Lékař a technika, 2021, vol. 51, no. 1-4, p. 66-70. ISSN: 0301-5491.
  Detail | WWW

  SEKUBOYINA, A.; HUSSEINI, M.; BAYAT, A.; et al. VerSe: A Vertebrae Labelling and Segmentation Benchmark for Multi-detector CT Images. MEDICAL IMAGE ANALYSIS, 2021, vol. 73, no. 4, p. 1-32. ISSN: 1361-8415.
  Detail | WWW

  NEMČEK, J.; JAKUBÍČEK, R. Analýza CT dát pacientov s poruchou krvného obehu mozgu - stav riešenia. Trendy v biomedicínském inženýrství. Liberec, Česká republika: Technická univerzita v Liberci, 2021. p. 146-150. ISBN: 978-80-7494-585-4.
  Detail | WWW

  VIČAR, T.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍKOVÁ, L.; GUMULEC, J.; BALVAN, J.; PROVAZNÍK, I.; KOLÁŘ, R. Self-supervised pretraining for transferable quantitative phase image cell segmentation. Biomedical Optics Express, 2021, vol. 12, no. 10, p. 6514-6528. ISSN: 2156-7085.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R. Moderní trendy a aspekty použití umělé inteligence v biomedicíně. Trendy v biomedicínském inžinýrství 2021. Liberec, Česká republika: Technická univerzita v Liberci, 2021. p. 68-73. ISBN: 978-80-7494-586-1.
  Detail | WWW

  NOHEL, M.; JAKUBÍČEK, R. Analýza časového vývoje léčených nádorů páteře. Trendy v biomedicínském inžinýrství 2021. Liberec, Česká Republika: Technická univerzita v Liberci, 2021. p. 154-159. ISBN: 978-80-7494-586-1.
  Detail | WWW

• 2020

  NEMČEK, J; JAKUBÍČEK, R..; CHMELÍK, J. Localization and Classification of Intracranial Hemorrhages in CT Data. In EMBEC 2020, IFMBE Proceedings 80. IFMBE PROCEEDINGS. Switzerland: Springer Nature Switzerland AG 2021, 2020. p. 767-773. ISBN: 978-3-030-64609-7. ISSN: 1680-0737.
  Detail | WWW

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; JAN, J.; OUŘEDNÍČEK, P.; LAMBERT, L.; GAVELLI, G. Learning–based vertebra localization and labeling in 3D CT data of possibly incomplete and pathological spines. COMPUTER METHODS AND PROGRAMS IN BIOMEDICINE, 2020, vol. 183, no. 105081, p. 1-9. ISSN: 0169-2607.
  Detail | WWW

  JAKUBÍČEK, R.; VIČAR, T.; CHMELÍK, J. A Tool for Automatic Estimation of Patient Position in Spinal CT Data. In EMBEC 2020, IFMBE Proceedings 80. IFMBE PROCEEDINGS. Switzerland: Springer Nature Switzerland AG 2021, 2020. p. 51-56. ISBN: 978-3-030-64610-3. ISSN: 1680-0737.
  Detail | WWW

• 2019

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; OUŘEDNÍČEK, P.; JAN, J. Využití parametrických obrazů ze spektrálního CT. In Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2019. Terchová, Slovensko: Žilinská univerzita, 2019. p. 1-4. ISBN: 978-80-554-1587-1.
  Detail

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; VIČAR, T.; WALEK, P.; OUŘEDNÍČEK, P.; JAN, J. Iterative machine learning based rotational alignment of brain 3D CT data. In 2019 41th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC). Proceedings IEEE EMBC. Berlin, Germany: IEEE, 2019. p. 4404-4408. ISBN: 978-1-5386-1312-2. ISSN: 1557-170X.
  Detail | WWW

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; JAN, J.; OUŘEDNÍČEK, P.; LAMBERT, L.; GAVELLI, G. Fully Automatic CAD System for Spine Localisation and Vertebra Segmentation in CT Data. In World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering 2018. IFMBE PROCEEDINGS. Singapore: Springer, 2019. p. 223-226. ISBN: 978-981-10-9034-9. ISSN: 1680-0737.
  Detail | WWW

  JAN, J.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; WALEK, P.; MALÍNSKÝ, M.; PETER, R.; OUŘEDNÍČEK, P. From Classical Medical Image Analysis to Deep Learning Based Diagnosis Support. In Trendy v biomedicínskom inženierstve. 1. Žilina (SK): Žilinská universita, 2019. p. 1-6. ISBN: 978-80-554-1587-1.
  Detail

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; JAN, J.; OUŘEDNÍČEK, P.; LAMBERT, L.; AMADORI, E.; GAVELLI, G. Fully Automatic CAD System for Segmentation and Classification of Spinal Metastatic Lesions in CT Data. In World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering 2018. IFMBE PROCEEDINGS. Singapore: Springer, 2019. p. 155-158. ISBN: 978-981-10-9034-9. ISSN: 1680-0737.
  Detail | WWW

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; JAN, J. Detekce polypů v kolonoskopických snímcích s využitím regionální konvoluční neuronové sítě. In Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2019. Terchová, Slovensko: Žilinská univerzita, 2019. p. 1-4. ISBN: 978-80-554-1587-1.
  Detail

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; OUŘEDNÍČEK, P.; JAN, J. Deep-learning-based fully automatic spine centerline detection in CT data. In 2019 41th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC). Proceedings IEEE EMBC. Berlin, Germany: IEEE, 2019. p. 2407-2410. ISBN: 978-1-5386-1312-2. ISSN: 1557-170X.
  Detail | WWW

  NEMČEK, J.; JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J. Detekcia intrakraniálnych hemoragií s využitím konvolučných neurónových sietí. In Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2019. Terchová, Slovensko: Žilinská univerzita, 2019. p. 1-4. ISBN: 978-80-554-1587-1.
  Detail

• 2018

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; NECKÁŘ, J.; KOLÁŘ, R. Automatic Segmentation of Myocardial Infarction in Rats Subjected to Regional Ischemia. In Computing in Cardiology 2018. Computing in Cardiology. Maastricht, Netherlands: Computing in Cardiology, 2018. p. 1-4. ISSN: 2325-887X.
  Detail | WWW

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; JAN, J.; OUŘEDNÍČEK, P.; LAMBERT, L.; AMADORI, E.; GAVELLI, G. Fully automatic CAD system for segmentation and classification of spinal metastatic lesions in CT data. World Congress on Medical Physics & Biomedical Engineering, Book of Abstracts. Prague, Czech Republic: 2018. p. 231-232.
  Detail

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; WALEK, P.; JAN, J.; OUŘEDNÍČEK, P.; LAMBERT, L.; AMADORI, E.; GAVELLI, G. Deep convolutional neural network-based segmentation and classification of difficult to define metastatic spinal lesions in 3D CT data. MEDICAL IMAGE ANALYSIS, 2018, vol. 49, no. C, p. 76-88. ISSN: 1361-8415.
  Detail | WWW

  JAN, J.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; OUŘEDNÍČEK, P.; AMADORI, E.; GAVELLI, G. Spine lesion analysis in 3D CT data – Reporting on research progress. In AIP Conference Proceedings vol. 1956. AIP conference proceedings. 1. Melville, New York: AIP Publishing, 2018. p. 11-14. ISBN: 978-0-7354-1657-4. ISSN: 0094-243X.
  Detail | WWW

• 2017

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; JAN, J. Vertebrae segmentation in 3D CT data: a review of methods and evaluation approaches. CURRENT MEDICAL IMAGING REVIEWS, 2017, vol. 14, no. 1, p. 1-14. ISSN: 1573-4056.
  Detail | WWW

  JAN, J.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R. Spine lesion analysis in 3D CT data - reporting on reseach progress. 6th Int. Conference on Biotechnology and Bioengineering 2017 Abstract book. 1. Offenburg (Germany): Offenburg University of Applied Sciences (Germany), 2017. p. 10-10.
  Detail

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; JAN, J. Tumorous Spinal Lesions: Computer Aided Diagnosis and Evaluation Based on CT Data – A Review. CURRENT MEDICAL IMAGING REVIEWS, 2017, vol. 14, no. 5, p. 686-694. ISSN: 1573-4056.
  Detail | WWW

• 2016

  KOZLOVÁ, D.; JAKUBÍČEK, R. Segmentace medicínských obrazů s využitím grafové reprezentace. In Proceedings of the 21st Conference STUDENT EEICT 2015. 1. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních, 2016. p. 50-52. ISBN: 978-80-214-5350- 0.
  Detail | WWW

  ŽÍDEK, J.; VOJTOVÁ, L.; ABDEL-MOHSEN, A.; CHMELÍK, J.; ZIKMUND, T.; BRTNÍKOVÁ, J.; JAKUBÍČEK, R.; ZUBAL, L.; JAN, J.; KAISER, J. Accurate micro-computed tomography imaging of pore spaces in collagen-based scaffold. Journal of Materials Science: Materials in Medicine, 2016, vol. 27, no. 6, p. 1-18. ISSN: 0957-4530.
  Detail

• 2015

  JAN, J.; NOVOSADOVÁ, M.; DEMEL, J.; OUŘEDNÍČEK, P.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R. Combined bone lesion analysis in 3D CT data of vertebrae. In IEEE EMBC 2015 Proceedings Milano (It). Proceedings IEEE EMBC. IEEE. NEW YORK: IEEE, 2015. p. 6374-6377. ISBN: 978-1-4244-9270-1. ISSN: 1557-170X.
  Detail | WWW

  ŠALPLACHTA, J.; JAKUBÍČEK, R. Texturní analýza CT dat nádorů plic. In Proceedings of the 21st Conference STUDENT EEICT 2015. 1. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních, 2015. p. 140-142. ISBN: 978-80-214-5148- 3.
  Detail

  LABOUNEK, R.; MIKL, M.; JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; JAN, J. Could it be possible to distinguish bending and crossing fibers in diffusion MRI data?. Clinical Neurophysiology. Netherlands: Elsevier B.V., 2015. p. e46 (e46 p.)ISSN: 1388- 2457.
  Detail | WWW

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; JAN, J. Segmentace kostních metastatikých nádorových lézí ve 3D CT datech páteře. In Proceedings ISeC 2015 - Interdisciplinary Scientific eConference virtual conference: http://isec2015.eu, July 20 – 24, 2015. Bratislava, Slovak republic: NEXSYS, Ltd., Bratislava, 2015. p. 107-117. ISBN: 978-80-972051-0- 2.
  Detail

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; JAN, J. Automatická Segmentace páteře v 3D CT Datech Onkologických Pacientů. In Proceedings ISeC 2015 - Interdisciplinary Scientific eConference virtual conference: http://isec2015.eu, July 20 – 24, 2015. Bratislava, Slovak republic: NEXSYS, Ltd., Bratislava, 2015. p. 118-127. ISBN: 978-80-972051-0- 2.
  Detail

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; JAN, J. Micro CT 3D visualization and analysis of collagen scaffolds. In Proceedings of the 21st Conference STUDENT EEICT 2015. 1. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních, 2015. p. 481-485. ISBN: 978-80-214-5148- 3.
  Detail

• 2014

  ŽÍDEK, J.; VOJTOVÁ, L.; ZIKMUND, T.; ABDEL-LATTIF, A.; JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; KAISER, J.; BRTNÍKOVÁ, J.; ZUBAL, L.; JAN, J. Stereoscopic analysis of collagen scaffolds in real 3D volume. Polymery 2014, sborník abstraktů. Praha: Ústav Makromolekulární chemie, 2014. p. 98-99. ISBN: 978-80-85009-81- 1.
  Detail

  VOJTOVÁ, L.; ŽÍDEK, J.; ZUBAL, L.; ZIKMUND, T.; PROSECKÁ, E.; RAMPICHOVÁ, M.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; WALEK, P.; JAN, J.; KAISER, J. 3D zobrazení skafoldů a buněk pomocí mikroCT. Brno: 2014. p. 36-36.
  Detail

  VOJTOVÁ, L.; ŽÍDEK, J.; ZUBAL, L.; BRTNÍKOVÁ, J.; ABDEL-LATTIF, A.; ZIKMUND, T.; PROSECKÁ, E.; RAMPICHOVÁ, M.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; JAN, J.; KAISER, J. Studium morfologie biopolymerních skafoldů pomocí rentgenové počítačové mikro- tomografie. In Programová brožura konference: VIII. česko- slovenská konference Polymery. 1. Praha: ÚMCH AVČR, 2014. p. 23-25. ISBN: 978-80-85009-81- 1.
  Detail

  VOJTOVÁ, L.; ŽÍDEK, J.; ZUBAL, L.; BRTNÍKOVÁ, J.; ABDEL-LATTIF, A.; ZIKMUND, T.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; JAN, J.; KAISER, J. 3D Imaging of Biopolymeric Scaffolds Using X-Ray Computed Micro- Tomography and Stereoscopy. CEITEC anual conference "Frontiers in Materials and Life Sciences". first. Brno, Czech Republic: Masaryk University, 2014. p. 243-243. ISBN: 978-80-210-7159- 9.
  Detail

  JAKUBÍČEK, R.; JAN, J. 4D dynamic contrast enhanced CT data registration using optical flow. In Proceedings of the 20th Conference STUDENT EEICT 2014 Volume 3. Brno: LITERA, 2014. p. 222-226. ISBN: 978-80-214-4924- 4.
  Detail | WWW

  JAKUBÍČEK, R.; JAN, J. Flexibilní předregistrace plicních CT dat. In Nové směry v biomedicínském inženýrství. Brno: ÚBMI, VUT v Brně, 2014. p. 26-36. ISBN: 978-80-214-5049- 3.
  Detail

  LABOUNEK, R.; MIKL, M.; JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; JAN, J. Limity a možnosti difúzního MRI v zobrazování bílé hmoty mozku. In Nové směry v biomedicínském inženýrství. Brno: UBMI, VUT v Brně, 2014. p. 37-46. ISBN: 978-80-214-5049- 3.
  Detail

• 2013

  JAKUBÍČEK, R.; WALEK, P. Movement correction in thoracic dynamic contrast CT data. In Proceedings of the 19th Conference STUDENT EEICT 2013 Volume 2. Brno: LITERA, 2013. p. 170-172. ISBN: 978-80-214-4694- 6.
  Detail | WWW

*) Publications are generated once a 24 hours.