Detail publikačního výsledku

Kombinace typizačních metod a celogenomové sekvenace v praxi: efektivní přístup k molekulární surveillance multirezistentních bakterií

LENGEROVÁ, M.; JAKUBÍČKOVÁ, M.; HOLUBOVÁ, E.; BEZDÍČEK, M.

Originální název

Kombinace typizačních metod a celogenomové sekvenace v praxi: efektivní přístup k molekulární surveillance multirezistentních bakterií

Druh

Abstrakt

Originální abstrakt

Úvod Typizace bakteriálních kmenů a detekce genů rezistence a virulence jsou zásadními nástroji moderní mikrobiologie. Umožňují sledování šíření multirezistentních patogenů, identifikaci klonálních epidemií a cílené zavádění protiepidemických opatření. V nemocničním prostředí, kde dochází k častému výskytu nozokomiálních infekcí, je jejich význam obzvláště vysoký. Detekce genů virulence navíc poskytuje informace o potenciální patogenitě izolátů, což je důležité zejména u invazivních infekcí. Cíl Cílem této práce je představit přístup Fakultní nemocnice Brno k molekulární surveillance multirezistentních bakterií, včetně využití různých metod typizace a sekvenace, a zdůraznit význam výběrových kritérií pro sekvenaci v podmínkách vysokého počtu izolovaných kmenů. Metodika V rámci rutinní surveillance jsou sledovány klíčové patogeny jako MRSA, ESBL-produkující enterobakterie, VRE a MDR gramnegativní bakterie. Pro typizaci se využívají rep-PCR a mini-MLST, které umožňují rychlou a nákladově efektivní identifikaci klonálních vztahů. Pro detailní analýzu vybraných kmenů se používá celogenomové sekvenování (WGS) s využitím krátkých i dlouhých čtení. Vzhledem k vysokému počtu izolátů není možné sekvenovat všechny, a proto byla stanovena výběrová kritéria: klinická závažnost, profil rezistence, epidemiologický význam a genetická diverzita. Výsledky Kombinace rep-PCR a mini-MLST umožnila identifikaci klonálního šíření E. coli na novorozeneckém oddělení a VRE na hematoonkologii. Dlouhodobé sledování ESBL K. pneumoniae ukázalo vývoj počtu izolátů v čase a výskyt hypervirulentních kmenů. WGS poskytlo detailní informace o genetické příbuznosti izolátů a umožnilo tvorbu referenčních genomů. Porovnání metod ukázalo, že rep-PCR a mini-MLST jsou vhodné pro rychlý screening, zatímco WGS je ideální pro detailní analýzu vybraných kmenů. Závěr Molekulární surveillance je klíčovým nástojem pro kontrolu šíření multirezistentních bakterií. Kombinace rychlých screeningových metod a cíleného WGS umožňuje efektivní a udržitelný přístup. Stanovení jasných kritérií pro výběr izolátů k sekvenaci je nezbytné pro maximalizaci přínosu těchto metod v klinické praxi.

Autoři

LENGEROVÁ, M.; JAKUBÍČKOVÁ, M.; HOLUBOVÁ, E.; BEZDÍČEK, M.

Vydáno

18.09.2025

ISBN

978-80-88379-51-5

Kniha

Kongres klinické mikrobiologie, infekčních nemocí a epidemiologie (KMINE) 2025, Hradec Králové

BibTex

@misc{BUT198959,
  author="Martina {Lengerová} and Markéta {Jakubíčková} and Ema {Holubová} and  {} and Matěj {Bezdíček} and  {} and  {}",
  title="Kombinace typizačních metod a celogenomové sekvenace v praxi: efektivní přístup k molekulární surveillance multirezistentních bakterií",
  booktitle="Kongres klinické mikrobiologie, infekčních nemocí a epidemiologie (KMINE) 2025, Hradec Králové",
  year="2025",
  isbn="978-80-88379-51-5",
  note="Abstract"
}