Detail publikačního výsledku

Celogenomové sekvenování linezolid-rezistentního Enterococcus faecium: mechanismy rezistence a ohniska

HOLUBOVÁ, E.; BEZDÍČEK, M.; JAKUBÍČKOVÁ, M.; KOCMANOVÁ, I.; KUBÁČKOVÁ, P.; HODOVÁ, S.; LENGEROVÁ, M.

Originální název

Celogenomové sekvenování linezolid-rezistentního Enterococcus faecium: mechanismy rezistence a ohniska

Druh

Abstrakt

Originální abstrakt

Ve Fakultní nemocnici Brno byl v posledních dvou letech zaznamenán zvýšený výskyt linezolid-rezistentního Enterococcus faecium (LRE), který představuje vážnou hrozbu zejména pro hospitalizované a imunokompromitované pacienty. Cílem této studie bylo identifikovat potenciální ohniska, geneticky charakterizovat kmeny, analyzovat mechanismy rezistence a porovnat populace LRE na genomové úrovni. Celkem 85 izolátů od 71 pacientů bylo sekvenováno pomocí ONT PromethION s cílem získat dlouhá čtení umožňující rekonstrukci chromozomálních i plazmidových struktur. K bioinformatické analýze byly využity online nástroje CGE, BLAST a Ridom SeqSphere+. V izolátech byli identifikovány geny rezistence poxtA, poxtA-Ef a bodová mutace G2576T v genu 23S rRNA. 75 izolátů obsahovalo kombinaci všech tří faktorů, 4 izoláty obsahovaly poxtA a G2576T, 3 izoláty obsahovaly pouze poxtA, 2 izoláty obsahovaly poxtA a poxtA-Ef. Jeden izolát měl jako determinant rezistence pouze mutaci G2576T. Geny optrA, cfr ani mutace G2505A nebyly detekovány. Přítomnost vícečetných determinant v izolátu korelovala s vyšší hodnotou MIC, přičemž izoláty od pacientů s expozicí linezolidu měly vyšší MIC oproti těm bez expozice. Dominantními sekvenačními typy byly ST1192 (35/85) a ST7 (33/85); méně časté byly ST123, ST152, ST428, ST1071, ST122 a ST1193. Komparativní analýza genomů odhalila dvě podezřelá ohniska: klastr 35 izolátů ST1192 (0–13 SNV) a klastr 29 izolátů ST7 (0–38 SNV). ST1192 vykazoval genetickou homogenitu a perzistenci i po několikaměsíčním intervalu bez výskytu, zatímco ST7 byl zastoupen ve dvou oddělených obdobích, což naznačuje reintrodukci, nebo přetrvávající rezervoár. U ST1192 byla zjištěna převaha kombinace poxtA/poxtA-Ef s vysokým podílem mutace G2576T (průměrně 83,7 %), zatímco ST7 vykazoval větší variabilitu míry mutace (0,9–97,3 %). Tato studie přináší poznatky o genetických mechanismech rezistence u izolátů LRE. Vysoká míra společného výskytu poxtA a poxtA-Ef spolu s mutací G2576T ilustrují komplexní povahu mechanismů rezistence. Převaha sekvenčních typů ST1192 a ST7 spolu s identifikací dvou podezřelých dlouhodobých ohnisek zdůrazňuje nutnost intenzivnějšího dohledu a cílených strategií kontroly infekcí. Tato zjištění přispívají ke komplexnímu pochopení molekulární epidemiologie LRE.

Autoři

HOLUBOVÁ, E.; BEZDÍČEK, M.; JAKUBÍČKOVÁ, M.; KOCMANOVÁ, I.; KUBÁČKOVÁ, P.; HODOVÁ, S.; LENGEROVÁ, M.

Vydáno

18.09.2025

ISBN

978-80-88379-51-5

Kniha

Kongres klinické mikrobiologie, infekčních nemocí a epidemiologie (KMINE) 2025, Hradec Králové

BibTex

@misc{BUT198956,
  author="Ema {Holubová} and Matěj {Bezdíček} and  {} and Markéta {Jakubíčková} and  {} and Iva {Kocmanová} and Petra {Kubáčková} and Silvie {Hodová} and Martina {Lengerová}",
  title="Celogenomové sekvenování linezolid-rezistentního Enterococcus faecium: mechanismy rezistence a ohniska",
  booktitle="Kongres klinické mikrobiologie, infekčních nemocí a epidemiologie (KMINE) 2025, Hradec Králové",
  year="2025",
  isbn="978-80-88379-51-5",
  note="Abstract"
}