Bakalářská práce se zabývá přípravou rentgenových snímků za účelem tomografické rekonstrukce. Tento proces je nedílnou součástí rekonstrukčních algoritmů, v literatuře však není explicitně vyjádřen.
Student se v práci zaměřuje právě na popsání praktického postupu zpracování rentgenových snímků, které jsou následně použity pro tomografickou rekonstrukci. Tento postup je demonstrován na datech z nanoCT systému od RIGAKU. Tomografická měření student samostatně realizoval v rámci laboratoře rentgenové počítačové tomografie ve výzkumném centru CEITEC VUT. Ke zpracování dat využívá programového prostředí Matlab, do kterého implementoval nástroj pro tomografickou rekonstrukci ASTRAtoolbox. V rámci zpracování snímků navrhnul metodu pro korekci pohybu vzorku, která odstraňuje z tomografických řezů artefakty. Předpokládám, že navržený postup přípravy dat bude sloužit jako základ programu pro rekonstrukci dat z nanoCT stanice a nahradí stávající program výrobce.
Student se v rámci práce seznámil s principy tomografické rekonstrukce, prokázal schopnost studia literatury, osvojil si základy programování v prostředí Matlab a aktivně se zapojil do tomografických měření v laboratoři. Tímto považuji cíle bakalářské práce za splněné. Doporučuji diplomovou práci k obhajobě a hodnotím ji výsledným klasifikačním stupněm B/ velmi dobře.

Předložena práce pojednává o zpracování dat z počítačové tomografie. Práce je napsaná čitelně, je srozumitelná, má dostatečný rozsah a je podložená dostatečným množstvím literatury.

Obsah práce jsem hodnotil ze tří aspektů.

První a nejdůležitější aspekt je, že student má prokázat, že problematice porozuměl a prostudoval dostatečný objem literatury. K tomuto nemám připomínky. Student se nepochybně v problematice orientuje a projevil praktické dovednosti ve zvoleném oboru.

Druhý aspekt je, že bakalářská práce má sloužit, jako dokumentace metodiky práce. Ta by si zasloužila mnohem lepší zpracování. Už jen rozdělení textu je poměrně nepřehledné. Není zřejmé, které výsledky (výstupy CT) byly převzaté z literatury a které jsou vlastní. I u vlastních výsledků je obtížné dohledat, které byly vytvořeny pomocí standardního softwaru a které pomocí vlastního skriptu. Student popisuje v práci, že vytvořil vlastní skript v programu MATLAB ale v práci nelze vystopovat, co jsou vstupní hodnoty tohoto skriptu. Zda je nějakým způsobem strukturován (zda obsahuje vlastní funkce a jaké). Jaké algoritmy obsahuje skript, případně zda vyžaduje speciální knihovny z MATLABu. Metoda popsaná v práci by měla být reprodukovatelná. Toto je velmi důležité, protože se často stává, že student v magisterském studiu nebo po skončení studia pokračuje na jiném tématu. Bez této dokumentace je pak obtížné, aby jiný student navázal na jeho práci. Doporučuji, aby student věnoval sepsání metodiky více pozornosti, pokud bude v tématu pokračovat v magisterském studiu, případně alespoň metodiku vyhotovil jako interní dokumentaci.

Třetí aspekt je, že bakalářská práce je první prototyp vědecké práce, kterou vytvořil sám student jako autor. Zde je práce odpovídající právě tomu, že student psal svou první práci. Lze vytknout zejména nedostatečnou diskuzi vlastních výsledků. Z práce jsem porozuměl, že stěžejní výsledky (výhody vlastního skriptu) jsou demonstrovány rozdílem mezi obrázky 5.3 (standardní metoda) a 5.4 (vlastní skript). Tyto obrázky jsou diskutovány v jedné větě na straně 32, kde autor píše, že obraz s vlastním skriptem má měně artefaktu. Toto by zasloužilo podrobnější rozbor. O jaké artefakty se jedná? Jak je metoda univerzální? Lze ji použít pro libovolný vzorek, nebo je její využitelnost limitována? Z práce je možné vyčíst, že se jedná o korekci na pohyb vzorku a závisí na svislém posunu vzorku. Musíme předem znát rychlost toho posunu, k tomu abychom parametry metody správně nastavili? Jak je metoda citlivá na případnou změnu vstupních parametrů a dat? (Otázky jsou pro autora k zamyšlení, nemusí na ně odpovídat při obhajobě.) Případně by bylo vhodné artefakty označit v obrázku. Dále zde chybí systematická práce na jednom vzorku. Pro každé jednotlivé nastavení parametrů je použit jiný vzorek. Čtenář tak ztrácí přehled o tom, jaký efekt má nastavení jednotlivých parametrů na kvalitu obrazu.

Jako další připomínky (zpracování textu a grafického materiálu) považuji za nedostatečné popisky obrázků. Na žádném obrázku, který zobrazuje výstup z tomografie, není uvedeno, o jaký vzorek se jedná. Jaký vzorek zobrazují a z čeho je složený? Ve vědecké práci (například článku) je pak nutné popsat i jednotlivé objekty viditelné v obrázku. Popisek obrázku by měl být samočitelný bez dalšího dohledávání v textu.

Reference na literaturu, by měly být citovány v pořadí, jak se objeví v textu. V práci je například první reference číslo 30 a pokračuje reference 21. Zde to můžeme tolerovat. Nicméně pokud se tato chyba objeví ve vědeckém článku, jedná se o závažný prohřešek, který vede k zamítnutí rukopisu. Otázky k obhajobě:

1. Popište podrobněji funkci vašeho skriptu. Jaké vstupní parametry musí skript obsahovat? Musí například uživatel vědět, jak se vzorek pohybuje, aby správně nastavil korekci obrazu? Je skript nějakým způsobem strukturován (obsahuje vlastní funkce, případně vyžaduje nějaké speciální knihovny z MATLABU)?
2. Popište artefakty, které se podařilo odstranit Vašim skriptem. Například artefakty zvýrazněte v obrázku 5.3.