Bakalářská práce se zabývá depozicí a chemickou a morfologickou analýzou organických materiálů (kovových derivátů pthalocyaninu) deponovaných na povrch křemíkových substrátů pomocí tří metod: rentgenové fotoelektronové spektroskopie, rastrovací elektronové mikroskopie a mikroskopie atomárních sil. Výsledkem bakalářské práce je několik sérií vzorků, ve kterých se sleduje vliv množství deponovaných molekul a teploty substrátu. Mohu tedy konstatovat, že požadavky na bakalářskou práci byly výrazně překročeny a výsledky poslouží jako solidní základ pro další vědeckou práci. Student, Mojmír Komora, procoval samostatně, s vysokým nasazením a s nadšením pro studovanou problematiku. Po obhajobě bakalářské práce bude připravena nová série vzorků, jejichž magnetické a spinově-koherenční vlastnosti budou změřeny  na partnerské instituci, University of Stuttgart, s jejímž zařízením se Mojmír Komora seznámil během své týdenní stáže již v průběhu bakalářského studia.

Bakalářská práce se zabývá depozicí a analýzou organických materiálů pro molekulární kvantové bity v UHV podmínkách. V první kapitole jsou popsány základní principy kvantových počítačů. Kapitola je velmi dobře čtivá, nicméně velmi stručná. Dle mého názoru by bylo vhodné, kdy by se v práci nacházel přehled dosažených výsledků v oblastech kvantových počítačů a depozic organických materiálů. V kapitole jsou popisky u Obr.1.1. v anglickém jazyce a u Obr.1.2.  chybí přiřazení k popisu obrázků.
Druhá kapitola se věnuje teoretickému popisu ultratenkých vrstev. Kapitola je také čtivá a přehledně napsána. Bohužel i zde se nachází pár překlepů (str.10).
Třetí kapitola je svým charakterem velmi podobná druhé a věnuje se přípravě ultratenkých vrstev. Autor by mohl zvážit spojení těchto celků v jeden. V této kapitole se autor dopouští drobných nepřesností jako například: spojením turbomolekulární a rotační vývěvy lze dosánout tlaku 10-4 Pa (str.11), maximální teplota užití PBN 1400oC. U obr. 3.2 je špatné označena pozice kolimátoru u efuzní cely. Dále v rámci čtvrté kapitoly autor pokračuje v popisu běžných metod sloužící k analýze ultratenkých vrstev. Zde je velmi chaoticky popsán proces zobrazování užitím detektoru BSE (str. 21) a na obr.4.5 jsou nečitelné popisky. Nicméně pěkně čtenáře zavádí do problematiky analýzy povrchu organických ultratenkých vrstev. Pátá kapitola je experimentálního charakteru a je věnována přípravě vrstev FePc. Kapitola je z hlediska experimentů velmi zajímavá, nicméně zpracování výsledů by si založilo vice pozornosti. V textu i v popisech obrázků jsou často uvedeny anglické názvy. Původ některých závislostí je zastřen tajemstvím, jako například objevení sekundárního dusíku (5.11). U měření SEM a AFM chybí označení obrázku (čtenář muže jen hádat k jakým časů naleží jaká morfologie).
I přes drobné formální nesrovnalosti a chaos v prezentaci závěrečných měření, hodnotím práci za velmi zdařilou. Student musel řešit množství zajímavých problémů spojených s problematikou UHV a depozicí organických materiálů. Praktická část práce je optimálního rozsahu a velmi zajímavá. Z těchto důvodů doporučuji bakalářskou práci k obhajobě, a pokud student odpoví na doplňující dotazy, navrhuji hodnocení stupněm B. Otázky k obhajobě:

1. V kapitole 4. popisujete metodu XPS, můžete stručně popsat jak se dá pomocí zmíněné metody zjistit tloušťka vrstvy?
2. Jelikož v práci chybí souhrn prací provedených na poli depozice organických vrstev vhodných pro kvantové počítače, můžete nastínit dosažené výsledky v této oblasti?
3. Můžete ukázat, jak jste získal intenzitu „sekundárního dusíku“?