V rámci diplomové práce byla provedena analýza MoSi vrstev pomocí paralelního hloubkového profilování metodami SIMS a TOF-LEIS. Rovněž bylo provedeno vyhodnocení a interpretace experimentálních dat. Byly nastíněny možnosti využití metody TOF-LEIS pro kvantitativní zpracování dat měřených metodou SIMS. Bylo prokázáno vyšší rozlišení metody TOF-LEIS při použití He částic odražených pod mixovanou povrchovou vrstvou. Nad rámec zadání byla povedena velmi časově náročná konstrukce manipulátoru s UHV krokovým motorem, jehož většina částí je v současné vyrobena. Během pobytu na Technické univerzitě ve Vídni se diplomantovi podařilo na vysoké úrovni  zvládnout měření metodou STM, což je v diplomové práci ilustrováno pomocí experimentu, ve kterém byly modifikovány tenké vrstvy Fe pomocí iontových svazků. Vzhledem k svědomité, aktivní a tvůrčí činnosti diplomanta navrhuji práci hodnotit stupněm A.

Předloženou práci lze rozdělit na dvě zhruba stejně rozsáhlé části, jejichž společným jednotícím prvkem je technologie iontových svazků. V první části je popsáno využití iontových svazků na chemickou analýzu multivrtevMoSi originálním způsobem, který spočívá v kombinaci metod TOF-LEIS a SIMS. Ve druhé části jsou popsány experimenty, při kterých jsou iontové svazky využity na lokální modifikaci krystalografické struktury tenkých vrstev Fe nanesených na monokrystalu Cu.
Práce je napsána přehledně a lze si z ní udělat představu o přínosu a podílu diplomanta na jejích výsledcích. Diplomant ve své práci prokázal zvládnutí široké škály dovedností a znalostí; od osvojení si programu na simulaci iontových svazků SIMION a programu AutoCAD až po zvládnutí metod přípravy (vakuové napařování) a diagnostiky (TOF LEIS, SIMS, STM, LEED, AES) tenkých vrstev a povrchů.
Při vysvětlování motivace pro použití kombinované metody TOF-LEIS  SIMS, se vyskytuje důležitý pojem hloubkového rozlišení. Nikde jsem však nenašel definici hloubkového rozlišení  a také žádný kvantitativní odhad jakého hloubkového rozlišení bylo dosaženo metodou TOF-LEIS SIMS při měření MoSi multivrstev (Obr. 4.10. až 4.12.). Není tudíž možné v tomto parametru porovnat výsledky diplomové práce s výsledky dasaženými v jiných laboratořích. Domnívám se, že jeden nebo dva odstavce na toto téma chybí do úplného splnění bodu b) ze seznamu cílů diplomové práce. Ostatní cíle diplomové práce pokládám za splněné beze zbytku.
Zpracování SIMS profilu z Obr. 4.9. pokládám za velmi objevné a originální. S hloubkovým profilem MoSi multivrstev se zachází tak, jako by to byla binární slitina MoxSi1-x s hloubkou se měnícím parametrem x, který odpovídá relativní koncentraci Mo definované v rovnici 4.1. Na druhé straně Obr. 4.9. a z něho odvozené dramaticky "vylepšené" profily v Obr. 4.10 by si žádaly více komentáře.
V práci jsem našel zanedbatelné minimum formálních nedostatků: v anglickém abstraktu by mělo být LEIS místo LAIS, na konci par. 2.1. RSF místo RFS, na str. 7 na 2. a 10. řádku dolního odstavce "mohou" místo "můžou". Otázky k obhajobě:

1. 1. Jak je definováno hloubkové rozlišení a jakého hloubkového rozlišení bylo při Vašich TOF-LEIS-SIMS měřeních dosaženo? 2. Odpovídá kvalitativní průběh profilu označeného Si na Obr. 4.9. průběhu koncentrace Si ve vzorku anebo tento profil vůbec nekopíruje změnu koncentrace Si? Je podobným způsobem ovlivněn i profil Mo?
2. 3. Čím si vysvětlujete dramatické zlepšení profilu Mo na Obr. 4.10. po transformaci původních dat z Obr. 4.9. pomocí vzorce 4.3.? 4. Jaký je vztah mezi relcSi a relcMo? Je profil "Si-relativní" z Obr. 4.10. odvozen od prvotních dat profilu Si anebo spíše profilu Mo z Obr. 4.9.? 5. Ideální profil u Vašich vzorků MoSi by měl vypadat jako obdélníky široké 3.3 nm oddělené mezerami širokými 11 nm, tj. maximální relativní koncentrace Mo by měla být rovna 1. Proč vyšla maxima relativní koncentrace Mo nižší než 1 a navíc rozdílně při 5 keV He+ (max. rel cMo ~ 0.75, Obr. 4.11) a při 2 keV He+ (max. rel cMo ~ 0.9, Obr. 4.12)?