Bakalářská práce je zaměřena na popis a pochopení změn, ke kterým dochází na v povrchových vrstvách křemíkového substrátu exponovaného fokusovaným iontovým svazkem. Tomáš Krajňák se začal věnovat experimentální činnosti spojené s předkládanou prací již na konci 2. ročníku, přičemž využil období letních prázdnin k provedení prvních experimentů. Během 3. ročníku pracoval již samostatně. Bakalářská práce vyžadovala zvládnutí dvou odlišných a náročných experimentálních technik – přípravy vzorků pomocí fokusovaného iontového svazku a jejich analýzy pomocí rentgenové fotoelektronové spektroskopie. Student přistupoval ke své práci odpovědně s vysokým nasazením a dosáhl výsledků, které pomohou pochopení růstu CoSi2 ostrůvků připravených na Si substrátu pomocí oxidem řízené epitaxe.

Cílem práce bylo experimentálně stanovit složení, tloušťku a modifikovat oxid křemíku pomocí Ga iontů a prozkoumat chování této vrstvy. Modifikovaná oxidová vrstva pak má sloužit k řízenému selektivnímu růstu kobaltových magnetických struktur.
Práce se v teoretické části zabývá problematikou růstu vrstev a jejich analýzou metodami XPS a SEM. Je rozebrána i problematika fokusovaných iontových svazků. Kromě této teoretické části je v práci podrobně popsán a diskutován experiment založený na modifikaci povrchu křemíku pomocí různých dávek Ga iontů. Je zde stanovena ionty nemodifikovaná tloušťka oxidové vrstvy pomocí metody XPS. V modifikovaných oblastech tloušťka oxidu nebyla stanovena. Pomocí XPS byla měřena přítomnost Si, Ga a jejich oxidů v závislosti na teplotě. Změny teploty vyvolaly modifikace vazeb jednotlivých prvků a ty jsou podrobně diskutovány.
Vzhledem k rozsahu experimentálních prací a podrobné diskuzi změřených dat, které jsou přehledně prezentovány, považuji tuto práci za zdařilou, doporučuji ji k obhajobě a navrhuji hodnocení stupněm A. Otázky k obhajobě:

1. Dávka iontů byla definována pomocí parametru s názvem nominální odprašovaná hloubka. Jaká byla skutečná hloubka odprášené vrstvy pro jednotlivé nominální hloubky? Je možné pro vyšší nominální hloubky v jednotkách nm ještě hovořit o modifikaci oxidové vrstvy, pokud tato byla na počátku menší než 1 nm?
2. Ve vyhodnocení experimentu jsou bohužel uvedeny pouze plochy jednotlivých píků a ne relativní koncentrace. Jaká byla měřená koncentrace Ga? Předpokládám, že byla v řádu desítek procent. Jak si vysvětlujete takto vysokou koncentraci Ga, když většina implantovaných Ga iontů při energie 30 keV po dopadu skončí v hloubce několika desítek nm?